Bento Lab — ваша персональная ДНК-лаборатория в сумке из под ноутбука

[shteyner]

Вот жеж феномен Баадера-Майнхофа
Походу дела эта тема очень сильно продвигается, причем сразу многими компаниями. Интересно. какая тут точность.
https://nanoporetech.com/community/specifications — тут тоже по дешевке секвенсоры продают)

[shteyner]

Делается еще один тест) А вообще тут все же на процентном соотношении и строится. Вообще прикладная генетика не очень и точная наука (относительно). Да и 96% для большинства вещей более чем достаточно: проверить родство, посмотреть ген. заболевания, сравнить людей по образцу. Если нужно больше: несколько десятков миллионов долларов и у тебя будет лаборатория для картирования генома. Это штука большая, сложная + требует не одного человека персонала.

• у них собственно это не конечное решение. В планах сделать оборудование не требующее дорогостоящих расходников. Но они это уже несколько лет говорят.

[shteyner]

На именно такой вопрос структурированной информации не видел (тут ведь парой предложений не обойдешься). А вообще у нас на ГТ был отличный пост: https://geektimes.ru/post/137069/ всего 5 частей. Правда от 2012 года, так что несколько кстарели данные, но ничего критичного. Потом надо зайти на вики: https://ru.wikipedia.org/wiki/Методы_секвенирования_нового_поколения и почитать о каждом новом методе.
Можно институтские лекции на ютубе посмотреть по данной теме.

[istui]

что реально может такая вещь?
Из применений, которые приходят на ум сразу:

• анализ вирусов/бактерий — чтобы понять, чем человек заболел и лечить пристрельно
• проверить наличие тех или иных генов
• проверить принадлежность чего-либо со следами днк конкретном человеку
• определить сорт растения
• установить родство

[arheops]

Поъоже на то, что только сравнить два образца(тоесть третье и пятое)

[gleb_kudr]

Нет, оно способно провести любой не-количественный ПЦР анализ. А это, например, анализ на ГМО, анализы на родство (в т.ч. сравнение образцов на идентичность), анализ на наличие определенной инфекции.
Как бывший в прошлом профессиональный генетик скажу. Если эта штука реально выполняет заявленные функции, то это просто идеальный прибор для портативной лаборатории. Дешевый, компактный — все в одном.

[Festour]

Т.е. эта штука может только сказать одинаковые ли это гены или нет? И она не может оцифровать гены?

[gleb_kudr]

Секвенирование на ней сделать нельзя.

[vvzvlad]

А что она может-то?

[Uris]

Визуальный просмотр и интерпретация результата оказывается возможной благодаря гелевому электрофорезу и подсвеченной пластине прибора.

С помощью бромистого итидия? Если так — то молодцы. Десяток, другой анализов без специальных средств защиты, вытяжки, санации — и уже делать анализы не надо. Токсическое отравление гарантировано… И еще. Выделение ДНК и форез в одном месте? Ещё больше молодцы. Кантоминация то как-же? Да уж))))

[gleb_kudr]

Этидий не настолько ядовитый, как вы пишите.

Кантоминация

Контаминация. Но заметили вы абсолютно верно — это существенный минус установки. Тоже пришла в голову эта мысль. Для всех — речь о том, что концентрированные препараты ДНК после ПЦР могут и будут загрязнять исходные образцы при пробоподготовке. Загрязнение передается просто с пылью, так как там для ложной реакции нужны единицы молекул.

[Uris]

Этидий еще и мутаген. Ничего полезного в нем нет. Конечно, за отравление быть может я переборщил. За 'а' в контаминации отдельное спасибо. Ну проруха и старуха все такое… Бывает.

[artoym]

На самом деле такие аппараты в целом существуют. Я видел подобное у ДНК-Технологии ещё 5 лет назад. Да, у них это большой кейс с несколькими отдельными приборами, а не 3-в-1. Вопрос в точности, сертификатах (если это не для домашнего использования), ну и далее в цене.

[Brandashmig]

Возможность реального применения будет лимитирована доступностью праймеров для амплификации нужных участков ДНК.

[istui]

а где вообще можно доступно почитать про генетику/молекулярную биологию? в общих чертах, сильно не углубляясь…

[artoym]

Могу предложить видеолекции физтеха.

[ktoon]

www.youtube.com/watch?v=lBi-d6jAKxQ&feature=youtu.be
Доступно о ПЦР(полимеразная цепная реакция)

[istui]

а за счет чего пробы, содержащие амплифицированную ДНК, движутся к электроду?

[ktoon]

заряд

[istui]

я понимаю, что заряженные частицы в геле медленно диффундируют к нужному электроду, меня интересовало, от чего заряд имеет именно проба с нужным фрагментом НК? (наверное, сначала неправильно выразил мысль)