Сергей, Вы спрашиваете о настольных приложениях?

К сожалению карты кликов развились именно в вебе. Для настольных приложений я не знаю аналогов, которые бы строили именно карты.

Я видел однажды какое-то самописное приложение на Java (чуть ли не на Хабре), которое сидел в фоне и записывала пути движения мышки, но оно было очень простое, оно даже экран не записывало, поэтому трудно было понять смысл получающихся линий. Т.е. это была скорее игрушка.

Проблема в том, что карта кликов для настольной среды должна быть совмещена с записью экрана, причем запись должна автоматически индексироваться событиями, которые происходят у пользователя, например, открытые окна, чтобы быть в состоянии выбрать именно те клики (движения), которые происходили в определенном окне.

Мы на юзабилити-тестировании используем программу Morae (TechSmith) — программа не про клики как таковые, а про тестирование в целом. Она в том числе регистрирует клики, но карты не строит. Она старается даже, настолько позволяет программа в сочетании с платформой, привязать клики и нажатие на клавиши, в конкретным объектам интерфейсов. Посмотрите рекламные ролики, может это заинтересует. www.techsmith.com/morae.asp

Спрашивайте. Может я неправильно понял Вашу проблему.