Search
Write a publication
Pull to refresh
27
0.1
Юлия Горшкова @Yuuri

Люблю котиков, языки, ФП и биоинформатику

Send message

Реверс-инжиниринг исходного кода коронавирусной вакцины от компаний BioNTech/Pfizer

Reading time11 min
Views105K
Добро пожаловать. В данном посте мы посимвольно разберём исходный код вакцины BioNTech/Pfizer SARS-CoV-2 мРНК.

Да, такое заявление может вас удивить. Вакцина – это ведь жидкость, которую вводят человеку в руку. При чём тут какой-то исходный код?

Хороший вопрос. Начнём мы с небольшой части того самого исходного кода вакцины BioNTech/Pfizer, также известной, как BNT162b2, также известной, как Tozinameran, также известной, как Comirnaty.


Первые 500 символов мРНК BNT162b2.

В сердце вакцины находится вот такой цифровой код. Его длина составляет 4284 символа, так что его вполне можно уместить в несколько твитов. В самом начале процесса производства вакцины кто-то закачал этот код в ДНК-принтер (ага), который, в свою очередь, превратил байты с накопителя в реальные молекулы ДНК.

Рейтинг лучших настольных 3D-принтеров 2021 года

Reading time34 min
Views136K

Весной прошлого года мы выпустили свой первый рейтинг лучших 3D-принтеров, основанный на данных ведущих американских порталов All3DP и 3DSourced. Он был размещен у нас, а также на сайтах партнеров, и имел огромный успех у читателей. Учитывая неослабевающий интерес к теме, мы решили сделать это традицией, и наш первый в этом году рейтинг составили на основе нашего экспертного мнения и реалий российского рынка, который имеют ряд отличий от американского по популярности и представленности оборудования. К примеру, российские производители неизвестны американским изданиям и, соответственно, не попадают в их рейтинги, так же как и в наши, аналогичным образом, не попадают некоторые американские и европейские. Тем не менее, мы будем использовать текущие рейтинги американских изданий как отправную точку и приведем ряд их оценок по моделям, которые являются одинаково популярными во всех странах.

Мы разбили рейтинг на подгруппы, чтобы не сравнивать синее с горячим, а зеленое с большим, а основными критериями для включения в список лучших для нас стали: качество принтера (конструкция, комплектующие), качество печати (подача материала, обдув, материал площадки), технические характеристики (область построения, электроника, материал исполнения), дополнительные функции (автокалибровка, датчики окончания филамента, дисплеи и т.п.), объем продаж в России (в рейтинг попали только популярные модели), ну и конечно, цена.

Читать далее

Фантастические книги, которые вы могли пропустить в 2020 году

Reading time7 min
Views66K

Что делать, когда хочется писать о книгах, но рубеж года уже пройден, а 2021 пока не радует новинками? Можно еще раз вспомнить достойные фантастические романы, которые вышли на русском в 2020, и заслуживают внимания, хотя их авторы, по крайней мере пока, не могут похвастаться большой популярностью в России. Поэтому хочу рассказать о нескольких фантастических книгах прошлого года, которые произвели на меня хорошее впечатление. 

Буду рад, если в комментариях поделитесь своими фантастическими находками.

Читать далее

Тариф «100к+», или как вельми зело огорчить спамера

Level of difficultyEasy
Reading time12 min
Views67K

Уже не впервые сталкиваюсь, что читатели Хабра не все поголовно умеют правильно бороться со спамом. И я не про SpamAssasin, «Ктозвонил» и прочие приложения для фильтрации информационного мусора, а про несложную, но весьма доставляющую всем сторонам процесса подачу жалобы в ФАС.

После публикации на Хабре появилась статья с более лучшим раскрытием темы.

Давайте расскажу, как буквально за 15 минут не отрываясь от любимого компьютера подключить спамеру задораздирающий тариф линейки «Административный»: «Административный 100к», «Административный 150к» и вплоть до «Административный 500к» – как повезет.
Читать дальше →

Куда идти за иммунитетом?

