5 главных причин того, что JS-разработчики будут использовать Deno вместо Node

Именно так) однако у вас всё ещё остаётся возможность использовать разные источники для пакетов ибо "децентрализованное хранилище пакетов". Конечно же в придачу и все вытекающие проблемы, вроде одного и того же пакета, что тянется разными зависимостями с разных урлов и т.д.

5 главных причин того, что JS-разработчики будут использовать Deno вместо Node

В принципе, можно создать файл dependency.ts и писать в нём:

export * as http from "https://deno.land/std@0.54.0/http/mod.ts";

В таком случае версию пакета придётся писать только в одном файле и обновить можно будет в нём же