Летом 2018 года под Петербургом прошла ежегодная летняя школа по биоинформатике, на которую приехали 100 студентов и аспирантов, чтобы изучить биоинформатику и узнать об её использовании в различных областях биологии и медицины.

Главный фокус этой школы был на исследованиях рака, но были лекции и по другим областям биоинформатики, начиная от эволюции и заканчивая анализом данных одноклеточного секвенирования. На протяжении недели ребята учились работать с данными секвенирования нового поколения, программировали на Python и R, применяли стандартные биоинформатические тулы и фреймворки, знакомились с методами системной биологии, популяционной генетики и моделированием лекарств при изучении опухолей, и изучали многое другое.

Ниже вы найдете видео 18 лекций, прочитанных на школе, с кратким описанием и слайдами. Помеченные звёздочкой «*» – достаточно базовые, их можно смотреть без предварительной подготовки.

Почти год назад, летом 2017 года, на базе МФТИ состоялась традиционная летняя школа от Института биоинформатики. Основной темой школы в этом году стал интеллектуальный анализ данных. Почему? Количество получаемых данных в биологии и медицине растет с невероятной скоростью. В то же время обнаружить ранее неизвестные вещи в таком объеме информации вручную физически невозможно (да и классическими алгоритмами уже тоже сложновато), поэтому приходится использовать статистику и дополнять естественный интеллект искусственным.

Именно этим активно и занимались участники летней школы. В этом посте собрано 22 видеозаписи лекций со слайдами и описанием для всех интересующихся темой анализа данных в биоинформатике. Лекции, которые можно смотреть без дополнительной подготовки, отмечены звёздочкой «*» (таких половина).

Чтобы погрузиться в относительно новую для себя научную область, существует огромное количество самых разных мероприятий и проектов. В последние годы их количество и форматы значительно расширились: это открытые лекции и целые научные фестивали, онлайн-курсы и онлайн-программы, летние стажировки и школы, неформальные лекции в барах, опенсорсные проекты и так далее.

Уже пять лет Институт биоинформатики собирает ученых-биоинформатиков и студентов со всей страны и в течение недельной интенсивной учебы за городом на летней школе направляет биологов, медиков, информатиков и математиков в сторону биоинформатики — до сих пор очень динамично развивающейся области. С 2013 года мы записываем лекции на видео и собираем подборку полезных материалов для тех, кто не участвует в мероприятиях, но хотел бы развиваться в этой области.

Программа школы разрабатывается таким образом, чтобы объединить мир биологии и программирования и стимулировать не только развитие профессиональное развитие, но и междисциплинарное общение.



Мы продолжаем делиться архивом видеозаписей лекций летних школ. Лекции, которые можно смотреть без дополнительной подготовки, отмечены «*». Просмотр остальных лекций требует знаний в области биологии и программирования. Под катом описание содержания лекций, ссылки на слайды и видеозаписи.

Каждый год в конце июля Институт биоинформатики совместно с СПбАУ РАН проводит летнюю школу по биоинформатике. В этой небольшой статье собраны лекции (видео и слайды) за два последних года проведения летних школ.

Вводные слова о школе

Каждый год на школу приезжает 100 студентов и аспирантов со всей России, СНГ и других стран. В основном это биологи, медики, программисты, математики и физики. В течение недели участники погружаются в мир биоинформатики: просыпают посещают лекции и семинары, много общаются друг с другом и работают над научными проектами.

Рад представить вам 27 лекций по биоинформатике (включая описания, слайды и полные видеозаписи). Лекции читались на летней школе по биоинформатике, которая проходила в июле 2014 под Санкт-Петербургом, собрала вместе 100 студентов со всей России и СНГ, а также лекторов из МГУ, МФТИ, Сколтеха, РАН, СПбАУ, СПбГПУ, СПбГУ, Yale University, Fox Chase Cancer Center, George Washington University, Pennsylvania State и других прекрасных организаций.

Школу традиционно проводила команда Института биоинформатики, а поддерживали ее СПбАУ РАН, СПбГУ, JetBrains, РВК, BIOCAD, EMC, Фонд «Династия» и РФФИ, благодаря чему удалось сделать мероприятие абсолютно бесплатным для всех участников.

Привет, уважаемые участники сообщества!

В Санкт-Петербурге на днях снова выпал снег, и для летнего вдохновения расскажем о мероприятии, проходившем в июле 2014 года. А именно – летней школе по биоинформатике, организованной Институтом биоинформатики и СПбАУ РАН при поддержке СПбГУ. Про первую школу на Хабре писали тут и тут.

В этой статье речь пойдет об интересном эксперименте — учебно-научных проектах в рамках школы: начиная от идеи и заканчивая тем, что же получилось в итоге.

В MIT компьютерная графика – это 3D алгоритмы, в некоторых учебниках – это сборник описаний популярных графических редакторов, в кино – спецэффекты, на телевидении – оформление экрана. Всё это – увлекательно и любопытно, но что же такое компьютерная графика?

