Search
Write a publication
Pull to refresh
201
0
Биореактор @InBioReactor

Биологи, врач, научный популяризатор, палеонтологи

Send message

Медведи, хомяки, человекоподобные. Хомяк или медведь брат человеку с точки зрения биоинформатики?

Reading time9 min
Views4.3K

Чтобы ответить на этот вопрос, в научном исследовании необходимо определиться с целью, задачами и методами, и изучаемыми материалами. Для этого нужно постараться предварительно поставить гипотезу, которая облегчит нам понимание того, чего мы хотим, а следовательно, позволит нам выбирать материалы исследования. В качестве гипотезы можно опираться на ваши знания в области классификации групп животных. Однако, если у Вас нет таких знаний и Вы не хотите страдать в поисках этих знаний в полях, лесах и лабораториях, то Вы можете стать продвинутым пользователем интернета и воспользоваться удобном сайтом lifemap [1], который отображает филогенетическое древо всех животных. Если же вы не продвинутый пользователь, то Вы можете просто воспользоваться википедией. Стоит отметить, что для учёного сайт Lifemap является таким же примитивным, как и википедия, но не бойтесь начать с малого, ведь википедия может послужить толчком к эволюции от простого к сложному. Поэтому пойдёмте эволюционировать на вики вместе. Для этого зайдём в поисковик и посмотрим информацию о нужных нам группах, с которыми в будущем нам предстоит работать, на данном сайте. Первые в списке у нас медвежьи. На странице сайта нам не нужно досконально изучать строение, размножение и образ жизни медведей. Нам нужны три вещи:

1) Раздел научной классификации.

2) Раздел филогенетики.

3) Краткая сводка классификации, которая отображена в верхнем правом углу под картинкой с научной классификацией.

Переходим в раздел научной классификации и смотрим список родов в семействе медведей, предварительно выписав название этого семейства на латыни (Ursidae). Нам понадобятся названия всех родов на латыни, которые есть в семействе. Их лучше также выписать.

Читать далее

Так ли безопасна российская вакцина от COVID -19? Мнение в поддержку вакцины

Reading time5 min
Views19K

На начало ноября 2020 г. в мире было зарегистрировано 50 млн случаев COVID-19. Для формирования коллективного иммунитета, который должен был бы препятствовать возникновению повторных вспышек заболевания, этот показатель являлся явно недостаточным [1]. Карантинные мероприятия в нашей стране также порой вводятся с опозданием, что собственно подчеркнул и Премьер-министр Российской Федерации Михаил Мишустин [2]. Из этого следует, то что подобные меры не способны в полной мере ограничить распространение заболевания [1]. Поэтому вопрос о вакцинации части населения от новой коронавирусной инфекции до сих пор остаётся острым.

Тем не менее несмотря на скептическое отношение некоторых людей [10], наши учёные из Национального исследовательского центра эпидемиологии и микробиологии имени Н. Ф. Гамалеи первые в мире зарегистрировали двухкомпонентную вакцину от COVID-19, которая хоть и не безоговорочно [7], но успешно проявила себя в двух этапах и показывает в отличии от сходной оксфордской вакцины [4] объективную безопасность и эффективность в плане иммунного ответа на всех проходимых этапах [5]. Эффективность самой вакцины в целом мы окончательно увидим в конце третьего этапа в мае 2021 года [7].

Большинство критически негативных взглядов по по поводу этой вакцины , которые были ранее высказаны на хабре некоторыми аналитиками о скрытых исходниках [10], не правильных графиках и сомнительной эффективности были устранены в официальном ответе на критику Бучче [8] в международном журнале Lancet [9]. Единственный вопрос, который остался к вакцине это не полное прохождение второго этапа, о котором также высказался известный врач и популяризатор науки Алексей Водовозов [7]. Следует отметить, что он весьма объективно раскритиковал позицию некоторых аналитиков и представителей некоторых СМИ о похоронах российской вакцины, отметив также странным требование предоставить исходники [7].