Reading time6 min
Views180K

Начну с того, что я не антипрививочник ни разу, скорее наоборот. Но вакцина вакцине рознь, особенно сейчас и от известного вируса. Итак, что же мы имеем на сегодня? 

Гамалеевский Спутник V. Нашумевшая и очень современная вакцина, впереди только генная терапия в чистом виде. Неудивительно, что именно сюда вложили столько сил, времени и средствОна же пока еще единственно возможная в нашей стране. Ее очевидные плюсы: максимальный иммунный ответ (помимо антител имеем клеточный иммунитет) при минимальных побочных эффектах. Но есть нюанс, про который почему-то если и говорят, то очень-очень мало и конечно же не в СМИ, а в специализированных медицинских пабликах. Сейчас объясню, о чем речь.

Данная вакцина представляет собой генетически модифицированный аденовирус, вернее два обезвреженных аденовируса (5-го и 26-го серотипов), которые вводятся в организм с промежутком в 3 недели. В геном каждого встроен ген спайк-белка ("шипа") коронавируса. По сути, это «машины», задачами которых является доставка важного «пассажира» по назначению. А дальше все идёт так, как заложено природой: аденовирус доставляет ген коронавируса в клетки, распаковывается там и начинает производить белки как «пассажира», так и свои. Кусочки этих белков выставляет заражённая клетка, обучая тем самым т-лимфоциты. После разрушения «клетки-фабрики», вирусные белки (именно белки, а не готовые заражать новые клетки вирионы, как при болезни) попадают в кровь, тем самым стимулируя производство антител. Заболеть невозможно, иммунитет формируется, и вроде бы все здорово. Но побочным эффектом этой вакцины является развитие иммунного ответа на сами аденовирусные компоненты вектора. В результате повторного введения, «машина с пассажиром» просто не успеет доехать до клетки, а будет сразу уничтожена антителами, которые образуются в результате предыдущего «знакомства». Получается, что Спутник V можно использовать только один раз. И это чревато даже не столько тем, что вакциной больше нельзя будет воспользоваться по назначению - напряженность иммунитета к коронавирусу все равно никому не известна, а случаи повторных заражений вроде бы есть, но малоПугает пожизненное ограничение на любую потенциально возможную аденовекторную генную терапию, в том числе и на лечение онкологии, которая может понадобиться в будущем. Все это сейчас активно развивается, а после такого «масштабного тестирования», дело пойдёт ещё быстрее. Но опять же, терапия эта может пригодиться, а может быть и нет, а иммунитет к вирусу нужен уже сегодня. Поэтому, здесь каждый выбирает для себя, что ему важнее. Вакцина получилась вполне нормальная, для пожилых - самое то. А вот на месте молодых (у них ведь есть все шансы в будущем  воспользоваться генной терапией), я бы призадумалась.

Слышала про разработку версии «Спутник-Лайт», для тех, кто бережёт (фигуру) иммунитет. Это будет однокомпонентная вакцина, сделаная на основании только одного серотипа. Этот вариант приятнее, но его выпуск планируется не раньше декабря 2021 года. 

Читать далее

Буддизм с точки зрения программиста

Reading time20 min
Views103K

Здравствуйте, меня зовут Сергей, я работаю JavaScript-программистом, и я - буддист. Но совсем не такой, каким вы меня только что представили. Наверняка, при прочтении слова "буддист", в вашей голове всплывает либо образ улыбчивого азиата в оранжевом одеянии, либо образ безработного хиппи-вегана, путешествующего по Индии, занимающегося йогой и ищущего "просветления" в сомнительных религиозных практиках. Так вот, я ни тот, и ни другой. Так кто же я? Чтобы ответить на этот вопрос, нужно для начала поближе познакомиться с историей буддизма.

