1. Пролог

Недавно я прочитал замечательную статью [1]. В ней автор рассказывает о том, что не всегда вычислительные машины были двоичными. На заре компьютерной эры существовали машины, которые использовали десятичную и троичную систему счисления.
Десятичная система удобна человеку, но ее достаточно сложно реализовать на существующей элементной базе. Кроме того, десятичная система подвержена ошибкам в результате искажения сигнала при передаче. Троичную систему реализовать не на много сложнее двоичной ([2]), но она способна дать как минимум три преимущества.

Я начну с провокационного заявления — «биологи не публикуют детали своих исследований». Казалось бы столько статей, столько исследований… но где описание и детализация информации, которая получена? Её в принципе нет. А статьи без такой информации пусты и спорны. Каждый нахваливает свой метод, но много ли кто озаботился верификацией чужих данных, а главное смог ли он её сделать?

Можно лишь приветствовать появление таких биоинформационных баз как NCBI genomes и PDB, в которые исследователи помещают данные о секвенированных геномах и структурах РНК, белков. И главное, некоторые ученные прежде чем опубликовать статью, прежде помещают данные в биоинформационные базы.

Вы скажите есть много других баз — но я вам скажу они менее серьезные, и как правило перепосты этих двух с некоторой адаптацией. Но главное, что вся другая биоинформационная информация, можно сказать вторичная — не помещается в базы. А в статьях тем не менее идут различные спекуляции.

Конечно, так оно выглядит только для таких дилетантов как я. У настоящих же профессионалов все как в аптеке. Поэтому можете не утруждать себя ответом на эти пафосные заявления. Мы просто поговорим как выглядит биоинформатика в её частных областях глазами дилетанта. Но может и вас эта история к чему нибудь побудит.

Мы поговорим ниже о построение дерева эволюции согласно Дарвину, посмотрим на сколько это справедливо и таки я в итоге дам полное дерево (в рамках имеющейся информации) эволюции бактерий на основании самых консервативных генов тРНК. И дам пояснение о методе построения такого дерева.

Специалистам в биоинформатике рекомендую читать с раздела №5, пропустив весь мой пафос.

В этом замечательном туториале от Аллана Тана мы создадим собственную игру, похожую на Fruit Ninja от Halfbrick Studios, используя Cocos2D и Box2D.
В большинстве подобных игр, когда игрок разрезает спрайт, тот делится на два заранее подготовленных спрайта; вне зависимости от того, в каком именно месте мы разрубили объект.
Однако в этом туториале мы сделаем вещь покруче. Наши фрукты можно будет резать на несколько кусочков, и резаться они будут в зависимости от того, где прошел палец игрока!
Очевидно, что это руководство не для новичков и требует продвинутых знаний Cocos2D и Box2D. Если вы только начали программировать под iOS, то вам лучше, как минимум, пробежться глазами по введению в Cocos2D и в Box2D.

А вот и видео игры, которую мы создадим, используя несколько крутых приемчиков!



Всех заинтересовавшихся прошу под кат! Warning: много переведенного текста!

О zsh не раз писали на хабре. Однако, и как те топики, и как мои личные наблюдения, показывают, что большинство людей, знакомых с zsh, используют его как bash с продвинутым автокомплитом. Да и тот (автокомплит) используют не на полную катушку.

Я не хочу описывать как раскрасить консоль во все цвета радуги или сделать промт, показывающий всё на свете. Я хочу показать, что возможности zsh гораздо шире, и его использование в качестве основной оболочки может сделать вашу работу немного краше.

Каждый — гениален. Но если вы будете судить рыбу по ее способности лазать по деревьям,
она всю жизнь проживет с верой в свою глупость.

Альберт Эйнштейн

Лень — это привычка отдыхать до того, как ты устанешь.

Жюль Ренар

Проблемы с концентрацией внимания? Внешнее воздействие сбивает с толку? Кажется, что все кругом рушится? Не получается запоминать вещи? Выход есть. Чтобы все было нормально, надо только чуть-чуть помочь. Надо принять себя и научиться с этим жить.

Решительно сократить количество проблем можно, придерживаясь следующих рекомендаций:

1. В голове держать не больше трех-пяти вещей за раз, объединив действия в большие смысловые блоки.
2. Раз и навсегда выбрать решение по ежедневному набору мелочей: вносить дела к календарь, проверять утюг и т.п.
3. Разложить все вещи по своим местам и поддерживать заведенный порядок.
4. Дублировать необходимые и часто используемые вещи; разложить их по всем углам.
5. Умело пользоваться календарем, мобильником и другими инструментами интернет-века.
6. И самое главное: НЕ ОТВЛЕКАТЬСЯ ПО МЕЛОЧАМ!

Каждый год 31 декабря David Eppstein публикует обзор препринтов за прошедший год, посвященных структурам данных и алгоритмам, опубликованным на arxiv.org. По ссылкам можно познакомиться с материалами за 2010 и 2011 (мой перевод) годы.

Раздел cs.DS развивается хорошими темпами: в этом году появилось 935 препринтов по алгоритмам и структурам данных, в то время как за 2011 их было 798. Раздел пока не дотягивает до сотни в месяц, хотя в июле (98 препринтов) этот порог был очень близок.

