С позиции новичка, так же как и автор, скажу по комментариям:
Человек пытается разобраться с Hibernate. А вы в комментариях ему рекомендуете Spring, Tomcat, транзакции — вроде как это всё другие темы. Почему бы не рассмотреть только одно? Понятно, сейчас скажете, что оно всё используется всегда вместе, но вот захотелось разобраться с чем-то одним и без всякой магии. Вон этот ваш HibernateTemplate, который даже EntityManager позволяет скрыть, он же вроде как в основе всего этого Hibernate.
Человек пытается разобраться с Hibernate. А вы в комментариях ему рекомендуете Spring, Tomcat, транзакции — вроде как это всё другие темы. Почему бы не рассмотреть только одно? Понятно, сейчас скажете, что оно всё используется всегда вместе, но вот захотелось разобраться с чем-то одним и без всякой магии. Вон этот ваш HibernateTemplate, который даже EntityManager позволяет скрыть, он же вроде как в основе всего этого Hibernate.