Комментарии 9
Т.е. мы уже считаем возможным совершенно безболезненно редактировать квайны, которые через несколько перерождений производят другие квайны, которые в свою очередь через несколько перерождений производят несколько архив с исходным квайном? И это ближайшая аналогия самых простейших организмов.
По мне мы сейчас на уровне обезьян. Которые бьют одни часы об другие с мыслью посмотреть как оно устроено. Прогресс, безусловно, есть. И его безусловно не остановить, но время для таких восторженных статей еще явно не настало.
Или мое понимание проблематики не соответствует действительности?
По мне мы сейчас на уровне обезьян. Которые бьют одни часы об другие с мыслью посмотреть как оно устроено. Прогресс, безусловно, есть. И его безусловно не остановить, но время для таких восторженных статей еще явно не настало.
Или мое понимание проблематики не соответствует действительности?
0
*Отвлеченный вопрос: А как вы в принципе обычно отличаете, соответствует ваше понимание проблематики действительности или не соответствует?
0
Может этот эксперимент вас впечатлит. Как-то в 2010 Крейг Вентер искусственно синтезировал (буквально в системе пробирок) весь геном бактерии Mycoplasma mycoides и вживил его другой родственной бактерии, предварительно удалив ее собственный геном. И все успешно сработало.
Имхо, не похоже на обезьяну, часы и попытки понять как все устроено. В целом уже более-менее понятно, как все устроено, не ясны чаще всего отдельные нюансы.
Имхо, не похоже на обезьяну, часы и попытки понять как все устроено. В целом уже более-менее понятно, как все устроено, не ясны чаще всего отдельные нюансы.
+1
Впечатлит. Но при всех достижениях — это все же копирование. Сложное — безусловно. Но копирование. И даже не редактирование. Китайский IPhone по внешнему виду тоже был похож на оригинал. И даже копировал его «повадки». И даже лучше был — там две сим-карты и телевизор.
Я не биолог. Мне сложно судить о той области. Просто как хобби интересуюсь смежной наукой и однажды сцепился именно с биологами. Как раз с точки зрения программиста. С позиции геном — это как код программы. Почему бы не использовать «удачные» алгоритмы из сеседней программы в своей собственной? Ну или почему не поставить в условную Волгу, радиатор охлаждения от условного «Мерседеса» — он надежнее и прослужит дольше? По мере погружения в вопрос выяснилось — такая аналогия крайне упрощена. В первую очередь она не учитывает репликацию (т.е. по сути программа не просто программа — она квайн) и, самое главное, контроль целостности. Т.е. нельзя вот так запросто поменять код — при следующей репликации изменения обнаружат и удалят. В худшем случае вообще прервав цепочку репликаций. Почему и говорю, конечно крайне грубо говорю, про обезьян с часами. Прогресс идет. И сам факт появления методики класса CRISPR об этом говорит. И то, что успехи есть — это радует. Конечно, развивать дальше тоже надо.
Просто многолетний опыт редактирования генома методом селекции был понятен. Относительно понятен. Большую часть работы делала матушка-природа, а человек ее только подталкивал к нужным решениям. Она же занималась самоуничтожением явно ошибочных ветвей используя для этого генетически сформированные за миллионы лет эволюции механизмы в растениях. А вот опыты с пересадкой части генома даже не родственных растений… У меня сегодня вызывают некоторую оторопь. Ладно, репликация идет. Ладно защиту от ошибок при копировании подавили. Но чем грозит выпуск таких организмов в дикую природу? Борщевик Сосновского может показаться детской шалостью…
Потому и пишу — не время для победных реляций. Время для глубоких исследований до полного понимания. Но повторюсь — я не биолог и не генетик. Могу и ошибаться. И, если честно, хочу ошибаться.
Я не биолог. Мне сложно судить о той области. Просто как хобби интересуюсь смежной наукой и однажды сцепился именно с биологами. Как раз с точки зрения программиста. С позиции геном — это как код программы. Почему бы не использовать «удачные» алгоритмы из сеседней программы в своей собственной? Ну или почему не поставить в условную Волгу, радиатор охлаждения от условного «Мерседеса» — он надежнее и прослужит дольше? По мере погружения в вопрос выяснилось — такая аналогия крайне упрощена. В первую очередь она не учитывает репликацию (т.е. по сути программа не просто программа — она квайн) и, самое главное, контроль целостности. Т.е. нельзя вот так запросто поменять код — при следующей репликации изменения обнаружат и удалят. В худшем случае вообще прервав цепочку репликаций. Почему и говорю, конечно крайне грубо говорю, про обезьян с часами. Прогресс идет. И сам факт появления методики класса CRISPR об этом говорит. И то, что успехи есть — это радует. Конечно, развивать дальше тоже надо.