В разное время мне доводилось работать и с анимацией, и с трёхмерной графикой, и с полиграфией, и с веб, и с видео, причём в весьма различных формах. Двадцать лет я так или иначе чем-то таким занимался и не жалею об этом. И все эти двадцать лет у меня из головы не выходила одна фраза научного руководителя лицея, где в середине 90-х я учился этой самой компьютерной графике:

Вы, конечно, можете освоить инструменты, вы будете владеть программами. Тогда вы будете среди тех немногих, кто это сейчас умеет, но скоро настоящие профессионалы освоят компьютерные технологии, и вам придется тяжело рядом с ними. Поэтому не забудьте получить настоящую профессию, а все эти фотошопы и 3DS – лишь ваши инструменты, ваше конкурентное преимущество сегодня.

Но было и ещё одно обстоятельство, о котором явно не говорили: в какой-то момент я понял, что компьютерная графика «по специальности» – это ещё и биология, физика, и даже химия. И, конечно, математика. В этом посте я расскажу о трехнедельном открытом онлайн-курсе по основам компьютерной графики, который начался совсем недавно – 9 марта, – и попробую объяснить, для кого он сделан, зачем, почему такой, и как знания компьютерной графики помогают в жизни.

Чтобы считаться грамотным в широком смысле этого слова, человек должен не только писать без ошибок и уметь считать, но и разбираться в истории, политике, быть начитанным и так далее. Сейчас в этом списке прочно укрепилась и компьютерная грамотность — было бы очень странно ее там не встретить, учитывая, что мы на каждом шагу имеем дело с компьютерами уже несколько десятилетий.

Но компьютерные технологии — не единственные, которые получили такое бурное развитие за последнее время. Например, космические корабли бороздят просторы Вселенной… правда жизнь произвольно взятого человека далека от исследований космоса. Да и адронный коллайдер никак не вмешивается в существование большинства людей (запустили, конец света не настал, вот и собственно всё).

Совсем другое дело — биотехнологии, и вообще вся область знаний, из которой у них растут ноги (биология и генетика в частности). Биология уже прочно заняла место в повседневной жизни, но, к огромному сожалению, разбираться в ней пока не считается необходимым.

Поэтому мы и создали русскоязычный открытый онлайн-курс "Молекулярная биология и генетика", к которому ещё можно присоединиться до 24 ноября 2014, либо проходить потом в свободном режиме. Ниже немного расскажем о нём.

Coursera начала эксперименты с открытыми курсами, на которые можно записаться в любой момент. Первый курс, оформленный таким образом – Child Nutrition and Cooking. Интересно, что этот курс не использует стэнфордскую платформу, которую Coursera использовала ранее для всех онлайн курсов, а выглядят уже совершенно по-новому.

В последнее время на слуху феномен «муков» (MOOC) – массовых открытых онлайн курсов. Платформ для них создано большое множество.

Есть мнение, что MOOC – это книги нового поколения (с видео, интерактивными задачами и социальной составляющей), которые одновременно «читают» десятки тысяч человек. Можно долго сравнивать «муки» с классическим образованием и спорить об их эффективности, но полезно воспринимать их как совершенно другой формат, очевидно со своими плюсами и минусами.

При этом у онлайн образования есть большое концептуальное отличие от оффлайн образования – его проще измерить. А всё, что можно измерить, можно улучшить.

В этом посте я поделюсь личными соображениями о том, куда движется онлайн образование на примере MOOC-ов, в том числе по мотивам посещения Coursera Partners' Conference, прошедшей 4 недели назад в Лондоне.

Этим летом в Москве прошла первая летняя школа по биоинформатике. В ней приняло участие более 100 человек, которые приехали из различных уголков России и СНГ и были разделены на два потока: «информатики» и «биологи». Организовал мероприятие Институт биоинформатики в сотрудничестве с СПбАУ РАН, МГУ, ИППИ РАН и программой GameChangers.

Про то, как прошла сама школа, на хабре уже писали наши студенты. Теперь же каждый желающий, не имевший возможности поучаствовать в школе, может ознакомиться с интересующими его докладами: мы выложили все видеозаписи лекций и все слайды презентаций онлайн.

Если вы впервые слышите про биоинформатику, то советую в первую очередь посмотреть вводную лекцию Аллы Лапидус, которая расставит всё на свои места. Сейчас Алла занимает ведущие позиции в центре геномной биоинформатики СПбГУ и в лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ РАН, а ранее долгое время руководила геномными проектами в DOE Joint Genome Institute (Калифорния).



Под катом можно посмотреть список всех прошедших лекций, включая их краткие описания, которые помогут вам сориентироваться, а также полные видеозаписи на русском.

Секвенирование генома человека десять лет назад явилось причиной вычислительной революции в биологии. Оно стало стимулом для создания бо́льшего числа новых алгоритмов, чем в любой другой фундаментальной области науки.

