Я попытался изготовить PCB на CNC3018 под Linux. Всё оказалось сложнее, чем я думал

вообще не понял суть проблемы. под линухом использую то же ПО, что и под виндой. g2g генерит g-код и под лазер для выжигания краски и под сверловку/фрезеровку. дальше candle и все. повторяемость отличная, всякие qfn - без проблем.

Разные идеи по апгрейду DIY-процесса изготовления печатных плат

Вы явно что-то не так делаете, потому что у меня никаких проблем нет с самой дешёвой краской из баллончика. Черная матовая прожигается легко даже на 10% мощности обычным китайским лазером на ватт 5.