Около трех с половиной тысяч лет назад Древняя Индия была завоевана ариями - одним из индоевропейских племен, пришедшем в Индию с предгорий Кавказа через территорию современного Ирана. Немного отклонившись от основной темы поста, скажу, что с этим завоеванием связано много интересных фактов. Именно потому, что кроме Индии эти племена завоевали также территории Европы и Ирана, все европейские, персидский и индийские языки родственны друг другу и входят в одну языковую семью. Вы же понимаете санскритское слово "веды" без перевода, верно? И именно по названию места происхождения этих племен в английском языке европеоидная раса называется caucasian race. А также именно по названию этого племени французский граф Жозев Артюр де Гобино дал имя своей печально известной расовой теории, позже популяризованной и претворенной в жизнь Адольфом Гитлером. Но давайте вернемся назад к нашей теме.

Читать далее

Выделяем ДНК банана в домашних условиях

Reading time5 min
Views74K

В анонсах мероприятий, которые проходят в Leader-ID, можно встретить неожиданные вещи. К примеру — мастер-класс по выделению молекул ДНК, для которого достаточно «оборудования» и «реагентов», присутствующих на любой кухне. Этот эксперимент можно провести вместе с детьми — погрузить их, так сказать, в мир биологии и химии.

Читать далее

Прекратите скручивать (восклицательный знак)

Reading time6 min
Views1.8M
Ну действительно, прекратите. Есть куча прикольных штук для соединения самых разнообразных проводов, а все равно технология «откусить зубами изоляцию, скрутить, замотать изолентой» жива до сих пор.

Дальше много текста, фотографий, разборок. Ну все как обычно

Трехмерный движок в коде… ДНК

Reading time40 min
Views23K
UPD 29 ноября: Репозиторий с кодом ДНК выложен на GitHub.
github.com/pallada-92/dna-3d-engine

UPD 30 ноября:
В англоязычном твиттере заметили проект
Новость попала в топ-10 на HackerNews!






Меня всегда интересовало, на что может быть похоже программирование внутриклеточных процессов. Как выглядят переменные, условия и циклы? Как вообще можно управлять молекулами, которые просто свободно перемещаются в цитоплазме?

Ответ довольно неожиданный — lingua franca для моделирования сложных процессов в клетках является реакции вида
Эти реакции моделируются при помощи закона действующих масс, который одинаково работает и в химии, и в молекулярной биологии.

— Неужели при помощи этих примитивных реакций можно что-то программировать?
— Да, а то, что написано выше, вычисляет $B = \sqrt{A}$.

В этом пошаговом туториале мы вместе взорвем себе мозг, чтобы получить 10 таких реакций, которые производят рендер трехмерного куба.

Потом я расскажу, как полученные реакции скомпилировать в код ДНК, который можно синтезировать в лаборатории и (если очень повезет) получить трехмерный куб из двумерного массива пробирок.

Как обычно, я сделал веб-приложение с эмулятором таких реакций, в котором можно поупражняться в «реактивном» программировании. Вы сможете удивлять химиков способностью вычисления конечных концентраций в сложных системах реакций методом пристального взгляда.

Для понимания статьи никаких предварительных знаний не требуется, необходимые сведения из школьной программы по биологии мы повторим в начале статьи. Также мы разберем типичные паттерны, которые использует эволюция для достижения сложного поведения в живых клетках.

Стивен Вольфрам: кажется, мы близки к пониманию фундаментальной теории физики, и она прекрасна

Reading time70 min
Views390K
В продолжение моего поста про вычислимую Вселенную я хочу представить вам свой перевод статьи Стивена Вольфрама, созданной в рамках его проекта The Wolfram Physics Project.