21 октября мы с Филлипом Компо и Павлом Певзнером из Университета Калифорнии запускаем онлайн-курс по алгоритмам в биоинформатике на Coursera. Уже до 21 октября можно посмотреть содержание первой главы курса и порешать задачи на нашем новом образовательном проекте Stepic, над которым работает команда широко известного в узких (биоинформатических) кругах проекта Розалинд.

Многие знакомы с выступлением Алекса Мартелли (Alex Martelli) на Google Tech Talk под названием Python for Programmers (слайды) — в нём он чётко и лаконично рассказывает основы Питона для тех, кто уже умеет программировать, например на C, С++ или Java. По его презентации я сам учил Питон четыре года назад, перед тем как начать использовать его в преподавании программирования на матмехе СПбГУ.

Сегодня хочу представить вам интерактивный вариант этой презентации — онлайн мини-курс Python for Programmers, созданный и опубликованный под лицензией Creative Commons с разрешения Алекса. Мы добавили к его презентации интерактивных упражнений, обновили материал с Python 2.5 до Python 3.3, добавили информацию по актуальным библиотекам и разнице между 2 и 3 версиями Питона.

На прошлой неделе в Science: международная команда исследователей сообщила о нахождении генетических вариаций, ассоциированных с количеством образования, получаемого людьми с европейскими корнями.

Учёные провели полногеномный поиск ассоциаций (genome-wide association study) и обнаружили мутации в специфичных участках генома, появление которых коррелирует с образовательными достижениями. Найденные мутации отвечают лишь за два процента вариаций уровня образования и когнитивных способностей, но включают «перспективные» для дальнейших исследований однонуклеотидные полиморфизмы (single-nucleotide polymorphisms, SNPs). В частности, три независимые мутации (rs9320913, rs11584700, rs4851266) отвечают, приблизительно, за 1 дополнительный месяц обучения каждая.

Широко известны сайты для решения олимпиадных задач по программированию, такие, как, например, TopCoder и Codeforces, а также сборники математических задач-головоломок, например, Project Euler. За последний год произошёл бум онлайн образования: возникли стартапы Coursera и Udacity, предоставляющие онлайн курсы от топовых университетов США… но для тех, кто хочет изучить биоинформатику, пока ничего нет.

Розалинд — проект, разрабатываемый в Санкт-Петербуге и University of California, San Diego с мая 2012 года, как раз заполняет эту нишу. Это платформа для обучения биоинформатике с помощью решения задач, бесплатная и открытая.

Circos — открытый программный пакет для визуализации данных и информации. Он визуализирует данные в форме круга, что идеально подходит для изучения связей между объектами. Также, это просто красиво.

Санкт-Петербургская группа пользователей технологий Google приглашает на хакатон по Google Chrome в Санкт-Петербурге, который состоится при поддержке Google и движения GTUG (Google Technology User Group) в России и СНГ 27 и 28 августа 2011 года (ближайшие выходные!).

Цель этого конкурса — создать новые веб-приложения и расширения для браузера Google Chrome, которые сделают его еще более удобным для пользователей.

Ключевые докладчики из Google: Ilmari Heikkinen (Developer Programs Engineer) по видеосвязи из Москвы и Mike West (Chrome Advocate) в Санкт-Петербурге.

Мероприятие бесплатное, но требуется регистрация.

Место проведения: бизнес инкубатор QD.

Трое победителей получают ноутбуки Mac Book Air, которые будут вручены во время церемонии награждения на Google Developer Day 2011 Russia. Дополнительные 4-ые и 5-ые места будут награждены ценными призами.

Подробности обо всей серии хакатонов, в том числе в других городах России и СНГ, в официальном блоге.

Организационные партнёры: QD.

Открыт набор на курсы по биоинформатике в Санкт-Петербургском Академическом университете РАН на 2011/2012 год.

Курсы бесплатны и ориентированы на студентов средних и старших курсов информатических и математических специальностей, интересующихся биоинформатикой.

Санкт-Петербургский Академический университет РАН при поддержке компании JetBrains запускает открытые курсы по биоинформатике в Санкт-Петербурге.

Курсы ориентированы, преимущественно, на студентов старших курсов математических и технических специальностей, интересующихся биоинформатикой.

Курсы открыты для вольнослушателей и бесплатны (но необходимо заполнить форму). Для вольнослушателей возможна аттестация (проверка домашних заданий, проведение и проверка экзаменов) с последующей выдачей дипломов.

Повсеместный переход на Болонскую систему даёт студентам возможность сменить ВУЗ после получения диплома бакалавра. Однако немногие студенты задумываются об этом. Во многих ВУЗах магистерская программа очень «разрежена»: присутствует множество непрофильных курсов (философия, культурология и т.д.), профильных же очень мало, и для того, чтобы их сдать, достаточно просто появиться на экзамене/зачёте.

Тех, кто ещё сохранил желание учиться, а также интересуется биоинформатикой и имеет образование в области математики и/или информатики, кафедра математических и информационных технологий Академического университета приглашает в новую магистратуру по биоинформатике в Санкт-Петербурге.