R *

Давайте поговорим об использовании и преимуществах параллельных вычислений в R.

Причина, по которой стоит об этом задуматься: заставляя компьютер больше работать (выполнять много расчетов одновременно), мы меньше времени ждем результатов наших экспериментов и можем выполнить еще. Это особенно важно для анализа данных (R как платформа обычно используется именно для этой цели), поскольку часто требуется повторить вариации одного и того же подхода, чтобы что-то узнать, вывести значения параметров, оценить стабильность модели.

Обычно, для того, чтобы заставить компьютер больше работать, сначала нужно потрудиться самому аналитику, программисту или создателю библиотеки, чтобы организовать вычисления в виде, удобном для параллелизации. В лучшем случае кто-то уже сделал это за вас:

• Хорошие параллельные библиотеки, например, многопоточные BLAS/LAPACK, включены в Revolution R Open (RRO, сейчас Microsoft R Open) (смотреть здесь).
• Специализированные параллельные расширения, предоставляющие свои собственные высокопроизводительные реализации важных процедур, например, методы rx от RevoScaleR или методы h2o от h2o.ai.
• Фреймворки абстрактной параллелизации, например, Thrust/Rth.
• Использование прикладных библиотек R, связанных с параллелизацией (в частности, gbm, boot и vtreat). (Некоторые из этих библиотек не используют параллельные операции, пока не задано окружение для параллельного выполнения.)

Spark – проект Apache, предназначенный для кластерных вычислений, представляет собой быструю и универсальную среду для обработки данных, в том числе и для машинного обучения. Spark также имеет API и для R(пакет SparkR), который входит в сам дистрибутив Spark. Но, помимо работы с данным API, имеется еще два альтернативных способа работы со Spark в R. Итого, мы имеем три различных способа взаимодействия с кластером Spark. В данном посте приводиться обзор основных возможностей каждого из способов, а также, используя один из вариантов, построим простейшую модель машинного обучения на небольшом объеме текстовых файлов (3,5 ГБ, 14 млн. строк) на кластере Spark развернутого в Azure HDInsight.

Это подробная инструкция по распознаванию образов в R с использованием глубокой сверточной нейронной сети, предоставляемой пакетом MXNet. В этой статье приведен воспроизводимый пример, как получить 97,5% точность в задаче распознавания лиц на R.

В этой статье речь пойдет о задачи бинарной классификации объектов и ее реализации в одном из наиболее производительных пакетов машинного обучения "R" — "XGboost" (Extreme Gradient Boosting).
В реальной жизни мы довольно часто сталкиваемся с классом задач, где объектом предсказания является номинативная переменная с двумя градациями, когда нам необходимо предсказать результат некого события или принять решения в бинарном выражении на основании модели данных. Например, если мы оцениваем ситуацию на рынке и нашей целью является принятие однозначного решения, имеет ли смысл инвестировать в определенный инструмент в данный момент времени, купит ли покупатель исследуемый продукт или нет, расплатится ли заемщик по кредиту или уволится ли сотрудник из компании в ближайшее время и.т.д.

Один из наиболее частых вопросов, с которыми сталкиваются специалисты по обработке и анализу данных — «Какой язык программирования лучше всего использовать для решения задач, связанных с машинным обучением?» Ответ на этот вопрос всегда приводит к сложному выбору между R, Python и MATLAB. Вообще говоря, никто не может дать объективный ответ, какой же язык программирования лучше. Конечно, язык, который вы выбираете для машинного обучения, зависит от ограничений конкретной задачи и данных, предпочтений самого специалиста и тех методов машинного обучения, которые нужно будет применить. Согласно опросу о любимом инструменте пользователей Kaggle для решения задач анализа данных R предпочитают 543 из 1714.

Сейчас в CRAN доступен 8341 пакет. Кроме CRAN, есть и другие репозитории с большим количеством пакетов. Синтаксис для установки любого из них прост: install.packages(“Name_Of_R_Package”).

Вот несколько пакетов, без которых вы вряд ли обойдетесь, как специалист по анализу данных: dplyr, ggplot2, reshape2. Безусловно, это не полный список. В этой статье мы подробнее остановимся на пакетах, применяемых в машинном обучении.

В этой заметке хочу поделиться своей идеей решения задачи MLBootCamp «Оценка производительности» от Mail.ru. Главное достоинство этого способа — в его простоте и скорости выполнения скрипта. И хотя он не сможет соревноваться в точности с победителями соревнования (мои поздравления!), но может оказаться полезным на практике, если несколько десятых процента не являются критичными, или отправной точкой для дальнейшего развития. Скрипт написан на R.

