Не буду особо вдаваться в теорию, в сети много ресурсов где все очень подробно описано. Но когда дело доходит до практики понимаешь, что все намного сложнее. Используется микроконтроллер stm32l152c-discovery. В статье будет описан процесс запуска ШИМ двух таймеров в одно и то же время (полная синхронизация):


А так же запуск с отставанием (на фото отставание в пол периода):