Сам же Буччи, критикуя исследования о гамалеевской вакцине, отметил, что результаты этого исследования являются потенциально значимыми [8]. Поэтому если ко второму этапу всё таки и остаётся один вопрос по поводу объективной оценки эффективности, то по поводу безопасности вакцины, которая обычно проверяется на первом этапе вопросов нет, вопреки личным мнениям некоторых аналитиков на Хабре [10]. Безопасность этой вакцины также проверил на себе и на своей семье известный биолог Панчин Александр Юрьевич. При этом на себе он проверил действие этой вакцины два раза [3;11].

Читать далее

Вымирание современной мегафауны может привести к вероятному вымиранию манго в тропиках

Reading time5 min
Views4.2K

Несколько месяцев назад мы обсуждали такое интересное явление под названием эволюционные анахронизмы, с помощью которых мы постарались объяснить причину того, почему у авокадо такая большая косточка. Наш пост на эту тему авокадо был опубликован в замечательном портале антропогенез [2]. Тем не менее не все люди согласны с этой позицией и выражают критику данной гипотезы рассказывая нам о том, что мегафауна не могла и не может повлиять на выживаемость растений. От части они будут правы, но только в тех случаях, для которых доказано, что выживаемость семян не зависит/зависело в большей степени от мегафауны в виде вымерших мастодонтоподобных животных и нынешних тапиров, а также заменителей мегафауны в виде домашнего скота.

Так как эти семена вполне спокойно разносятся и без них с помощью крупных попугаев (например Ара) и разных макак, роль мегафауны с этой позиции остается весьма спорной и ставит под сомнение господствующее положение гипотезы эволюционных анахронизмов. Такими семенами могут быть крупные семена плодовых пальм произрастающих в Амазонии [1]. В тоже время последнее исследование этого года не опровергает роль эволюционных анахронизмов для некоторых растений нового света и для большинства растений старого света [4]. Подробнее об этом мы поговорим в другой раз, когда подвергнем критики гипотезу эволюционных анахронизмов.

Тем не менее с точки зрения гипотез выдвинутых нашими подписчиками и подписчиками портала «антропогенез», единственное на что может повлиять мегафауна — это максимум только на распространение семян. Ошибка заключается в том, что они совершенно не берут во внимание тот факт, что выживаемость семян зависит во многом от их распространения. Именно поэтому наши подписчики и подписчики паблика «антропогенез» с этой точки зрения ошибаются.

Сегодня я хочу рассмотреть вопрос о распространении семян растений, которые претендуют именно на роль эволюционного анахронизма [3]. Речь как вы поняли из названия пойдёт о растениях подобных манго, которые произрастают в лесах Восточной Азии и употребляются в пищу чаще всего носорогами, слонами и тапирами, где слоны и носороги являются главными представителями современной мегафауны, которые собственно и являются главными распространителями данных семян.

Читать далее

Внимание! Абсолютно доказано — щитни являются живыми ископаемыми

Reading time7 min
Views15K

Щитней, в частности щитней вида Triops cancriformis часто называют «живыми ископаемыми». Ранее в фанерозое я рассказывал о абсолютно доказанном живом ископаемом — коморской латимерии , чей генотип и морфология якобы практически не изменились за многие миллионы лет эволюции.

Щитни, в том числе щитни вида T. Cancriformis имеют похожую историю, ведь согласно русскоязычной википедии они не изменялись около 200 миллионов лет! Более того, именно этот вид щитней якобы обитал уже в позднем Триасе, о чём свидетельствовали остатки этого вида найденные учёными в отложениях возрастом в 237-200 миллионов лет [1].

Читать далее

Гигантский ленивец — первое домашнее животное?

Reading time7 min
Views13K

В конце 1895 г. на юге Чилийской Патагонии, в нескольких милях от побережья фьорда Ультима-Эсперанса, группой энтузиастов из шести человек, во главе с отставным немецким офицером Эберхардтом была обнаружена сеть пещер. В одной из этих пещер Эберхардт обнаружил свежую (как ему казалось) шкуру неизвестного животного, которую он оставил у себя в качестве трофея.

Материал был написан мной в научно-популярном сообществе https://vk.com/phanerozoi_ и позже появился на антропогенезе (https://vk.com/antropogenez_ru)

Спустя год он показал эту находку известному на тот момент времени шведскому путешественнику, Отто Норденшёльду, который, загоревшись идеей найти живого обладателя данной шкуры, отправился в ту же пещеру. Однако живого зверя он не нашёл, зато обнаружил в пещере кости каких-то странных гигантов, погибших, по его мнению, не так давно. (Рот, 1899, 1904; Леманн -Ницше, 1899, 1904).

