Pull to refresh
139
Karma
0
Rating
Ярослав Сергиенко @pallada92

Визуализация данных и frontend в ИСИЭЗ НИУ ВШЭ

Трехмерный движок в коде… ДНК

Abnormal programming *Working with 3D-graphics *Popular science Biotechnologies
Tutorial
UPD 29 ноября: Репозиторий с кодом ДНК выложен на GitHub.
github.com/pallada-92/dna-3d-engine

UPD 30 ноября:
В англоязычном твиттере заметили проект
Новость попала в топ-10 на HackerNews!






Меня всегда интересовало, на что может быть похоже программирование внутриклеточных процессов. Как выглядят переменные, условия и циклы? Как вообще можно управлять молекулами, которые просто свободно перемещаются в цитоплазме?

Ответ довольно неожиданный — lingua franca для моделирования сложных процессов в клетках является реакции вида
Эти реакции моделируются при помощи закона действующих масс, который одинаково работает и в химии, и в молекулярной биологии.

— Неужели при помощи этих примитивных реакций можно что-то программировать?
— Да, а то, что написано выше, вычисляет $B = \sqrt{A}$.

В этом пошаговом туториале мы вместе взорвем себе мозг, чтобы получить 10 таких реакций, которые производят рендер трехмерного куба.

Потом я расскажу, как полученные реакции скомпилировать в код ДНК, который можно синтезировать в лаборатории и (если очень повезет) получить трехмерный куб из двумерного массива пробирок.

Как обычно, я сделал веб-приложение с эмулятором таких реакций, в котором можно поупражняться в «реактивном» программировании. Вы сможете удивлять химиков способностью вычисления конечных концентраций в сложных системах реакций методом пристального взгляда.

Для понимания статьи никаких предварительных знаний не требуется, необходимые сведения из школьной программы по биологии мы повторим в начале статьи. Также мы разберем типичные паттерны, которые использует эволюция для достижения сложного поведения в живых клетках.
Total votes 94: ↑94 and ↓0 +94
Views 21K
Comments 30

Трехмерный движок внутри запроса SQL

Abnormal programming *SQL *SQLite *
Tutorial
Несколько лет назад на форуме SQL.ru решили провести сравнение реализаций трассировщиков лучей на разных языках программирования. К сожалению, моя заявка не может участвовать т.к. она не выводит надпись «PIXAR», поэтому публикую ее здесь.

Для чистоты эксперимента я использовал SQLite без расширений. Оказалось, что там нет даже функции SQRT.

WITH RECURSIVE numbers AS (SELECT 0 AS n UNION ALL SELECT n+1 FROM numbers WHERE n<89),
pixels AS (SELECT rows.n as row, cols.n as col FROM numbers as rows CROSS JOIN
numbers as cols WHERE rows.n > 4 AND rows.n < 38 AND cols.n > 9 AND cols.n < 89),
rawRays AS (SELECT row, col, -0.9049 + col * 0.0065 + row * 0.0057 as x,
-0.1487 + row * -0.0171 as y, 0.6713 + col * 0.0045 + row * -0.0081 as z FROM pixels),
norms AS (SELECT row, col, x, y, z, (1 + x * x + y * y + z * z) / 2 as n FROM rawRays),
rays AS (SELECT row, col, x / n AS x, y / n AS y, z / n AS z FROM norms),
iters AS (SELECT row, col, 0 as it, 0 as v FROM rays UNION ALL
SELECT rays.row, rays.col, it + 1 AS it, v + MAX(ABS(0.7+v*x) - 0.3,
ABS(0.7+v*y) - 0.3, ABS(-1.1+v*z) - 0.3, -((0.7+v*x) * (0.7+v*x) +
(0.7+v*y) * (0.7+v*y) + (-1.1+v*z) * (-1.1+v*z)) * 1.78 + 0.28) AS v
FROM iters JOIN rays ON rays.row = iters.row AND rays.col = iters.col WHERE it < 15),
lastIters AS (SELECT it0.row, it0.col, it0.v AS v0, it1.v AS v1, it2.v AS v2
FROM iters as it0 JOIN iters AS it1 ON it0.col = it1.col AND it0.row = it1.row
JOIN iters AS it2 ON it0.col = it2.col AND it0.row = it2.row
WHERE it0.it = 15 AND it1.it = 14 AND it2.it = 13),
res AS (SELECT col, (v0 - v1) / (v1 - v2) as v FROM lastIters)
SELECT group_concat(
substr('$@B%8&WM#*oahkbdpqwmZO0QLCJUYXzcvunxrjft/|()1{}[]?-_+~<>i!lI;:,"^. ',
round(1 + max(0, min(66, v * 67))), 1) || CASE WHEN col=88 THEN X'0A' ELSE '' END, '')
FROM res;



Здесь можно покрутить кубик

Под катом построчный разбор запроса. Как обычно, достаточно знания основ SQL и школьной математики.
Читать дальше →
Total votes 169: ↑168 and ↓1 +167
Views 39K
Comments 24

Трехмерный движок на формулах Excel для чайников

Abnormal programming *Working with 3D-graphics *CGI *
Tutorial


В этой статье я расскажу, как мне удалось портировать алгоритм рендера трехмерных сцен на формулы Excel (без макросов).

Для тех, кто не знаком с компьютерной графикой, я постарался как можно проще и подробнее описать все шаги. В принципе, для понимания формул должно быть достаточно знания школьного курса математики (+умение умножать трехмерную матрицу на вектор).

Также я сделал небольшое веб-приложение, где можно потренироваться в создании формул для произвольных фигур и сгенерировать свой файл Excel.

Осторожно: 19 картинок и 3 анимации под катом.
Читать дальше →
Total votes 211: ↑209 and ↓2 +207
Views 67K
Comments 55

Information

Rating
Does not participate
Location
Москва, Москва и Московская обл., Россия
Date of birth
Registered
Activity