Хм. Может быть я ошибаюсь, но мне казалось, что с тех пор верифицируемость с фальсифицируемостью ходят парой и дополняют одна другую. Лично мне разумной кажется именно комбинация этих двух принципов.
Да-да-да, левонет — правильное слово! :) Я — бывший 2:5050/37.53 ака 78.53 :) начинал с модемом на 2400, bps примерно 200 был, как сейчас помню (по щеке скатилась скупая мужская слеза).
Синтез ДНК сейчас доступен как коммерческий сервис — посылаешь в фирму последовательность нуклеотидов (что-то типа GAAGACCACTTGT) и получаешь через несколько дней пробирку с сухим веществом, которое и есть заказанный фрагмент ДНК, большинство компаний синтезируют ДНК длиной до 120 нуклеотидов. Химия процесса описана здесь: ru.wikipedia.org/wiki/Синтез_олигонуклеотидов
Сборку длинных фргаментов опять же можно заказать у компании, просто этот сервис уже будет стоить дороже, либо можно самому собрать из нескольких коротких фрагментов — заказываются частично перекрывающиеся фрагменты, отжигаются, после чего формируется длинная двухцепочечная ДНК с «дырками» по одной из цепей, дырки достраиваются ферментами ДНК-полимеразой и потом лигазой.
Как заменить один ген на другой — это материал на хорошую статью :) На Хабре была серия из трех статей, где процесс более-менее корректно описывался: habrahabr.ru/post/48533/
Месье не любит салатик и свежие фрукты/ягоды? :)
~100С в водном растворе ДНК прекрасно выдерживает. РНК в принципе химически менее стабильна, возможен спонтанный гидролиз особенно в присутствии двухвалентных ионов типа магния, но что-то после варки, безусловно, останется :) Хотя мы уже съехали с основной темы, которая заключалась в том, что ДНК-оригами должны быть безопасны, так как они содержат «мусор» с точки зрения генетической информации, а по поводу ДНК/РНК из обычной еды можно не париться, так как тысячи лет ели — и ничего, нормально все было.
Не такой уж и особый тип — синтезируется обычной транскрипцией на матрице ДНК. Потом процессируется, конечно, (обрезается, главным образом), но без особых вывертов.
Наблюдения того, что некоторый вид РНК из растительной пищи проникает в сыворотку крови, достаточно для утверждения, что РНК из пищи проникают в организм. Аристотелевская логика.
Примерно так: Вася — человек. Вася забирался на гору, значит, на горе бывал человек :)
Ньютон, Дарвин, Резерфорд, Уотсон с Криком и тд — Вы что-то имеете против британских ученых? ;)
Ссылка на китайских ученых пойдет? :)
«Here, we report the surprising finding that exogenous plant miRNAs are present in the sera and tissues of various animals and that these exogenous plant miRNAs are primarily acquired orally, through food intake.»
В лечении рака основная проблема — как отличить раковую клетку от здоровой. В общем случае это очень трудно. Есть концепция «волшебной пули» — нужно сделать молекулу, состоящую из двух частей — токсина, убивающего клетку и системы распознавания, которая будет связываться только с раковыми клетками и доставлять токсин к ним. С токсином проблем нет, все дело в системе распознавания.
Не поверите, но с недавних пор этот вопрос вновь считается дискуссионным.
Когда мы едим любую еду (начиная от яблок, заканчивая мясом), к нам в желудок попадает ДНК этого организма. Лет 10 назад считалось, что все белки, ДНК и прочее добро из пищи переваривается ферментами, расщепляется до простейших компонентов и, соответственно, вся их генетическая информация теряется. Однако, насколько я в курсе, недавно в крови людей были обнаружены фрагменты растительной ДНК и РНК, пришедшие, судя по всему, с пищей. Что при этом происходит в организме и влияют ли эти ДНК на что-то — непонятно. Так что вопрос открыт, и, похоже, все не так просто, как казалось на первый взгляд.
