Data Scientist
Продолжаем разбираться со особенностями МРТ-данных для обучения нейронных сетей. Сегодня рассмотрим некоторые подходы к препроцессинту и аугментации таких изображений.
Содержание и первые части цикла статей здесь.
Продолжаем изучать МРТ-данные с точки зрения Data Science. Сегодня рассмотрим алгоритм выбора конкретной серии изображений для обучения и инференса нейронных сетей.
Содержание и первые части цикла статей здесь.
Продолжаем изучать МРТ-данные с точки зрения Data Science. Сегодня поговорим о некоторых питоновских библиотеках для обработки МРТ-изображений и их метаданных: SimpleITK, PyDicom, PyNrrd, MONAI.
Содержание и первые части цикла статей здесь.
Продолжаем изучать МРТ-данные с точки зрения Data Science. Сегодня: Inversion-Recovery и серии FLAIR, STIR. Размерности серий и их регистрация. Методы Echo Planar Imaging (EPI) и PROPELLER.
Содержание и первые части цикла статей здесь.
Продолжаем изучать МРТ-данные с точки зрения Data Science. Сегодня рассмотрим некоторые анатомические и функциональные серии: T1W, T2W, PdW, DWI, ADC, DCE. В четверг продолжим.
Содержание и первые части цикла статей здесь.
«Геометрия МРТ изображений» — продолжаем разбираться со особенностями МРТ-данных для обучения нейронных сетей. Сегодня: Размеры и значения пикселей\вокселей. Поле зрения (FOV). Системы координат.
Содержание и первые части цикла статей здесь.
"От сигнала к изображению" - продолжаем разбираться с физическими основами генерации МРТ-данных. Сегодня: Импульсные последовательности. Пространственная локализация сигнала. К-пространство. Артефакты.
Содержание цикла статей и ссылки на предыдущие здесь.
«Ликбез по устройству МР‑томографа» — вторая часть цикла статей. Содержание цикла и первая часть «МРТ и другие виды медицинской визуализации» здесь.
За полтора года работы с сегментацией МРТ-данных у меня накопилось множество прочитанных статей, а также своих заметок, мыслей и почеркушек. После их сборки получился вполне объемный материал, который я буду здесь постепенно выкладывать. Планирую по вторникам и четвергам. Сегодня - содержание всего цикла, список литературы, на который я ссылаюсь по ходу и первый обзорный кусок.
На подобный материал меня сподвигло бесконечное погружение в предметную область - для медицинских изображений она неожиданно оказалась намного сложнее спутниковых и сейсмических данных, с которыми мне довелось поработать ранее. Про картинки уж вообще молчу.
Но чем глубже приходилось закапываться, тем сложнее было найти именно ту информацию, которая нужна для анализа снимков нейронными сетями. Порой одна строчка в большой статье, замечание автора между делом и оказывалась тем кусочком паззла, которого так не хватало. И в поисках этих жемчужин приходилось перелопачивать кучу информации, которая важна врачам, операторам томографов, но не DS-ам.
Весь текст - это максимально сжатая информация, которая помогла мне разобраться в специфике этих данных. Без понимания, как именно МРТ-снимки создаются, мне не удалось в свое время решить ряд задач, поэтому в начале я так много внимания уделяю физике процесса. Но это - самый минимум, без формул и прочей глубокой теории.
И в то же время, это - только вершина айсберга. В данную тему можно закопаться еще на пару лет минимум. Мой черновик пестрит пометками "TODO: разобраться глубже!" Поэтому скажу огромное спасибо за любые комментарии, особенно от тех, кто уже имел дело с медицинскими изображениями!
fragmentTransaction. addToBackStack(null);