Один из наиболее частых вопросов, с которыми сталкиваются специалисты по обработке и анализу данных — «Какой язык программирования лучше всего использовать для решения задач, связанных с машинным обучением?» Ответ на этот вопрос всегда приводит к сложному выбору между R, Python и MATLAB. Вообще говоря, никто не может дать объективный ответ, какой же язык программирования лучше. Конечно, язык, который вы выбираете для машинного обучения, зависит от ограничений конкретной задачи и данных, предпочтений самого специалиста и тех методов машинного обучения, которые нужно будет применить. Согласно опросу о любимом инструменте пользователей Kaggle для решения задач анализа данных R предпочитают 543 из 1714.

Сейчас в CRAN доступен 8341 пакет. Кроме CRAN, есть и другие репозитории с большим количеством пакетов. Синтаксис для установки любого из них прост: install.packages(“Name_Of_R_Package”).

Вот несколько пакетов, без которых вы вряд ли обойдетесь, как специалист по анализу данных: dplyr, ggplot2, reshape2. Безусловно, это не полный список. В этой статье мы подробнее остановимся на пакетах, применяемых в машинном обучении.

Всем привет!

Меня зовут Алексей Бурнаков. Я Data Scientist в компании Align Technology. В этом материале я расскажу вам о подходах к feature selection, которые мы практикуем в ходе экспериментов по анализу данных.

В нашей компании статистики и инженеры machine learning анализируют большие объемы клинической информации, связанные с лечением пациентов. В двух словах смысл этой статьи можно свести к извлечению ценных крупиц знания, содержащихся в небольшой доле доступных нам зашумленных и избыточных гигабайтов данных.

Данная статья предназначена для статистиков, инженеров машинного обучения и специалистов, которые интересуются вопросами обнаружения зависимостей в наборах данных. Также материал, изложенный в статье, может быть интересен широкому кругу читателей, неравнодушных к data mining. В материале не будут затронуты вопросы feature engineering и, в частности, применения таких методов как анализ главных компонент.

Источник.

Внимание, футбол на Хабре! Вот этот пост побудил меня загрузить данные о распределении игроков команд-участниц Евро 2016 по национальным лигам, в которых они выступают. На значимый турнир в национальные сборные вызывают сильнейших на данный момент футболистов. По этой выборке мы можем сравнить между собой европейские футбольные первенства. Какие лиги самые представительные на Евро 2016 и за счет чьих сборных? Под катом графики (трафик) и немного рассуждений. Свисток, игра началась!

В R есть встроенная утилита для профилирования производительности и памяти — Rprof. Наберите в консоли ?Rprof, чтобы узнать о ней больше.

Профайлер работает так:

1. запускаете профайлер, вызывая Rprof и передавая имя файла, где будут храниться данные профилирования
2. вызываете функции R, которые хотите проанализировать
3. вызываете Rprof(NULL), чтобы остановить профайлер
4. анализируете файл, созданный Rprof, как правило, с помощью summaryRprof

Итак, 20 июня мы запускаем наш следующий курс для аналитиков. Для тех, кто летом в Москве и хочет посвятить это время учебе. Следующий курс для менеджеров стартует 5-го июля.

Отзывы по нашим предыдущим курсам можно почитать здесь.

К нам часто поступают вопросы касательно того, как подготовиться к нашему курсу, где изучить Python или математику.

Специально для тех, кто хотел бы развиваться в направлении анализа данных, но чувствует потребность подтянуть знания по математике или программированию мы запустили наш новый курс: Введение в Data Science.

Недавно я озадачился поиском б.у. автомобиля, взамен только что проданного, и, как это обычно бывает, на эту роль претендовали несколько конкурентов.

Как известно, для покупки авто на территории РФ существует несколько крупных авторитетных сайтов (auto.ru, drom.ru, avito.ru), поиску на которых я и отдал предпочтение. Моим требованиям отвечали сотни, а для некоторых моделей и тысячи, автомобилей, с перечисленных выше сайтов. Помимо того, что искать на нескольких ресурсах неудобно, так еще, прежде чем ехать смотреть авто “вживую”, я хотел бы отобрать выгодные (цена которых относительно рынка занижена) предложения по априорной информации которую предоставляет каждый из ресурсов. Я, конечно, очень хотел решить несколько переопределенных систем алгебраических уравнений (возможно и нелинейных) высокой размерности вручную, но пересилил себя, и решил этот процесс автоматизировать.

Есть два отличных пакета для работы с данными в R — dplyr и data.table. У каждого пакета свои сильные стороны. dplyr элегантнее и похож на естественный язык, в то время как data.table лаконичный, с его помощью многое можно сделать всего в одну строку. Более того, в некоторых случаях data.table быстрее (сравнительный анализ доступен здесь), и это может определить выбор, если есть ограничения по памяти или производительности. Сравнение dplyr и data.table можно также почитать на Stack Overflow и Quora.

