JIRA и JavaScript: кастомная форма внутри стандартной формы экрана создания

Это касается новых продаж. До появления вменяемой альтернативы пока так :(

Плагины Jira: несколько примеров успешного изобретения велосипеда

По разному, нет единого подхода, все зависит от потребностей заказчика
В большинстве своем, обходимся штатными средствами Jira