STM32. Подготавливаем среду разработки в Linux

while (1)
  {
    /* USER CODE END WHILE */
    HAL_GPIO_TogglePin(GPIOC, GPIO_PIN_8|GPIO_PIN_9);
    HAL_Delay(1000);
    /* USER CODE BEGIN 3 */
  }

Лучше размещать код в другом месте, т.к. при переформировании проекта в CubeIDE  расположенный таким образом будет стерт.

while (1)
  {
    HAL_GPIO_TogglePin(GPIOC, GPIO_PIN_8|GPIO_PIN_9);
    HAL_Delay(1000);

    /* USER CODE END WHILE */

    /* USER CODE BEGIN 3 */
    HAL_GPIO_TogglePin(GPIOC, GPIO_PIN_8|GPIO_PIN_9);
    HAL_Delay(1000);

}