Здесь можно найти руководство и краткое описание data.table, а здесь — для dplyr. Также можно почитать обучающие материалы по dplyr на DataScience+.

В первой части: начало работы с данными, выбор, удаление и переименование столбцов.

Есть два отличных пакета для работы с данными в R — dplyr и data.table. У каждого пакета свои сильные стороны. dplyr элегантнее и похож на естественный язык, в то время как data.table лаконичный, с его помощью многое можно сделать всего в одну строку. Более того, в некоторых случаях data.table быстрее (сравнительный анализ доступен здесь), и это может определить выбор, если есть ограничения по памяти или производительности. Сравнение dplyr и data.table можно также почитать на Stack Overflow и Quora.

Здесь можно найти руководство и краткое описание data.table, а здесь — для dplyr. Также можно почитать обучающие материалы по dplyr на DataScience+.

На днях завершился очередной чемпионат мира по хоккею.

За просмотром матчей родилась идея. Когда в перерывах телевизионная камера показывает уходящих в раздевалку игроков, трудно не заметить, насколько они огромные. На фоне тренеров, функционеров команд, сотрудников ледовой арены, журналистов или просто фанатов они, как правило, выглядят очень внушительно.

И я задался вопросами. Действительно ли хоккеисты выше обычных людей? Как изменяется рост хоккеистов со временем в сравнении с обычными людьми? Есть ли устойчивые межстрановые различия?

Стандартный план любого хакатона ↓

R, один из популярнейших языков программирования среди data scientist'ов, получает все большую и большую поддержку как среди opensource-сообщества, так и среди частных компаний, которые традиционно являлись разработчиками проприетарных продуктов. Среди таких компаний – Microsoft, чья интенсивно увеличивающая поддержка языка R в своих продуктах/сервисах, привлекла к себе и мое внимание.

Одним из «локомотивов» интеграции R с продуктами Майкрософт является облачная платформа Microsoft Azure. Кроме того, появился отличный повод повнимательнее взглянуть на связку R + Azure – это проходящий в эти выходные (21-22 мая) хакатон по машинному обучению, организованный Microsoft.

Хакатон – мероприятие, где кофе время чрезвычайно ценный ресурс. В контексте этого я ранее писал о best practices обучения моделей в Azure Machine Learning. Но Azure ML – это не инструмент для прототипирования; это скорее сервис для создания продукта с SLA со всеми вытекающими отсюда затратами как на время разработки, так и на стоимость владения.

R же прекрасно подходит для создания прототипов, для копания (mining) в данных, для быстрой проверки своих гипотез – то есть
всего того, что нам нужно на такого типа соревнованиях! Ниже я расскажу, как использовать всю мощь R в Azure – от создания прототипа до публикации готовой модели в Azure Machine Learning.

Как многим известно из прессы, международный консорциум журналистов-расследователей (ICIJ) выложил в свободный доступ, так называемый «Панамский архив»: сведения о лицах, связанных с офшорными компаниями по всему миру, полученные неизвестными лицами из панамской юридической фирмы Mossack Fonseca.

Можно по разному относиться и к самим этим данным, к способу их получения и публикации в открытом доступе. Но, если абстрагироваться от этих вопросов, то это просто информация, которую можно обработать и на которую можно посмотреть с разных углов (в прямом смысле).

Пропущенные значения в данных — обычное в реальных задачах явление. Нужно знать, как эффективно работать с ними, если цель — уменьшить погрешность и построить точную модель. Давайте рассмотрим разные варианты обработки пропущенных значений и их реализацию.

summarise() используется с агрегирующими функциями, которые принимают на вход вектор значений, а возвращают одно. Функция summarise_each() предлагает другой подход к summarise() с такими же результатами.

Цель этой статьи — сравнить поведение summarise() и summarise_each(), учитывая два фактора, которыми мы можем управлять:

1. Сколькими переменными оперировать

• 1А, одна переменная
• 1В, более одной переменной

2. Сколько функций применять к каждой переменной

• 2А, одна функция
• 2В, более одной функции

Получается четыре варианта:

• Вариант 1: применить одну функцию к одной переменной
• Вариант 2: применить много функций к одной переменной
• Вариант 3: применить одну функцию к многим переменным
• Вариант 4: применить много функций к многим переменным

Также проверим эти четыре случая с и без опции group_by().

Ввод/вывод, изменение и визуализация геопространственных данных — задачи, общие для многих дисциплин. Поэтому многие заинтересованы в создании хороших инструментов для их решения. Набор инструментов для работы с пространственными данными постоянно растет. Мы поверхностно рассмотрим каждый из них. Подробности можно получить по ссылкам на cran или github.

Мы не пытаемся заменить уже существующие в R геопространственные библиотеки — скорее, дополнить и создать небольшие инструменты, позволяющие легко воспользоваться только необходимыми вам функциями.