Дабы не плодить на техническом ресурсе бесполезную лирику, предлагаю проанализировать то, что написано в книге Боровский и у вас. Тем более у меня нет русской раскладки, чтобы быстро отвечать вам.
У Боровский в методе run() выполняется:

создание локальной переменной, ее инициализация (параметры, связывание через connect())
запуск
вызов exec()

In the Qt Documentation:
int QThread::exec()
Enters the event loop and waits until exit() is called, returning the value that was passed to exit(). The value returned is 0 if exit() is called via quit().
This function is meant to be called from within run(). It is necessary to call this function to start event handling.
Note: This can only be called within the thread itself, i.e. when it is the current thread.

О, есть цикл обработки событий внутри дочернего потока.
Идем далее.
У меня нет полных исходников примера из Боровский, но переменная thread объявлена в классе главного окна. Ее срок жизни - срок жизни приложения, т.е. главного потока.
Смотрим, что будет при завершении приложения.
Смотрим деструктор:

проверка того, что thread != nullptr
вызов quit()
вызов wait() //с дефолтными параметрами

In the Qt Documentation:
void QThread::quit()
Tells the thread's event loop to exit with return code 0 (success). Equivalent to calling QThread::exit(0).
This function does nothing if the thread does not have an event loop.
Note: This function is thread-safe.
bool QThread::wait(QDeadlineTimer deadline = QDeadlineTimer(QDeadlineTimer::Forever))
Blocks the thread until either of these conditions is met:
The thread associated with this QThread object has finished execution (i.e. when it returns from run()). This function will return true if the thread has finished. It also returns true if the thread has not been started yet.
The deadline is reached. This function will return false if the deadline is reached.
A deadline timer set to QDeadlineTimer::Forever (the default) will never time out: in this case, the function only returns when the thread returns from run() or if the thread has not yet started.
This provides similar functionality to the POSIX pthread_join() function.

Ага, есть метод отправки сигнала (QThread::quit()) на завершение выполнения дочернего потока, которую примет цикл обработки событий (QThread::exec()).
После получения сигнала на завершение, будет выход из метода run(), который по сути означает завершение выполнения потока и освобождение ресурсов.

Мы ждем корректного завершения потока (QThread::wait()) и освобождения связанных с ним ресурсов во избежание их утечки. Так как в примере в потоке ничего особенного не выполняется, то задержка на wait() будет мизерной.

Код примера из Боровский полностью корректный для использования в той ситуации.

Теперь смотрим на ваш код (Листинг 1).
Внутри метода run() есть цикл обработки данных и нет цикла обработки событий.
Внутри FThCounter::~FThCounter() и FThCounter::WaitForThreadToFinish():

вызов quit()
вызов wait() //с дефолтными параметрами

Касательно разницы в работе. Надо смотреть под отладчиком, что именно возвращает QThread::currentThread() и есть ли потоки с таким ID (см справку).

Метод quit() отправляет команду на завершение выполнения дочернего потока. Вот только чем и где он будет принят - я сказать не могу. У меня только одна ассоциация: "Uciekł gdzie pieprz rośnie" (в неизвестном направлении). Нужно смотреть исходники QThread, но ваш код - потенциальный UB.
Метод wait() - может ждать бесконечно долго или сразу возвратить true, в зависимости от состояния экземпляра класса FThCounter.

И главное, в вашем листинге я нигде не нашел цикла обработки событий, т.е. послать дочернему потоку сигнал на выход из цикла проблематично - нет гарантии, что он вовремя будет обработан. Также будет замораживаться очередь сообщений приложения (см. мои комментарии).

Мне хотелось бы знать, как быстро "убить" поток. Но как?

Добавьте возможность обработки очереди сообщений в основном или дочернем потоке. Тогда и фризы исчезнут и потоки будут вовремя убиваться.