Читать далее

Биоинформатика на минималках. Почему блохи родственники ледничков?

Reading time8 min
Views3K

Актуальность тренировки. 

Важный этап в развитии классификации отряда блох связан с развитием генномолекулярных исследований. В настоящее время благодаря этим методам подтверждается родственность отрядов блох и мекоптер. Активно изучаются гены рибосомальной ДНК, фактор элонгации белкового синтеза и митохондриального гена цитохромоксидаза II (COII), которые изучены у представителей большинства семейств отряда мекоптер, а также 128 видов 83 родов блох из 16 семейств (С.Г. Медведев.2009; Whiting 2002; Whiting et al. 2008). На основе данных по этим генам различными методами построения филогенетических деревьев и моделями подсчёта попарных расстояний реконструируется филогения блох, представленная за частую в виде консенсусного древа (strick consensus) (Whiting et al. 2008). Однако, в ряде случаев, результаты генномолекулярных исследований противоречат схеме родственных связей, полученных на основе филогенетического анализа. К тому же в соответствии с различными трактовками молекулярно-генетических данных могут по-разному трактоваться происхождения ключевых инфраотрядов блох. Так с точки зрения разных авторов одни и те же клады блох могут являться как полифилетическими, так и монофилетическими группами (Whiting et al. 2008, С.Г. Медведев.2019). Это может быть связано как с особенностями экологии современной фауны блох, так и с разного рода методическими проблемами работы с молекулярно-генетическими данными. В отношение первого пункта следует подчеркнуть, что обособление отдельных филетических линий блох, имеющих равный статус в таксономии, происходило в разные исторические промежутки времени. Это в свою очередь означает, что фауна блох являет собой разрозненные фрагменты обширной палеофауны, к настоящему моменту в значительной степени вымершей (С.Г. Медведев.2009, С.Г. Медведев.2019). Из этого следует, что при разных методических подходах к генно-молекулярным исследованиям мы можем упустить из вида конвергентную эволюцию нуклеотидных последовательностей (гомоплазия), что может привезти к ошибкам в определении топологии дерева и к низкой статистической поддержке ветвей. Так, например, используя данные, которые имеют разное отношение для разных таксонов и соответственно разное отношение к разным участкам генов, мы обнаружим пробелы в последовательностях, и отсутствие данных по разным локусам для разных образцов (С.Г. Медведев.2019, Лукашов В.В. 2006). Поэтому при выборе метода исследования следует учитывать все эти проблемы и подбирать образцы наиболее изученных и распространённых таксонов блох, чтобы потом сравнить их с наиболее изученными образцами мекоптер. Таким образом мы сможем построить более достоверное дерево с высокой поддержкой.

Читать далее

Опасные мифы о клещах

Reading time5 min
Views22K

В нынешнее неспокойное время, когда большинство новостных сайтов и пабликов пестрят информацией, связанной с коронавирусом, многие люди стали забывать и о другой угрозе под названием иксодовые клещи, которые начали подкрадываться к нам ещё с начала весны, после аномально тёплой зимы. [1]

Читать далее

Клещи или статья о том, как стать самым успешным маленьким паукообразным

Reading time15 min
Views15K

Для большинства людей клещи — это только «энцефалитные клещи», т.е. иксодовые. Больше о клещах средний обыватель почти ничего не знает. Клещи – можно сказать это отдельный мир членистоногих, по многообразию форм, образу жизни и местам обитания. Хотя они конечно в этом далеко не достигают многообразия у насекомых.

Я бы сказал – даже в глазах человека с биологическим образованием и собственно зоологов (не связанных с членистоногими), клещ в основном представляется строго в виде маленького восьминогого членистоногого с гнатосомой и шестиногой личинкой. Лишь не многие всё же упомянут четырёхногих клещей, которые потеряли свои конечности в следствии эволюционной редукции.

Читать далее
12 ...
7

Information

Rating
Does not participate
Location
Санкт-Петербург, Санкт-Петербург и область, Россия
Date of birth
Registered
Activity