Как мы распиливаем монолит без даунтайма

Спасибо, что подсветили такой риск. Да, такое возможно когда целиком меняется команда или новый коллега не глубоко погружен в архитектуру решения и с планами по рефакторингу. С новым разработчиком проблема решается на ревью. Для команды все немного сложнее, тут нужна документация с роадмапом.

Как мы наводили порядок в проекте с помощью принципов чистой архитектуры

В controllers заносим то, что влетает в приложение (use case). В repository - исходящий трафик. Если говорить про потоки данных, то controllers это handlers -> use case, repository это use case -> adapter