Когда я только начал осваивать InnoDB и транзакции в MySQL (понадобилось обновить версию с 3.23 до 4.1) столкнулся с проблемой некорректного обмена данными между PHP и MySQL которая проявлялась в том, что сервер вместо символов кириллицы, в запросах генерируемых php-скриптом, вставлял в ячейки таблиц БД знаки вопроса. В процессе «выкуривания» документации, чтения форумов и изучения статей пришло понимание проблемы и нашелся способ ее решения.