Просто многолетний опыт редактирования генома методом селекции был понятен. Относительно понятен. Большую часть работы делала матушка-природа, а человек ее только подталкивал к нужным решениям. Она же занималась самоуничтожением явно ошибочных ветвей используя для этого генетически сформированные за миллионы лет эволюции механизмы в растениях. А вот опыты с пересадкой части генома даже не родственных растений… У меня сегодня вызывают некоторую оторопь. Ладно, репликация идет. Ладно защиту от ошибок при копировании подавили. Но чем грозит выпуск таких организмов в дикую природу? Борщевик Сосновского может показаться детской шалостью…
Потому и пишу — не время для победных реляций. Время для глубоких исследований до полного понимания. Но повторюсь — я не биолог и не генетик. Могу и ошибаться. И, если честно, хочу ошибаться.
0
Не совсем понял, что вы имеете ввиду вот здесь: «нельзя вот так запросто поменять код — при следующей репликации изменения обнаружат и удалят.». Какой механизм вы имеете ввиду?
В конце концов у клетки нет возможности отличить правильный код от неправильного, и нет контроля целостности как таковой, по крайней мере, насколько я знаю (я немного разбираюсь в биологии, на уровне хобби)
В конце концов у клетки нет возможности отличить правильный код от неправильного, и нет контроля целостности как таковой, по крайней мере, насколько я знаю (я немного разбираюсь в биологии, на уровне хобби)
+1
Я про ошибки репликации и методы их устранения. Есть у клетки такие механизмы. Клетки могут тупо отторгать код донора. Если очень кратко и сжато, то например здесь (буквально первое, что попалось — наверняка есть и понятнее). Т.е. мало встроить, надо встроить так, чтоб реплицировалось. Для этого есть свои методы. Раз Вы интересуетесь — то видимо в курсе. На самом деле с расшифровкой геномов и пониманием процедуры кодирования проблема уже практически не стоит. Но мы на IT'шном ресуре. И приходится искать аналогию. Думаю, что ближайшей будет примерно такая — встроить код не поломав подпись. А для того, чтоб стало совсем понятно — встроить код в квайн не поломав подпись.
И уж если на то пошло, то давайте обозначим на понятном IT'шникам языке что представляет собой та самая технология CRISPR. Сможете предложить понятную аналогию? А я попробую — технология компьютерных вирусов времен MSDOS. Берем способный к размножению вирус. Вместо форматирования жесткого диска или проигрывания дурацкой музыки вставляем свой код, используя от вируса именно механизмы внедрения и размножения. Практически полный аналог гулявшей в свое время по BBS'кам Virus Creating Library — там тоже была возможность выбора полезной нагрузки или написания собственной. По сути примерно так работали «ванцинаторы» по д MSDOS. Охраняли файлы путем их вирусного заражения и сохранения контрольной суммы. И при заражении поднималась паника. Ровно так и с CRISPR. В носителе помимо полезной нагрузки остается кусок вирусного DNK. То что это хорошо не скажет ни один генетик. Вопрос лишь в том насколько это плохо. А вот тут мнения делятся. Впрочем в IT мире известны файлы, которые отказывались работать после вакцинации. Где гарантия, что подобный исход не постигнет модифицированный продукт? А где гарантия что оно не сработает на n-ой репликации?
Справедливости ради стоит сказать, что вроде как существуют технологии редактирования не оставляющие следов вирусного генома. Но, насколько мне известно, они пока тестируются и работают заметно хуже чем исходный CRISPR.
Опять же заметьте — это мы про редактирование. Вы же в статье пытаетесь убедить в том, что практически можно брать куски ДНК и производить себе на потребу дня бактерий или еще кого-то. Типа как программисты пишут код, генетики проектируют DNK и получают по ней образцы живых бионтов. Боюсь, пока до такого очень и очень далеко. Больше того, решению этой проблемы не поможет и полная расшифровка генома. Тут свои тараканы…
И уж если на то пошло, то давайте обозначим на понятном IT'шникам языке что представляет собой та самая технология CRISPR. Сможете предложить понятную аналогию? А я попробую — технология компьютерных вирусов времен MSDOS. Берем способный к размножению вирус. Вместо форматирования жесткого диска или проигрывания дурацкой музыки вставляем свой код, используя от вируса именно механизмы внедрения и размножения. Практически полный аналог гулявшей в свое время по BBS'кам Virus Creating Library — там тоже была возможность выбора полезной нагрузки или написания собственной. По сути примерно так работали «ванцинаторы» по д MSDOS. Охраняли файлы путем их вирусного заражения и сохранения контрольной суммы. И при заражении поднималась паника. Ровно так и с CRISPR. В носителе помимо полезной нагрузки остается кусок вирусного DNK. То что это хорошо не скажет ни один генетик. Вопрос лишь в том насколько это плохо. А вот тут мнения делятся. Впрочем в IT мире известны файлы, которые отказывались работать после вакцинации. Где гарантия, что подобный исход не постигнет модифицированный продукт? А где гарантия что оно не сработает на n-ой репликации?
