Комментарии 12
Использование VDB для визуализации молекул это ИМХО оверкилл. В реальности сфера представляется точкой и радиусом, а в VDB она минимум сжирает целый куб 8x8 ячеек. Для таких целей лучше SDF ничего не найти.
VDB, действительно, очень требовательно к ресурсам, согласен с вами. В чистом виде VDB не используется и всегда конвертируется в полигоны. В этом случае расход ресурсов сильно меньше. Это есть в статье. Про SDF ребята из SideFX пишут о несовместимости с VDB и о том, что SDF работает только со стандартными волюмами Houdini. Плюс VDB - мировой и открытый стандрат. SDF при создании образует куб 10х10х10 ячеек. Его можно уменьшить, да, при серьёзной потери в качестве модели. Поэтому я, пожалуй, при необходимости буду использовать VDB, а не рекомендуемый вами SDF. Хотя частицы мне ближе и роднее.
Очень здорово и интересно! А вот облако точек описывает целиком весь вирус, или только составляющие его белки, липиды и рнк? а потом все это соединяется в одну структуру?
Спасибо! Только один белок. И уже потом эти наименования(S-белок, липиды из суперкапсида (внешняя поверхность вируса), E,M белки), а также их число (исходя из последних научных данных) собираются в полноценную 3D модель вируса.
Спасибо :) А как происходит сборка, например липидов внешней оболочки? Они просто клонируются по сфере (как в 3dsmax работает scatter) или тоже есть массив координат? Я так понимаю, что форма у капсида не совсем правильная сфера и она постоянно подвержена изменениям. И как в эту оболочку встраиваются белки? В этих местах автоматически происходит удаление липидов?
Крутая статья! И фокусы у вас интересные.
А не появился ли хороший движок для обычных моделей - шарики палочки? Чтобы под миллион в реальном времени? Я уже лет 15 не слежу, отчаявшись.
А как вы PDB в Гудини открыли? Он же не воспринимает вроде этот формат. Во всяком случае точки не грузит.
PDB нативный формат для Houdini. Открывается, действительно, не всегда. Можно попробовать через CIF формат. Если не поможет, то дальше начинаются танцы с бубном. Как вариант - найти файл pdb, который Houdini может прочесть и в редакторе заменить его на контекст из не читаемого файла. Предположить в чём могут быть проблемы и отредактировать файл. Или. Написать свой парсер для формата.
Houdini. Визуальное представление данных в молекулярной биологии. И фокусы