В мире PHP хорошо известны инструменты миграций структуры БД — Doctrine, Phinx от CakePHP, от Laravel, от Yii — это то первое, что пришло в голову. Наверняка, есть еще с десяток. И большинство из них работают с миграциями — командами для внесения инкрементных изменений в схему базы данных.
Я не буду описывать зачем это, на хабре много постов на эту тему. Например:
- Версионная миграция структуры базы данных: основные подходы — хоть и старая статья, но принципы не стареют
- Эволюционный дизайн баз данных — перевод статьи Мартина Фаулера, хорошее описание [инкрементного подхода]
- Опыт 1440 миграций баз данных — практичный пост по работе с PostgesSQL
Далее, развитие моего опыта работы в команде с постоянным изменением структуры БД в разных ветках.