Простой способ не разрушить работающий Exchange/Lync шаловливыми руками

— Лицензией. В отличии от Lync, где лицензируется только FrontEnd сервер, в Exchange требуются лицензии на все сервера, несущие хотя бы одну роль.
Речь про лицензии на Exchange. Лицензии на Windows Server проблемы не создают. У нас гипервизор на Windows Server 2012 в редакции DataCenter.

Простой способ не разрушить работающий Exchange/Lync шаловливыми руками

«Откатятся» и базы с содержимым.
1) Объем баз 2 терабайта — недопустимо долго.
2) У нас весьма активно идёт переписка + добавление/удаление почтовых ящиков (высокая текучка), — недопустимая потеря содержимого
Итого: не вариант.

Простой способ не разрушить работающий Exchange/Lync шаловливыми руками

У меня оба CAS (2010 и 2013) тоже в виртуалках (Hyper-V), но они же и MailBox,… Вариант откатиться всей машиной целиком… Не самый приятный.

«Cross forest» миграция: Active Directory 2003 > 2008 r2, Exchange 2003 > 2010, пользователи и компьютеры. Синхронизация адресных книг

Данная стратегия IMHO имеет смысл только в ситуации крайней «ушатанности» исходной структуры AD.
Мы мигрировали в том же домене.
Сначала перенести всю структуру на стенд, (p2v ---> Hyper-V 2012). Отработали сценарий сосуществования Exchange 2003 + Exchange 2010. Исправили мелкие баги в AD. Задокументировали все действия. Повторили на стенде. Проверили. Повторили на рабочей среде. Всё прошло штатно. По завершению миграции всех почтовых ящиков на 2010 (около месяца) вывели Exchange 2003 из работы. Вместо него для старых приложений оставили SMTP-Relay на IIS на Windows 2003.
А потом, по мере вывода 2003-х контроллеров ничего не помешало поднять уровень схемы до 2008-й.