Search
Write a publication
Pull to refresh
9
0
Send message

Визуализация биомолекул с помощью nglview

Reading time6 min
Views3.4K

Сегодня, одной из интересных задач компьютерного моделирования в биологии является изучение поведения биомолекул в различных растворах: динамика их структуры в ходе некоторого процесса и взаимодействие с другими молекулами. Эти задачи очень важны не только в фундаментальной науке, но и в фармацевтике. Например, перед проведением клинических испытаний разработанный препарат в первую очередь проходит этап молекулярного моделирования, на основе которого можно сделать вывод о том, как лекарство поведет себя в живом организме. К тому же, изучение молекулярной динамики может быть не только серьезным, но и интересным.

Одним из популярных и полезных инструментов для визуализации и анализа молекулярного моделирования является библиотека nglview, написанная на Python. Она представляет собой интерактивный виджет IPython/Jupyter, который позволяет визуализировать молекулярную структуру и траектории движения атомов.

Читать далее

Python для биологов

Reading time8 min
Views14K

Каждый, кто слышит словосочетание "язык программирования", наверняка представляет себе код или скрипт, который выполняет строгий порядок действий для решения сложной технической задачи. Если спросить прохожего, для каких целей используются языки программирования, первое, что придет ему на ум - разработка, а любой гуманитарий скажет, что это скучно и совершенно не интересно. Однако, мне хотелось бы развеять эти стереотипы. Учитывая современные тенденции роста научно-технического прогресса, важно отметить, что программирование пересало быть чисто "техническим" инструментом. Сегодня оно позволяет не только создавать алгоритмы для управления техникой, но и делать научные открытия, например в биологии. Понять, как устроена биоинжереная машина внутри наших клеток, какие функции выполняеет каждый отдельно взятый ген, какие гены ответственны за наши болезни, как вирусы и бактерии влияют на нас на молекулярном уровне, как создать новый фармацевтический препарат и множество других вопросов, позволяет программирование.

Python - высокоуровневый язык программирования, который широко применяется в самых разных сферах деятельности: в разработке, в тестировании, в администровании, в анализе данных, в моделировании, а также в науке. Широкое распространение он получил не только, благодаря своей простоте и лаконичности, но и в силу своей модульности, возможности интегрироваться с другими языками программирования и наличия большого количества пакетов для анализа больших данных и научных расчетов.

Читать далее

Information

Rating
Does not participate
Registered
Activity