Неожиданное открытие


За прошедшие несколько веков произошел настоящий прорыв в наших знаниях о принципах работы окружающего нас мира. Но несмотря на это, у нас все еще нет фундаментальной теории физики, и мы все так же не имеем ответа на вопрос о том, как именно работает наша Вселенная. Я занимаюсь этой темой уже порядка 50-и лет, но только в последние несколько месяцев все кусочки пазла наконец-то начали складываться вместе. И получающаяся картина оказалась гораздо прекрасней, чем все, что я только мог себе представить.
Читать дальше →

Сложение двух чисел с плавающей запятой без потери точности

Reading time9 min
Views83K
Здравствуйте, друзья, как вы думаете, если мы напишем такой код:

s = a+b;
z = s-a;
t = b-z;

то не кажется ли вам, что в результате его выполнения получится, что t=0? С точки зрения привычной математики действительных чисел это и правда так, а вот с точки зрения двоичной арифметики с плавающей запятой в переменной t будет кое-что другое. Там будет то, что спасает нас от потери точности при сложении чисел $a$ и $b$. Кого интересует данная тема, прошу под кат.

ICFP Contest 2020 от идеи до воплощения. Как организовать контест и выжить

Reading time17 min
Views5.8K


В этом году мы стали первой командой из России, которая организовала международное соревнование по программированию ICFPC. В статье рассказываем, как перешли из участников в организаторы, какие грабли и вызовы встретили по пути и каким в итоге получился контест.

Читать дальше →

Как математический «фокус» спас физику частиц

Reading time7 min
Views11K

Перенормировка, возможно, оказалась самым важным прорывом в теоретической физике за последние 50 лет



Не нужно анализировать поведение отдельных молекул воды, чтобы понять поведение капель, или анализировать капли, чтобы понять волны. Возможность переключать фокус между разными масштабами – это и есть суть перенормировки

В 1940-х годах физики-первопроходцы наткнулись на новый слой реальности. Место частиц заняли поля – всеобъемлющие и волнующиеся сущности, заполнявшие всё пространство на манер океана. Одна небольшая рябь в таком поле могла обозначать электрон, другая – фотон, а их взаимодействия, судя по всему, могли объяснить все электромагнитные явления.

Была только одна проблема – вся эта теория держалась на надеждах и молитвах. Только при помощи такой техники, как "перенормировка", позволявшей тщательно скрывать бесконечные величины, исследователи могли обойти бессмысленные предсказания этой теории. Схема работала, но даже те, кто разрабатывал эту теорию, подозревали, что она может оказаться карточным домиком, держащимся за счёт извращённого математического трюка.
Читать дальше →

Простое и строгое доказательство 26/10 измерений в теории струн

Reading time12 min
Views24K


… вы нигде не найдете.


По крайней мере, у меня не получилось сделать его таковым. Требование определенного и большого числа пространственно-временных измерений (26 для более простой бозонной теории струн и 10 для более сложных суперструн) это один из наиболее неправильно понимаемых аспектов, который, собственно, является основным источником негативных чувств к данной теории. Придется очень постараться, чтобы объяснить происхождение этих странных чисел неспециалистам.

Читать дальше →

Löb и möb: странные петли в Хаскеле

Reading time7 min
Views16K
Это достаточно вольный перевод статьи. Дело в том, что несмотря на конструкции в одну строчку, материал сложен для понимания.
Беря во внимание то, что в комментариях Прелюдия или как полюбить Haskell просили, чтобы код был понятный, я внёс достаточно ремарок, и, надеюсь, код будет понятен и тем, кто далёк от Хаскеля.


Давайте начнём с самого трудного — с самого заголовка: многим непонятны все его слова.
Хаскель — это чистый и ленивый функциональный язык.
Лёб — это немецкий математик, о котором мы поговорим чуть позже.
Ну, и наконец, самое интересное — странные петли.

Странные петли — это запутанные категории, когда двигаясь вверх или вниз в иерархической системе, находишь то же самое, откуда начал движение.
Зачастую такие петли содержат само-референтные ссылки.
Например, подобной странной петлёй обладает рекурсивные акронимы: «PHP — PHP: Hypertext Preprocessor».
Ну, и на сегодняшний день наиболее загадочным словом, содержащим странные петли, является понятие «я».

