Освоение программирования за 2 года с нуля или как я пытался автоматизировать реальное производство

На мой взгляд, именно так и надо делать. На первом этапе создать прототип. Что ТС  и сделал. Работает, выполняет заложенные функции? Все хорошо! На этом этапе проектирование, нормализация - от лукавого.
Есть прототип, относительно легко получаем ТЗ, описание бизнес процессов и технологические требования. А здесь и всплывут Ваши нормализации, проектирование БД и т.д.