Это мой личный список из десятка препринтов, которые кажутся мне особенно интересными. Как обычно, я не вношу в него мои собственные работы и некоторые другие, о которых я писал раньше. Кроме того, здесь нет результатов (например, более быстрый алгоритм нахождения максимального потока), не появлявшихся на arxiv.org.

Вот они, в хронологическом порядке:

Задача кластеризации – частный случай задачи обучения без учителя, которая сводится к разбиению имеющегося множества объектов данных на подмножества таким образом, что элементы одного подмножества существенно отличались по некоторому набору свойств от элементов всех других подмножеств. Объект данных обычно рассматривается как точка в многомерном метрическом пространстве, каждому измерению которого соответствует некоторое свойство (атрибут) объекта, а метрика – есть функция от значений данных свойств. От типов измерений этого пространства, которые могут быть как числовыми, так и категориальными, зависит выбор алгоритма кластеризации данных и используемая метрика. Этот выбор продиктован различиями в природе разных типов атрибутов.

В этой статье приведён краткий обзор методов кластеризации числовых пространств данных. Она будет полезна тем, кто только начинает изучать Data Mining и кластерный анализ и поможет сориентироваться в многообразии современных алгоритмов кластеризации и получить о них общее представление. Статья не претендует на полноту изложения материала, напротив, описание алгоритмов в ней максимально упрощено. Для более подробного изучения того или иного алгоритма рекомендуется использовать научную работу, в которой он был представлен (см. список литературы в конце статьи).

В какой-то момент разработчику андроид приложений становится тесно в рамках одного магазина Google Play. И тогда он начинает задумываться о том, как бы еще донести до пользователей свои приложения. Оказывается, достаточно много вариантов это сделать.

Перечислю те, которые попробовал сам. Сразу оговорюсь, что приложения у меня бесплатны, с рекламой внутри. С публикацией платных приложений разберусь, когда появятся достойные.

С новым стандартом С++ появилось множество интересных и полезных улучшений, одно из которых спецификатор времени компиляции noexcept, которой говорит компилятору о том, что функция не будет выбрасывать исключения. Если интересно, какие преимущества предоставляет этот спецификатор и не пугает код на С++ — добро пожаловать под кат.

Несколько лет назад я начал преподавать свой любимый язык python школьникам. И возникла такая задача: рассказать про объектную модель, но что бы это было не скучно и как можно нагляднее. И тут меня не сразу, но осенило — пчёлы!

Возможно, вы уже знакомы с обобщёнными константными выражениями. Если нет — можете почитать о них, например, вот здесь). В этой статье я хочу поделиться своим опытом в использовании объединений (unions) в константных выражениях.

Объединения не очень популярны в ООП из-за той бреши в безопасности типов, которую они открывают, но иногда они предоставляют некоторые незаменимые возможности, которые лично я оценил при работе с Fernando Cacciola над черновиком std::optional.

В языках с автоматическим управлением памятью сборщик мусора удаляет объекты, когда они перестают быть доступными по ссылкам. Обычно это именно то, что нужно: объект существует, пока есть возможность к нему обратиться.
Иногда такое поведение не подходит. Например, программе понадобилось хранить некоторую вспомогательную информацию об экземплярах некоторого класса, но у вас нет возможности добавить в этот класс своё поле. В этом случае можно создать отображение, в котором ключом будет объект, а значением — вспомогательная информация.
Вот тут-то и начинаются проблемы. Поскольку отображение хранит ссылки на ключи, те объекты, к которым была привязана вспомогательная информация, перестают освобождаться из памяти. Если программа в процессе своей работы создаёт много объектов, память рано или поздно заканчивается.

Прочитав недавний топик "Использование try — catch для отладки" решил все таки в качестве дополнения поделиться и своим опытом.

В этой статье предлагаю рассмотреть получение callstack’а места, где было брошено исключение в случае работы со
структурными исключениями (MS Windows). В детали работы исключений вдаваться не будем, т.к. это тянет на отдельный цикл статей (для интересующихся рекомендую Рихтера, MSDN и wasm.ru). Конечно, есть много уже готовых проектов для генерации minidump’ов (например CrashRpt или google-breakpad), так что эта статья носит больше образовательный характер.

Что делать с полученным стеком вызовов — решать вам. Можно смотреть отладчиком, можно записать в файл и смотреть сторонней программой (для этого не забудьте записать список загруженных модулей с их адресами, а так же вам понадобятся отладочные символы).

