Pull to refresh
36
0
Миша Генаев @genaev

User

Send message

Анализ цифровых изображений зерен ячменя для определения их пигментного состава

Reading time10 min
Views2.1K

С 12ого июля  по 21-ого августа проходило мероприятие Большая математическая мастерская. Я был руководителем проекта целью которого стала разработка метода оценки пигментного состава зерна ячменя на основе анализа цифровых изображений с помощью алгоритмов компьютерного зрения и машинного обучения. Цвет оболочки зерен злаков – важный признак, характеризующий содержащиеся в ней пигменты и метаболиты. Наличие пигментов в оболочке влияет на различные технологические свойства зерна. Показано, что растения с темной окраской зерна являются более холодо- и засухоустойчивыми, а также обладают повышенной устойчивостью к действию патогенов. Такие свойства окрашенных растений связаны с высоким содержанием антиоксидантов, а также с дополнительной механической прочностью оболочек зерна. Темная окраска колоса ячменя может быть обусловлена синтезом и накоплением двух групп пигментов. Голубая и фиолетовая окраска зерна связана с синтезом антоцианов. Серую и черную окраску ячменя обуславливают пигменты меланины. Данные пигменты могут накапливаться в оболочках зерна самостоятельно, либо совместно, поэтому визуально определить, накопление каких именно пигментов обуславливает темный цвет зерна, затруднительно. Для точного определения наличия/отсутствия пигментов используются химические и генетические методы, которые, однако, дороги и трудозатраты. Поэтому сознание нового метода для быстрой оценки наличия пигментов в зернах является актуальной задачей, решение которой поможет при исследовании механизмов генетического контроля окраски зерен.

Читать далее
Total votes 4: ↑4 and ↓0+4
Comments6

Гибридное использование RDBMS и NoSQL подходов для обработки транскриптомных данных

Reading time15 min
Views1.3K

Эксперимент по секвенированию транскриптома (RNA-seq) стал практически рутинной процедурой для изучения как модельных организмов, так и для сельскохозяйственных культур. В результате биоинформатической обработки таких экспериментов получаются объемные разнородные данные, представленные нуклеотидными последовательностями транскриптов, аминокислотными последовательностями и их структурно-функциональной аннотацией. Полученные данные важно представить широкому кругу исследователей в виде баз данных (БД). В публикации мы рассмотрим гибридный подход к созданию молекулярно-генетических баз данных, которые содержат информацию о последовательностях транскриптов и их структурнофункциональной аннотации. Сущность подхода в одновременном хранении в БД информации как структурированного типа, так и слабо структурированных данных. Технология использована для реализации БД транскриптомов сельскохозяйственных растений. В публикации рассматриваются особенности реализации такого подхода и примеры формирования как простых, так и сложных запросов к такой базе данных на языке SQL. Данная статья является укороченным пересказом нашей работы doi: 10.17537/2020.15.455 в которой я являюсь соавтором.

Читать далее
Total votes 1: ↑0 and ↓1-1
Comments1

Анализ колоса пшеницы методами компьютерного зрения. Определение плоидности

Reading time5 min
Views3.6K
14-ого августа завершился первый воркшоп Математического центра в Академгородке. Я выступал в роли куратора проекта по анализу колоса пшеницы методами компьютерного зрения. В этой заметке хочу рассказать, что из этого вышло.

Для генетики пшеницы важной задачей является определение плоидности (число одинаковых наборов хромосом, находящихся в ядре клетки). Классический подход решения этой задачи основан на использовании молекулярно-генетических методов, которые дороги и трудозатратны. Определение типов растений возможно только в лабораторных условиях. Поэтому в данной работе мы проверяем гипотезу: возможно ли определить плоидность пшеницы, используя методы компьютерного зрения, только лишь на основании изображения колоса.

image
Читать дальше →
Total votes 9: ↑9 and ↓0+9
Comments0

Видеолекции по биоинформатике

Reading time1 min
Views21K
В институте цитологии и генетики ежегодно проводит школу молодых ученых. На школу приглашаются ведущие ученые в области биоинформатики и системной биологии. Мы уже второй год записываем лекции и выкладываем их в публичный доступ.
Вот список лекций:
Total votes 23: ↑23 and ↓0+23
Comments5

vmd — консольное приложение для скачивания музыки из vk.com

Reading time2 min
Views9.4K
У вас в vk.com есть любимые музыкальных группы или друзья, с которыми ваши музыкальные вкусы совпадают? У меня да. И хотелось иметь актуальную локальную копию музыки этих групп и друзей, чтобы слушать её, например в машине, телефоне, плейере или где-нибудь ещё. Так родилась идея создания консольного open source приложения vmd (vkontakte music downloader), которое я обещал выложить на github вот в этом посте. Программа мультиплатформенная работает под linux, windows и mac os x. Скачать бинарные сборки под эти ОС можно скачать на домашней странице проекта. Под хабракатом рассказано, как vmd использовать и некоторые технические подробности.
Читать дальше →
Total votes 57: ↑41 and ↓16+25
Comments59

Публикация модуля на cpan

Reading time3 min
Views2.7K
Хочу поделиться опытом первой публикации своего модуля на cpan.org. Будем считать, что сам модуль уже написан. В моем случае это был модуль VK::App. Речь пойдет о том, как правильно собрать дистрибутив и опубликовать его на cpan.org.

Публикация модуля состоит трех этапов:
  • регистрация на pause.perl.org
  • сборка дистрибутива модуля
  • регистрация названия модуля и загрузка дистрибутива на сервер pause.perl.org.

Читать дальше →
Total votes 18: ↑18 and ↓0+18
Comments3

VK::App — модуль для создания клиентских приложений в vk.com

Reading time3 min
Views27K
Хочу рассказать о своем модуле VK::App для создания клиентских приложений в социальной сети vk.com. Основные возможности модуля:
  • Авторизация, основанная на OAuth 2.0, по логину/паролю или cookies.
  • Установка прав доступа, которые потребуются приложению.
  • Выполнение любых запросов VK API и получение результата в JSON, XML или Perl Object виде.
Модуль использует минимум зависимостей: только LWP и JSON.
A пользоваться им очень просто
Total votes 55: ↑48 and ↓7+41
Comments28

Электронный термометр с web-интерфейсом на основе UniPing RS-485

Reading time7 min
Views21K
Как известно фенотип организма формируется под влиянием генотипа и окружающей среды. Один из моих проектов — система WheatPGE для анализа взаимоотношений генотипа, фенотипа и окружающей среды у пшеницы. Летом растения выращивают в поле. Хотелось после окончания сезона иметь доступ к подробным метеорологическим данным, именно в том месте, где росли растения. Эти данные нужны для сопоставления их с генотипами и различными фенотипическими характеристиками растений и проведения различных статистических анализов.

Поле, где работают биологи, располагается в некотором удалении от здания, в которое мы могли получить доступ, возможность установить свое оборудование и использовать Internet.
Читать дальше →
Total votes 27: ↑25 and ↓2+23
Comments37

Information

Rating
Does not participate
Location
Новосибирск, Новосибирская обл., Россия
Registered
Activity