Под реверс-инжинирингом, в данном контексте, я понимаю восстановление исходной схемы сообщений наиболее близкие к оригиналу, используемому разработчиками. Существует несколько способов получить желаемое. Во-первых, если у нас есть доступ к клиентскому приложению, разработчики не позаботились о том чтобы скрыть отладочные символы и линковаться к LITE версии библиотеки protobuf, то получить оригинальные .proto-файлы не составит труда. Во-вторых, если же разработчики используют LITE сборку библиотеки, то это конечно усложняет жизнь реверсеру, но отнюдь не делает реверсинг бесполезным занятием: при определённой сноровке, даже в этом случае, можно восстановить .proto-файлы достаточно близкие к оригиналу.