Как понять, что ваш сайт взломали?

Вообще не планировалось, но, если данная тема интересна, то, возможно, напишем.

Можно ли войти в закрытую дверь, или как патчат уязвимости

TestLink сломали часть функционала, мы бы не назвали это «качественно прикрыла». Именно наличие таких «нонеймов» в корпоративной сети часто приводит к компрометации всей сети. А от уязвимостей и правда никто не застрахован, но нам кажется, стоит ответственнее относиться к их закрытию (как это делает Cisco), если вам о них уже сообщили.