Если вы пишете документацию открытого исходного кода, то это не просто вежливые дополнение к проектам, она в определенной степени помогает вашему проекту взлететь. Хорошонаписаный README помогает, но полная документация по API делает проект более профессиональным. Даже если ваш проект с закрытым исходным кодом, документация поможет новым коллегам более быстро адаптироваться или поможет вам вспомнить как все работает в длительных проектах.
Давайте посмотрим как устроена документация в популярных JavaScript фрэймворках.

Документация jQuery располагается по адресу docs.jquery.com и представляет из себя wiki в которой описана вся документация по API. Любая крупная область API включена в навигацию, каждая страница имеет список методов для этой области. Страница содержит примеры кода и комментарии на Disqus.
Комментарии исходного кода в основном связаны с багами или с необычным фрагментом кода, который требует пояснений.
Далее: Prototype, JSDoc и несколько специфических подходов к JavaScript документации
Давайте посмотрим как устроена документация в популярных JavaScript фрэймворках.
jQuery

Документация jQuery располагается по адресу docs.jquery.com и представляет из себя wiki в которой описана вся документация по API. Любая крупная область API включена в навигацию, каждая страница имеет список методов для этой области. Страница содержит примеры кода и комментарии на Disqus.
Комментарии исходного кода в основном связаны с багами или с необычным фрагментом кода, который требует пояснений.
Далее: Prototype, JSDoc и несколько специфических подходов к JavaScript документации