Пожалуйста! «до некоторой степени понятно» — хм, это вежливое «не очень понятно»? :) Я старался сфокусироваться на важных вещах, чтобы было от чего оттолкнуться и начать копать глубже.
Для уменьшения объема вычислений, насколько я в курсе, зачастую не считают полноценную молекулярную динамику, а делают «минимизацию энергии» своими фирменными алгоритмами. В реальности это означает, что текущая позиция оценивается, скажем, по количеству «плохих» контактов, то есть когда расстояние между атомами меньше Ван-дер-Ваальсового, и подобным критериям, а потом структура слегка двигается для оптимизации по этим критериям (отличие от молдинамики в том, что двигают не отдельные атомы, а большие группы атомов, соответствующих аминокислотам и тд). Заодно алгоритм может перебрать стандартные конформации боковых групп, чтобы посмотреть, какая из них лучше «вписывается» и тд.
«Содержит фенилаланин» пишут для больных фенилкетонурией, у них в организме не расщепляется до конца фенилаланин, накапливаются вредные промежуточные продукты расщепления и человеку становится совсем плохо. У здоровых людей проблем с этим нет :)
В самом начале не просто так было предупреждение о том, что много букв ;)
Про бЕлок — рассказывали байку про то, как биологи из Пущино приехали в гости к физикам в Дубну, а у них там в парке табличка «Берегите белок!», пущинцы конечно же прочитали неправильно и удивлялись, почему физиков так волнует сохранность белкА :)
Для уменьшения объема вычислений, насколько я в курсе, зачастую не считают полноценную молекулярную динамику, а делают «минимизацию энергии» своими фирменными алгоритмами. В реальности это означает, что текущая позиция оценивается, скажем, по количеству «плохих» контактов, то есть когда расстояние между атомами меньше Ван-дер-Ваальсового, и подобным критериям, а потом структура слегка двигается для оптимизации по этим критериям (отличие от молдинамики в том, что двигают не отдельные атомы, а большие группы атомов, соответствующих аминокислотам и тд). Заодно алгоритм может перебрать стандартные конформации боковых групп, чтобы посмотреть, какая из них лучше «вписывается» и тд.
Про бЕлок — рассказывали байку про то, как биологи из Пущино приехали в гости к физикам в Дубну, а у них там в парке табличка «Берегите белок!», пущинцы конечно же прочитали неправильно и удивлялись, почему физиков так волнует сохранность белкА :)