Для дистрибутивов с действующей поддержкой уязвимость Shellshock устраняется простым обновлением пакета bash. Но если обновления уже не выпускаются, решение проблемы будет сложнее. Рабочих вариантов всего два — обновлять bash другим способом или отказываться от bash в пользу другого shell-интерпретатора.