600$ — это за геном с высоким качеством чтения (x30; 2х100; >Q30 не менее 80%).
А вот насчёт доступности для простых смертных не уверен. Возможно, китайцы объявили эту цену в рекламных целях. Но всё равно приятно.
Был уверен в высоком моральном облике посетителей Geektimes, но не думал, что эта высота для меня настолько недосягаема. Похоже, придётся оправдываться.
1. Взлом ПО.
Вообще-то ПО к секвенатору MinION общедоступно. К его разработке и совершенствованию привлекались десятки или даже сотни первых пользователей этого устройства, получивших его по программе раннего доступа. Проблемы связаны с санкционными мерами Великобритании, которые компания Oxford Nanopore вынуждена была применить к своим российским клиентам. Если в России появятся незарегистрированные секвенаторы (в МГУ, СПбГУ и т.п.), то от этого никто не пострадает
2. Многоразовое использование ячеек.
Переход от одноразового к многоразовому использованию ячеек неизбежен. Это резко удешевит секвенирование, но увеличит его рынок. Поэтому и в этом случае интересы оксфордцев не пострадают. Тем более, что «многоразовость» эта весьма относительна. Электроды долго не живут.
3. Реверс-инжиниринг
Разработкой чипов с ячейками для регистрации пикоамперных токов занимаются несколько фирм и университетских лабораторий. На рынке они могут появиться уже в следующем году. Так что «реверсить» оксфордские чипы совсем не обязательно. Лучше подождать годик-другой, и использовать чипы конкурентов. Или изучить имеющиеся публикации и диссертации сторонних разработчиков и предложить собственный вариант. Но это не моё дело. Разработкой таких чипов должны заниматься специалисты, но я их что-то не вижу. Сам могу предложить только «аморальное» решение — копирование оксфордского чипа. Буду очень рад, если отечественные разработчики смогут обойтись без такой «аморалки».
Писал на полном серьёзе. Основные патенты датируются серединой лихих 90-х годов прошлого века и сейчас их сроки действия уже закончились. Кроме того, в России такие технологии не патентуют. Не верят что здесь могут появиться конкуренты.
Производить свои аналоги было бы неплохо. Но проще освоить многократное использование импортных.
Индустрия секвенирования справляется с обработкой получаемых данных.
Если считаете, что не стоит гнаться, то Вам гнаться не стоит.
В инфобезе не разбираюсь. Слово «wireshark» вижу впервые, поскольку я простой юзер. Не уверен, что заглушка на raspberry pi подойдёт для USB 3.0. Если «давайте начнём» — это не просто фигура речи, то пишите на ящик (genseq@mail.ru).
«Профит» вполне очевиден. Секвенирования будет всё больше и больше. Например, в США уже 4 года назад секвенирование обеспечивало 300 тысяч рабочих мест. А сейчас, после старта мегапроектов типа PMI (>$1 млрд., 1 млн. геномов) и China PMI (~$9,2 млрд.), секвенирование становится одним из «паровозов» экономического развития. И хорошо бы хоть как-то прицепиться к этому «паровозу».
Если очень хочется этим заняться и есть деньги, то помешать никто не сможет.
Только советую ориентироваться на последний хит сезона 2017 года — нанопоровый секвенатор MinION. В России его можно купить за 120 тыс. руб. (в Великобритании — за 1000$).
Можете разобрать MinION по«винтикам» и сделать такой же. Но цена «входного билета» для проведения этой работы — ~120 000 руб.
Производитель знает, что восстановить pH-сенсорный чип не сложно. И делает всё для того, чтобы никто не мог заниматься таким восстановлением. Проще всего контролировать качество чипов и заниматься их восстановлением при помощи самих полупроводниковых секвенаторов, но это полностью закрытые автоматизированные системы, позволяющие убедиться в качественности чипа только после полного завершения многочасового цикла секвенирования ДНК.
Александр сделал просмотровую систему, позволяющую быстро контролировать качество чипов и, соответственно, наладить их регенерацию. Если увеличить скорость считывания информации с чипа до 30...60 bps и увеличить динамический диапазон АЦП до 12...14 разрядов, то такую систему можно будет для дальнейшей разработки самодельного полупроводникового секвенатора, которому потребуется ещё система подачи реагентов, сами реагенты и сложное программное обеспечение. В связи со сложностью последнего его хорошо бы не разрабатывать, а воспользоваться уже имеющимся: www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-data-analysis-workflow/ion-torrent-suite-software.html.html
А вот насчёт доступности для простых смертных не уверен. Возможно, китайцы объявили эту цену в рекламных целях. Но всё равно приятно.
1. Взлом ПО.
Вообще-то ПО к секвенатору MinION общедоступно. К его разработке и совершенствованию привлекались десятки или даже сотни первых пользователей этого устройства, получивших его по программе раннего доступа. Проблемы связаны с санкционными мерами Великобритании, которые компания Oxford Nanopore вынуждена была применить к своим российским клиентам. Если в России появятся незарегистрированные секвенаторы (в МГУ, СПбГУ и т.п.), то от этого никто не пострадает
2. Многоразовое использование ячеек.
Переход от одноразового к многоразовому использованию ячеек неизбежен. Это резко удешевит секвенирование, но увеличит его рынок. Поэтому и в этом случае интересы оксфордцев не пострадают. Тем более, что «многоразовость» эта весьма относительна. Электроды долго не живут.
3. Реверс-инжиниринг
Разработкой чипов с ячейками для регистрации пикоамперных токов занимаются несколько фирм и университетских лабораторий. На рынке они могут появиться уже в следующем году. Так что «реверсить» оксфордские чипы совсем не обязательно. Лучше подождать годик-другой, и использовать чипы конкурентов. Или изучить имеющиеся публикации и диссертации сторонних разработчиков и предложить собственный вариант. Но это не моё дело. Разработкой таких чипов должны заниматься специалисты, но я их что-то не вижу. Сам могу предложить только «аморальное» решение — копирование оксфордского чипа. Буду очень рад, если отечественные разработчики смогут обойтись без такой «аморалки».
Производить свои аналоги было бы неплохо. Но проще освоить многократное использование импортных.
Индустрия секвенирования справляется с обработкой получаемых данных.
Если считаете, что не стоит гнаться, то Вам гнаться не стоит.
Только советую ориентироваться на последний хит сезона 2017 года — нанопоровый секвенатор MinION. В России его можно купить за 120 тыс. руб. (в Великобритании — за 1000$).
Можете разобрать MinION по«винтикам» и сделать такой же. Но цена «входного билета» для проведения этой работы — ~120 000 руб.
Александр сделал просмотровую систему, позволяющую быстро контролировать качество чипов и, соответственно, наладить их регенерацию. Если увеличить скорость считывания информации с чипа до 30...60 bps и увеличить динамический диапазон АЦП до 12...14 разрядов, то такую систему можно будет для дальнейшей разработки самодельного полупроводникового секвенатора, которому потребуется ещё система подачи реагентов, сами реагенты и сложное программное обеспечение. В связи со сложностью последнего его хорошо бы не разрабатывать, а воспользоваться уже имеющимся:
www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-data-analysis-workflow/ion-torrent-suite-software.html.html
https://yadi.sk/i/EB3Il4HzkTniz