Этот пост снова посвящается цикловым оптимизациям. Почему вообще речь зашла о цикловых перестановочных оптимизациях? Дело в том, что это одна из самых эффективных частей оптимизирующего компилятора. В число цикловых перестановочных оптимизаций входит как автовекторизация так и автопараллелизация. У этих оптимизаций существует своя специфика, но в целом у всех цикловых оптимизаций общие проблемы и общие методы их решения.
Часто приходится слышать мнение, что компилятор во многих случаях «тупит». Мне хочется здесь побыть адвокатом компилятора, чтобы показать, что жизнь компилятора не так уж легка, возможно вызвать легкую долю сочувствия к его нелегкой доле и показать, какие существуют объективные трудности при обработке программы и почему во многих случаях компилятор совершенно обоснованно не может сделать ту или иную оптимизацию, которая кажется очевидной программисту. Ну и заодно я хочу продемонстрировать некоторые возможности помочь компилятору в его работе. Понятно, что иногда существуют и субъективные факторы, в лице разработчиков, которые по како-либо причине не реализовали ту или иную функциональность внутри компилятора.

Здравствуйте, изначально статья задумывалась как обзор плоттерного винила Oracal 651 в качестве замены фотобумаги для переноса тонера. Однако, в качестве примера я выбрал самодельную версию Arduino Mini (ATMega8) и решил довести статью до логического завершения.



Винил выгодно отличается от фотобумаги и разного рода подложек — процесс изготовления платы становится менее трудоемким и более экономичным, о самом ЛУТ можно почитать здесь.

Лечу Crash'и NSLog'ами. Недорого. Многолетний опыт. 100% гарантия.

Примерно таким заголовком можно было бы описать то, что три с половиной месяца назад происходило у меня на одном из проектов. Вернее, это даже был не мой проект, но с проблемой crash'а пришлось разбираться именно мне.

Все началось с того, что на одном из относительно больших проектов начало стабильно вываливаться исключение при авторизации пользователя. «Ну и что тут такого? У всех бывает. Проверку на nil забыли поставить или где-то накосячили. „Тоже, мне, большое событие — crash на проекте“, — подумает большая часть программистов. В принципе — абсолютно согласен. Crash — не такое уж и редкое явление в программировании под iPhone, и с ним сталкиваешься по десять раз на день. Но этот был особенным. От него уже начало попахивать „магией“, когда мне сказали про его некоторые параметры и особенности:

• Воспроизводимость на симуляторе: 100%
• Воспроизводимость на устройстве: 0%
• Путь к крэшу (после локализации крэша): ~ 40 секунд
• Настройки оптимизации при компиляции (-O1,-O2...) не влияют на воспроизводимость
• XIB'ы в проекте не используются

Да выглядел он довольно безобидно:

// Code
UITextView * textView = [ [UITextView alloc] initWithFrame:CGRectMake(0, 150, _width, _height)];

// Exception
*** Terminating app due to uncaught exception 'CALayerInvalidGeometry', 
    reason: 'CALayer bounds contains NaN: [0 0; nan 200]'

»Ну тут же и ежу понятно, что width — после вычисления — NaN!", — подумал я. Бегло поглядев где и как вычисляется ширина вьюхи, и не найдя ничего особого опасного, я, для утверждения своей догадки, поставил перед созданием вьюхи NSLog. А вдобавок, и точку останова на строке с созданием элемента.

// Source:
NSLog(@"width = %f", _width);

//Output:
width = 200

«Гм», — подумал про себя я, и продолжил выполнение программы после точки останова. И крэша не произошло…

В интернете довольно много говорят о новых возможностях C++11: auto, lambda, variadic templates. Но как-то обошли стороной новые возможности работы с исключениями, которые предоставляет язык и стандартная библиотека.

От предыдущей версии стандарта остался механизм генерации исключений (throw), проверка того, что мы находимся в процессе обработки исключения (std::uncaught_exception), механизм остановки, если исключение не было обработано. Также есть иерархия стандартных исключений на базе класса std::exception.

Новый стандарт добавляет к этим вещам еще несколько сущностей, которые, на мой взгляд, могут существенно упростить работу с исключениями в C++.

Это перевод статьи «How to trick C/C++ compilers into generating terrible code?», автор оригинала — Aater Suleman.

На курсе архитектуры ЭВМ мне сказали, что процессор похож на машину. Руль и педали — это ISA, двигатель — микроархитектура, а программа — водитель. Продолжая эту аналогию, скажу, что использование компьютера похоже на управление машиной через пульт дистанционного управления. Пульт — это клёвая вещь, но в то же время важно понимать, как он работает. Даже в профессиональном ПО я видел много примеров кода, который может смутить даже самый умный компилятор. В этой статье я расскажу об основных методах запутывания компиляторов.

Привет,

чуть больше года назад я написал на Хабре статью: От Дублина до Сингапура: история разработки iPad приложения.
За прошедшее время приложение заработало некоторые деньги (beer money:), а я успел уволиться с работы и переехать обратно в Дублин, посвятив себя полностью разработке приложений под iOS. Ах, да, еще я успел выпустить Colorific 2.0 пару дней назад.

Под катом я расскажу о эволюции приложения, о некоторых его достижениях (включая графики продаж, которыми могут похвастать немногие статьи), а так-же о встреченных трудностях и граблях на которые успел наступить :)
Так-же я раздам немного промо-кодов в награду тем, кто прочитал такой длинный пост.

      Распространено мнение, что GCC отстает по производительности от других компиляторов. В этой статье мы постараемся разобраться, какие базовые оптимизации GCC компилятора стоит применить для достижения приемлемой производительности.