Вирусы — это ДНК или РНК, покрытые белковой оболочкой, которая и обеспечивает проникновение вирусной ДНК в клетку. Без белков вирусная ДНК безвредна.
Есть еще одна технология — РНК-интерференция или сайленсинг. Мы можем направленно блокировать синтез нужного белка в данной клетке, если введем в клетку специальную РНК, которая свяжется с информационной РНК этого белка. Однако это сложная технология, основная сложность — как ввести в клетку эту РНК, но потенциально с помощью этой технологии можно заблокировать синтез жизненно важных белков в данной конкретной клетке. Хотя если хочется кого-то отравить, старые яды типа цианидов гораздо эффективней, дешевле, проще и надежней, то есть я не думаю, что с РНК-интерференцией можно сделать что-то плохое. Сейчас эта техника применяется в лаборатории для исследований — контролируемого выключения отдельных генов, чтобы посмотреть, что будет.
Другие случаи негативных последствий от попадания только ДНК (либо РНК) в клетку мне не известны.
Да, примерно так и происходит. Тепловое движение и диффузия, пока не найдет вторую комплементарную половину и не образует с ней стабильную структуру.
Именно поэтому отжиг проводится очень медленно — часами и даже днями. При быстром отжиге высока вероятность неправильного слипания зон с частичной комплементарностью, соответственно, желаемая структура не сможет образоваться. Так же при конструировании последовательности ДНК надо делать пары комплементарных областей (по возможности) сильно отличающимися друг от друга по последовательности, чтобы уменьшить шанс образования паразитных структур, образованных при неполной комплементарности.
Большое пожалуйста!
В плане практики я занимаюсь определением структур белков, но ДНК-оригами визуально очень красивые, поэтому я более-менее следил за публикациями в этой области как хобби. Сам из ДНК не конструировал, практики у меня тут нет. Про Россию — скажем так, я не в курсе, публикации из России мне не попадались и я не слышал, чтобы этим у нас занимались (это не означает, что не занимаются, просто я не слышал). В принципе делать такие штуки из ДНК достаточно просто, это дешево и все технологии для этого в России точно есть — начиная от химического синтеза ДНК, заканчивая атомно-силовой микроскопией для визуализации. То есть при желании запустить все это в России должно быть легко.
Все-таки робот, даже и с приставкой «нано», в моем представлении это что-то достаточно сложное, многофункциональное. Но создатели утверждают, что эта открывающаяся по сигналу коробочка — уже наноробот (название статьи в Science про коробочку звучит так: «A Logic-Gated Nanorobot for Targeted Transport of Molecular Payloads»). Мне трудно согласиться с тем, что коробочка — это робот, но что делать.
Дело в том, что в этой серии работ молекулы ДНК использовались просто как некий полимер с удобными свойствами для конструирования всяких штук. Как физический объект, а не биологический.
Какой-либо разумной генетической информации: белок-кодирующих, регуляторных и прочих биологически важных областей они не содержат, с точки зрения генетической информации все эти структуры, скорее, шум и нонсенс. При попадании в живой организм ничего не произойдет, скорее всего, эти структуры будут уничтожены ферментами-нуклеазами.
построить свой фидонет?
Сборку длинных фргаментов опять же можно заказать у компании, просто этот сервис уже будет стоить дороже, либо можно самому собрать из нескольких коротких фрагментов — заказываются частично перекрывающиеся фрагменты, отжигаются, после чего формируется длинная двухцепочечная ДНК с «дырками» по одной из цепей, дырки достраиваются ферментами ДНК-полимеразой и потом лигазой.
Как заменить один ген на другой — это материал на хорошую статью :) На Хабре была серия из трех статей, где процесс более-менее корректно описывался: habrahabr.ru/post/48533/
~100С в водном растворе ДНК прекрасно выдерживает. РНК в принципе химически менее стабильна, возможен спонтанный гидролиз особенно в присутствии двухвалентных ионов типа магния, но что-то после варки, безусловно, останется :) Хотя мы уже съехали с основной темы, которая заключалась в том, что ДНК-оригами должны быть безопасны, так как они содержат «мусор» с точки зрения генетической информации, а по поводу ДНК/РНК из обычной еды можно не париться, так как тысячи лет ели — и ничего, нормально все было.
