Трехмерный движок в коде… ДНК

[Cerberuser]

… нет слов, одни восторги. Есть же в нашем мире люди, у которых хватает сил и времени во всё это вникнуть :)

[parrker]

Вот так пятничная статья! Кажется, тут материала на недели. Спасибо огромное за ваш труд!

[dbalabanov]

захватывающе!

[Des333]

Статья просто отличная!
Большое спасибо!

Сколько примерно ушло времени на сам проект и сколько на подготовку статьи?

[pallada92]

Спасибо! Это делалось в свободное от работы время: примерно два месяца ушло на изучение научных статей и прототипирование, 3 недели на написание симулятора и генерацию анимаций, еще 3 недели на написание и оформление текста статьи. Но из-за перерывов этот процесс в итоге растянулся на полтора года.

[evazamtz]

Видимо у меня столько же уйдёт на чтение и понимание :)

[napa3um]

Такое занижение ваших ожиданий от статьи — вовсе не комплимент автору :3

[NightShad0w]

Спасибо за обстоятельный труд.
Несколько разных математик, биология, химия, программирование и веб-дизайн в одном флаконе. Научно-популярные ресурсы нервно курят в стороне со своими статьями про "ученые обнаружили корреляцию между А и Б".

P.S.
Хабр — торт.

[netricks]

А трёхмерный движок на квантовом компьютере будет :) ?

[pallada92]

Я еще не определился)

[kablag]

Как аналог stickydesign можно попробовать использовать вот этот сайт www.nupack.org/design/new

В качестве прибора для реализации гипотетического эксперимента можно использовать прибор для ПЦР в реальном времени. Например такой www.bio-rad.com/ru-ru/product/cfx384-touch-real-time-pcr-detection-system?ID=LJB22YE8Z – в нём будет 384 пикселя и 5 цветов.

И у майкрософт был, как мне кажется, проект на похожую тему www.microsoft.com/en-us/research/project/programming-dna-circuits

[Megadeth77]

Торт не то слово.

[Pro-invader]

Жаль, что Хабр выпилил раздел «Лучшие статьи за все время», или я ошибаюсь? Этому труду место там. Мощно!

[vyo]

Если вы про https://habr.com/top/alltime/, то он всё ещё есть, просто нигде не упомянут.

[Dron007]

У меня, конечно, очень фрагментарные познания в молекулярной биологии, но масштабность и смелость подхода восхищают. Можно ли как-то используя эти принципы получить что-то более практичное, например, самосборку каких-то молекулярных структур, генерацию самоподдерживающихся процессов (а-ля, жизнь в пробирке), фильтрацию веществ, очистку? Вычисления на ДНК вряд ли имеют какую-то ценность, а вот хранение данных может.

[vvzvlad]

Например, организм при развитии "понимает" где у него какая сторона, по концентрации определенных веществ. Т.е. есть несколько градиентов — один максимален в районе (условно) головы, и минимален у ног, и второй минимален слева и максимален справа. Вот вам и реализация Row и Col: можно сделать модельный организм, который в процессе своего развития будет рендерить картинку куба и отображать ее на коже, например, концентрацией меланина.

[Dron007]

Это, конечно, интересно, но какая практическая польза от рисования кубов на теле? Вот создать бактерии, перерабатывающие пластик в нефть, например, или просто во что-то разлагаемое, было бы крайне полезным.

[netricks]

Примерно такая же как от написания программы выводящей HelloWorld на печать… Пользы никакой, а все равно все её пишут.

[AivanF]

Прекрасная статья! Я обожаю миксы разных технологий, вроде нестандартной автоматизации повседневных вещей, ИТ и тексты/психология/нейробиология (чем в последние годы уже никого не удивить), пропроцессора Си в GraphViz, игры жизни Конвея на SQL, но компьютерная графика в биоинформатике это просто новый уровень mind blowing… Очень классно, что есть люди, которые в свободное время творят такие великолепные вещи!

[KvanTTT]

пропроцессора Си в GraphViz

А это как? Ссылки есть?

[AivanF]

Поиск по сайту выдаёт первый же ссылкой: "Синергия Graphviz и препроцессора C/C++" ;)

[KvanTTT]

А может квайн так создать? Чтобы ДНК сами себя реплицировали :)

[pallada92]

Не стоит, одного квайна в 2020 году вполне достаточно :)

[KvanTTT]

Забавная игра слов, даже понял не сразу :)

[remova]

Замечательная статья! Автор, подскажите, пожалуйста, книги на русском языке, в которых можно прочитать более подробно то, о чем написано в статье? Или хотя бы примерно на эту же тему. Интересуют именно книги, не статьи.

[pallada92]

Спасибо! В статье затронуто несколько тем, которые обычно не встречаются вместе, поэтому для каждой придется подбирать отдельную книгу. На русском я ничего даже не пытался найти, на английском читал только статьи. Из английских книг мне показалась хорошей «An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology)», хотя я не читал ее.

[remova]

Спасибо! так и думал, что на русском языке книг не сыщешь. Кстати, Автор, Вам предложение — пишите книгу, будете первым! Матбиология уж очень перспективной вещью кажется.

[amakhrov]

Это первая статья подобного масштаба на хабре, которую я "осилилил" за последние годы (в несколько заходов). Автор молодец!

Некоторое время назад я наткнулся на такой вот фреймврок для реакций на Scala — https://github.com/Chymyst/chymyst-core. Тогда это для меня выглядело очень абстрактно, но после объяснений в этой статье мне кажется, то он ту же самую задачу решает.

[pallada92]

Спасибо! Наверное, стоило разбить статью на несколько частей.

Фреймворк необычный, но я сходу не понял его принцип. Это что-то вроде один процесс — одна молекула?

[amakhrov]

Про процессы не уверен. Что мне запомнилось — это то, что фреймворк пытается защитить программиста от задания некорректной системы реакций. Что-то ловится на этапе компиляции, что-то исключениями в рантайме.