Лучше — смотря для чего. Мой проект был только на javascript. К тому же как для YUICompressor, так и для jsdoc-toolkit есть jar-файлы для Ant, так что я обходился без вызовов exec для документации и билда.
Спасибо за развёрнутый ответ :) Я, в общем-то, хотел узнать именно проблемы phpUnderControl под Windows, так как давно в порядке эксперимента устанавливал phpuc через pear и, на первый взгляд, проблем не обнаружил. А так работаю с ubuntu server.
www.xakep.ru/magazine/xa/100/064/1.asp
dklab.ru/lib/Debug_HackerConsole/
Например, www.eclipse.org/modeling/mdt/?project=uml2
можно узнать, почему?