На хабре есть много статей, как сделать хорошо. Есть много статей, как делать не стоит.
Но что, если у вас есть проект, который работает, приносит бизнесу деньги, но из программистов, что-то в нем понять, не способен почти никто. Каждое изменение делается на страх и риск сыграть в русскую рулетку.

Хорошо, когда у вас есть годик или два для подготовки нового проекта с нуля (был у меня и такой опыт). Но если владелец не готов вкладываться в то, что вы будете что-то делать параллельно с нуля, пока старый движок во всю загибается. Попытки даже заговорить, о том, чтобы написать все по новой, встречают моментальный отказ. Но можно попробовать маленькими шажками, делать новый движок, который постепенно бы начал забирать на себя всю большую и большую роль в работе проекта. Собственно об опыте осуществить такую замену, я бы и хотел вам рассказать.

Среди php-разработчиков последнее время все сильнее набирает популярность Symfony2. Этот фреймворк позволяет использовать любые модули (в симфони они называются бандлы) для создания базовых фич проекта. По сути стандартная поставка симфони и является набором модулей. Но что если у вас несколько проектов, и вам необходим одинаковый набор функций на них, но подходящего модуля среди открытых нет? Не беда, можно написать свой.