На сервере увеличили дисковый объем. Поставили 8 дисков по 750 Гб каждый, объединив их в пятый рейд. В итоге получили массив объемом около 4.5 Тб. Тут и столкнулся с ограничением MBR в 2 Тб. Не знаю как под Windows дела обстоят, возможно там все автоматизировано, но на нашем сервере стоит FreeBSD 6.2, и стандартный установщик sysinstall упорно не хотел разбивать диск на полный объем. На помощь пришел GUID partition table (GPT).

UPD: В Windows Server все действительно происходит автоматически. Единственно что GPT доступен начиная с версии Windows Server 2003 Service Pack 1.<p/>