Справедливости ради стоит сказать, что вроде как существуют технологии редактирования не оставляющие следов вирусного генома. Но, насколько мне известно, они пока тестируются и работают заметно хуже чем исходный CRISPR.
Опять же заметьте — это мы про редактирование. Вы же в статье пытаетесь убедить в том, что практически можно брать куски ДНК и производить себе на потребу дня бактерий или еще кого-то. Типа как программисты пишут код, генетики проектируют DNK и получают по ней образцы живых бионтов. Боюсь, пока до такого очень и очень далеко. Больше того, решению этой проблемы не поможет и полная расшифровка генома. Тут свои тараканы…
0
Если вставить куда попало кусок кода, то да полученная днк будет нерабочей.
Также как и в php код если воткнуть не глядя на синтаксис, другой кусок кода из рабочей программы, — результат копипаста перестанет выполняться.
А если куда надо удалось вставить, то днк работает, клетки с видоизмененной днк успешно делятся раз за разом и все нормально с репликацией, и новый функционал работает.
Эти технологии уже в продакшене.
Био программисты пока код не пишут, а копипастят но тем не менее, резутатов достигают. Уже и библиотеки используют.
Вот например лекция на ютубе по теме:
Также как и в php код если воткнуть не глядя на синтаксис, другой кусок кода из рабочей программы, — результат копипаста перестанет выполняться.
А если куда надо удалось вставить, то днк работает, клетки с видоизмененной днк успешно делятся раз за разом и все нормально с репликацией, и новый функционал работает.
Эти технологии уже в продакшене.
Био программисты пока код не пишут, а копипастят но тем не менее, резутатов достигают. Уже и библиотеки используют.
Вот например лекция на ютубе по теме:
0
Эти технологии уже в продакшене.
В той сфере «продакшен» к слову тоже понимается несколько по другому. Для простейших это как правило выращивание в питательной среде (довольно старая технология), для растений микроклонирование — меристемное размножение (середина прошлого века), для животных… А тут все сложно. Законодательно сложно. Более мене пофиг Штатам. Но, блин, им всегда пофиг. И напалм, и ДДТ и инвазивные виды, заменяющие природные. Четкое ощущение того, что «после нас хоть потоп». И это уже неоднократно било по всему миру. Они главные поставщики всего генно-модифицированного. И соответственно наиболее продвинутые в части исследований. Но никто не может знать — не окажется ли это все очередной бомбой. Заметьте про тот же ДДТ — отложенное воздействие. Через много лет. И обнаружилось это уже тогда, когда инсектицид был в продакте. При чем не первый год (и даже не десяток лет).
Мое мнение на сегодня — простейших можно ставить на поток. Но не для вживления человеку или животным, а для тех мест, где используется их «продукция». Разложение органики, переработка пластмасс или что-то подобное. Даже тут работы непочатый край. Декоративные растения — ну пусть будет. Вроде как ничего особо страшного от них ждать не приходится. В принципе это и к высшим относится. Те же GloFish довольно давно обитают в аквариумах. Если будете смотреть — смотрите в картинках на google. В статье фотография исходной (природной) формы.
А вот для хозяйственного применения я бы повременил. Но тут Америка, которую мы в очередной раз перегоняем. Тут продовольственная безопасность (хороша безопасность когда семена за океаном закупаем, а выращенные из них у нас есть можно, но расти они не будут). Тут деньги. Потому, скорее всего, придется еще раз пройтись по граблям. В конце-концов как бы грубо это не звучало — человеков стало слишком много. Природа ищет способ сократить поголовье. Перестало получаться с внутривидовой агрессией, не получилось с со СПИДом и раком, так ГМО добьет.
А про лекции популяризаторов науки… Мои биологи мне сказали так: очень разные люди очень разные вещи очень по разному говорят. Не хочешь быть бараном, идущим за таким же бараном, но возомнившим себя вожаком — читай и изучай. Или не суди о темах, которых не знаешь. Сложно с ними не согласиться.
0
А подход к лицензированию биологи не хотят перенять? Выпустать протоколы под GPL, например…
0
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий
Биология для программистов: как инженерный подход меняет мир