В документации cordova и phonegap есть инструкции с вариантами как можно подписать.
Самый стандартный способ это:
1) сгенерировать ключ (пароль + алиас)
2) прописать конфиг в build.properties
3) запустить стандартный cordova build android --release
Итого ничего потом подписывать не нужно после билда, на выходе подписанный .apk
Самый стандартный способ это:
1) сгенерировать ключ (пароль + алиас)
2) прописать конфиг в build.properties
3) запустить стандартный cordova build android --release
Итого ничего потом подписывать не нужно после билда, на выходе подписанный .apk