Наблюдения того, что некоторый вид РНК из растительной пищи проникает в сыворотку крови, достаточно для утверждения, что РНК из пищи проникают в организм. Аристотелевская логика.
Примерно так: Вася — человек. Вася забирался на гору, значит, на горе бывал человек :)
Ссылка на китайских ученых пойдет? :)
«Here, we report the surprising finding that exogenous plant miRNAs are present in the sera and tissues of various animals and that these exogenous plant miRNAs are primarily acquired orally, through food intake.»
www.nature.com/cr/journal/v22/n1/abs/cr2011158a.html
Когда мы едим любую еду (начиная от яблок, заканчивая мясом), к нам в желудок попадает ДНК этого организма. Лет 10 назад считалось, что все белки, ДНК и прочее добро из пищи переваривается ферментами, расщепляется до простейших компонентов и, соответственно, вся их генетическая информация теряется. Однако, насколько я в курсе, недавно в крови людей были обнаружены фрагменты растительной ДНК и РНК, пришедшие, судя по всему, с пищей. Что при этом происходит в организме и влияют ли эти ДНК на что-то — непонятно. Так что вопрос открыт, и, похоже, все не так просто, как казалось на первый взгляд.
Вирусы — это ДНК или РНК, покрытые белковой оболочкой, которая и обеспечивает проникновение вирусной ДНК в клетку. Без белков вирусная ДНК безвредна.
Есть еще одна технология — РНК-интерференция или сайленсинг. Мы можем направленно блокировать синтез нужного белка в данной клетке, если введем в клетку специальную РНК, которая свяжется с информационной РНК этого белка. Однако это сложная технология, основная сложность — как ввести в клетку эту РНК, но потенциально с помощью этой технологии можно заблокировать синтез жизненно важных белков в данной конкретной клетке. Хотя если хочется кого-то отравить, старые яды типа цианидов гораздо эффективней, дешевле, проще и надежней, то есть я не думаю, что с РНК-интерференцией можно сделать что-то плохое. Сейчас эта техника применяется в лаборатории для исследований — контролируемого выключения отдельных генов, чтобы посмотреть, что будет.
Другие случаи негативных последствий от попадания только ДНК (либо РНК) в клетку мне не известны.
Именно поэтому отжиг проводится очень медленно — часами и даже днями. При быстром отжиге высока вероятность неправильного слипания зон с частичной комплементарностью, соответственно, желаемая структура не сможет образоваться. Так же при конструировании последовательности ДНК надо делать пары комплементарных областей (по возможности) сильно отличающимися друг от друга по последовательности, чтобы уменьшить шанс образования паразитных структур, образованных при неполной комплементарности.
В плане практики я занимаюсь определением структур белков, но ДНК-оригами визуально очень красивые, поэтому я более-менее следил за публикациями в этой области как хобби. Сам из ДНК не конструировал, практики у меня тут нет. Про Россию — скажем так, я не в курсе, публикации из России мне не попадались и я не слышал, чтобы этим у нас занимались (это не означает, что не занимаются, просто я не слышал). В принципе делать такие штуки из ДНК достаточно просто, это дешево и все технологии для этого в России точно есть — начиная от химического синтеза ДНК, заканчивая атомно-силовой микроскопией для визуализации. То есть при желании запустить все это в России должно быть легко.
Какой-либо разумной генетической информации: белок-кодирующих, регуляторных и прочих биологически важных областей они не содержат, с точки зрения генетической информации все эти структуры, скорее, шум и нонсенс. При попадании в живой организм ничего не произойдет, скорее всего, эти структуры будут уничтожены ферментами-нуклеазами.