Mobile Web, навигация и причем тут Nginx

Не совсем так, гибридный в нашем случае - это два варианта разработки web приложения:

- адаптивная версия (от десктопа)

- отдельная мобильная версия

С такой архитектурой продуктовые команды сами определяют какой вариант для них предпочтительнее

Основное приложение - это приложение, которое загружает навигацию, например: главная страница (это одно приложение), страница платежа (это другое приложение) и тд. у нас их более 100 штук

P.S. Прошу прощения за поздний ответ