Comments 22
Текст был написан при консультации с биоинформатиками. Касаемо обертки, дык с генами работают в визуализации на странице ncbi. В Ugene есть куча всего того, что и есть в blast.
Например, пишете про blast как алгоритм, потом внезапно даете скрин страницы ncbi blast, который есть лишь веб обертка над бластом.
С десятками не работал, но работал с тысячей. Сложно, долго, мучительно, но возможно. Работал с десятком тысяч в mega 10 при нажатии ncbi blast. Там есть эта функция. Комп при этом работает сутками.
будете работать с десятком тысяч генов "в визуализации на странице ncbi".
К туче таких же как и blast
Blast - это лишь один сравнительно небольшой, но популярный пакет тулов. Ugene - это по сути обертка и графический интерфейс к куче тулов. Не только к blast.
И? Работают многими способами, где это отрицалось? Вопрос риторический— нигде не отрицалось, это был пример.
С генами работают многими способами. И не только используя выравнивания. И не только на ncbi. И не только с деятком-другим генов.
С бластом никто не запрещал сравнивать. Мы могли сравнить и с Genious, но решили сравнить с Blast, как и ученые в списках использованной литературы тоже сравнивали. И ничего страшного не произошло.
Ugene корректно сравнивать, например, с Genious. Но никак не с бластом.
Аппеляция к личности.
От этой статьи откровенно бомбит. Мои студенты отчеты лучше пишут.
P.S. Не бомбите в комментариях. Напишите опровержение этой статьи на хабре.
Вы сравниваете не сравниваемое и не понимаете этого. Это как сравнивать IDE и библиотеку из какого-нибудь языка.
Вы осознаете отличие между бластом и веб интерфейсом к нему на ncbi?
И аппеляция прежде всего к Вашей квалификации и качеству статьи. Нужно разбираться в области прежде чем писать обзорные статьи, пусть и научпоп.
Веб интерфейс бласта представлен для удобства работы с алгоритмом бласт, по сути на ncbi работают на алгоритме blast, при помощи интерфейса. Об этом написано и в списке литературы.
P.S. Мы разбираемся в области в которой пишем. Мы считаем, что ответили максимально развернуто, на абстрактные претензии и мы так и не увидели от Вас компетентных комментариев без переходов на личности. Поэтому мы справедливо считаем, что этот вопрос закрыт. Если же вы хотите поспорить, то напишите опровержение данной статьи. Далее мы не будем кормить вас нашим временем. Всего доброго.
Ваши части цитат
BLAST - это в первую очередь алгоритм (семейство алгоритмов). ...BLAST появился в 90м и использовался везде и всеми, так что даже в русскоязычном сообществе люди говорят "бластить". Ugene появился в 2008, и его почти не знают.
Не противоречат тому что написано в статье. Все почти тоже самое за некоторым исключением про известность и то, с этим статья не спорит. Спасибо, что процитировали нашу статью своими словами.
Позже появился алгоритм BLAST, который позволяет осуществлять быстрый и оптимизированный поиск в базах данных последовательностей генов. BLAST и его модификации — одни из наиболее широко используемых алгоритмов для этой цели.....
Мы действительно знаем что Ugene - одна из 100500 софтин которые умеют в выравнивания, но их умеет делать и интерфейс ncbi, который работает на алгоритмах Blast, о чем написано и на самом сайте. Да и сам Blast делает тоже самое.Поэтому Ваша часть цитаты
Справедливости ради, сравнение BLAST с Ugene действительно нелепое.
скорее ваша цитата выглядит забавно, так как UGENE и DNAStar цитирую:
обладают примерно теми же функциями, однако пользование ими для обычного человека затруднено, к тому же есть платные пакеты с расширенным функционалом.
Касаемо этого:
Не вполне ясно зачем писать коротенькую статейку о филде про который написаны тома и тома.
Статья посвящена далеко не только филду, так как статья посвящена геномике, биоинформатике и немного bigdata. Если об этом читать не прыгая через строчку, то должно быть понятно.
Достижения в области геномики вызвали революцию в исследованиях, основанных на открытиях, и в системной биологии, чтобы облегчить понимание даже самых сложных биологических систем, таких как мозг." Это о чем вообще?
О достижениях в области геномики которые произвели колосальный прорыв в различных исследованиях, которые опирались на открытия в том числе таких дисциплин как кибернетка, системный анализ, системная инженерия, системная нейрофизиология (все что попадает в системную биологию) и тем самым эти достижения облегчают понимание даже самых сложных систем таких как мозг. Ничего сложного для понимания в цитате нет.
Не понимаю, в чем тут спор и недовольство - Бласт родился как алгоритм, сейчас это вполне юзабельный и насыщенный тулс, думаю что более часто используемый чем Юген. Юген , родился как супер-мульти емкий тулс, включающий линк к тому же бласту, гораздо дальше выходящий за рамки выравнивания. Конструирование генов, чуть менее удобно, субъектино, чем в Геном Эдитор, но зато с воркфлоу, опять же тулс для работы с HMMER - да много чего, не представляю даже зачем столько собрано в одном месте.
Для меня Бласт прежде всего некое родство тулса и базы нцби.
Да я сам если честно не понимаю недовольства. Об этом же написано в статье, а ugene вообще как пример программы приведен. Как видно из этого комментария
Сложный для понимания там формат изложения материала. Половина предложений грамматически не согласована, вторая половина - не понятно для чего написана.
говоря на сленге, критики не выкупили статью из-за стиля написания.
Понимаю, что начинаю общаться со специалистом. Вы написали: "Темперамент человека зависит от типа нервной системы, что в свою очередь зависит от состава и количества мембранных белков..."
Замечу, вами упущен огромный пласт промежуточных структур мозга, которые развиваясь с утробы матери, вообще никак генетически не определены. Видимо, вы будете очень возражать, поэтому сразу отошлю вас к профессору Савельеву с его книгой "Морфология мозга". Интереснейшее чтиво.
Было время и я верил, что все определено генетикой.
Выравнивание в blast ncbi, который по сути и есть blast происходит след. образом: загружается файл fasta и далее можно произвести множественное выравнивание. Выравнивание в ugene— загружается файл fasta и производится множественное выравнивание.
NCBI BLAST работает на алгоритмах BLAST. Далее из нашей статьи
Позже появился алгоритм BLAST, который позволяет осуществлять быстрый и оптимизированный поиск в базах данных последовательностей генов. BLAST и его модификации — одни из наиболее широко используемых алгоритмов для этой цели
— Рыбы покрыты чешуёй. А если бы у них была шерсть — там были бы блохи…
К чему это я. Статья очень поверхностная и неконсистентная, но это, может, и не проблема, смотря какую задачу ставили перед собой авторы. Но такое ощущение, что понятие «геномика» натянули на всё, на что только можно и нельзя. Протеомика и особенно ПТМ, интерактомика, предсказание структуры белков, тем более физиология (а еще есть сигналомика и другие омики) — это отдельные области со своей методологией. Да, не всё можно объяснить с помощью секвенирования и поиска ассоциаций (вот удивительно). Но теперь всю биологию что ли будем называть геномикой?
Во-первых, внизу ссылки на источники, во-вторых, структурная геномика занимается предсказанием структуры белков.
BLAST - basic local alignment serch tool. Как было здесь сказано это алгоритм. Кстати, с кучей параметров. И используется во многих ПРОГРАММНЫХ пакетах для генетики. В том числе и UGENE и DNASTAR и VECTOR NTI SUIT и т.д.
Геномика. Информатика для биологов