Странные петли будоражат людей своей красотой. И очень приятно, когда находишь их в самых неожиданных местах. Очень интересные функции со странными петлями можно написать на Хаскеле.

Немецкий математик Лёб мигрировал в 39-м году ХХ-го столетия в Великобританию. Лёб, в частности, развивал математическую логику и миру прежде всего известен Теоремой Лёба. Это теорема развивала труды Гёделя о неполноте математики. Теорема Лёба о взаимосвязи между доказуемостью утверждения и самим утверждением, она гласит, что

во всякой теории, включающей аксиоматику Пеано (аксиоматика о натуральных числах), для любого высказывания P доказуемость высказывания «если доказуемо P, тогда P истинно» возможна только в случае доказуемости самого высказывания P.

Всю эту сложность высказывания можно записать символически:


Можно ли такую функцию написать на Хаскеле?! Можно! И всего в одну строчку!
Loeb и moeb: странные петли в Хаскеле

Катастрофические последствия программных ошибок

Reading time9 min
Views54K


Практика не устает доказывать, что в любом ПО самая главная уязвимость — человеческий фактор. И неважно, появился ли баг из-за нехватки квалифицированности специалиста, выжил после долгих часов дебага в поисках ошибки, или считался хитро замаскировавшейся фичей. Среди некоторых разработчиков даже укрепилось мнение, что баги в принципе существуют всегда и везде. Но если ошибки абстрактны и сложно воспроизводимы в реальных условиях, то проблема не является критичной.

В идеальной ситуации баги исправляют все и сразу. Но в жизни всегда есть куча задач, отодвигающих полный и бесповоротный багфикс (новый функционал, срочные хотфиксы, расставленные приоритеты при исправлении багов). Это значит, что в первую очередь находятся и исправляются очевидные и явные проблемы. Остальные тихо ждут своего часа, превращаясь в бомбы замедленного действия. Иногда ошибки приводят не только к неприятностям в жизни рядового разработчика, но и вызывают настоящие катастрофы. Сегодня у нас подборка и объяснение самых кошмарных багов в истории разработки ПО.
Читать дальше →

Любовь, смерть, роботы и Пелевин

Reading time3 min
Views70K
image

В прошлом году, вернувшись с тренировки, я засел перед компьютером, чтоб посмотреть пару забавных мемов про котиков. И, обнаружив новость о выходе нового сериала Любовь, смерть и роботы– «Love, Death & Robots», я лениво потрогал её мышкой — глянуть одним глазком.

Пришел в себя я под утро. С красными глазами, затекшим, от сидения в кресле телом — но совершенно счастливым.

18 коротких фантастических историй — разноплановых, разных жанров и стилей, были невообразимо хороши. С многими я уже был знаком — часть эпизодов была снята по рассказам известных писателей, но увиденные вживую, они смотрелись как в первый раз. Впрочем, это вы, наверняка, знаете и без меня.

При пересмотре сериала, мои впечатления, впрочем, были уже не столь радужны — во мне проснулась писательская зависть. «Почему такое не снимают в России — возмущенно бормотал я, — я бы подобрал рассказы для сериала ничуть не хуже!»

«Я сниму свой сериал! — сказал я, чтоб справиться с завистью, — точнее, соберу 18 рассказов, ничуть не уступающих подборке сериала».
Читать дальше →

SARS нерукотворный? Генеалогия уханьского коронавируса

Reading time73 min
Views293K

Не, ну какая рукотворность? Что за бред? Думал я, когда впервые услышал гипотезу о том, что Ковид-19 вызван то ли лабораторной утечкой, то ли вообще целенаправленной биоатакой. И каждый раз просто отмахивался от этих домыслов, когда они в очередной раз доплывали до меня в бурном потоке коронавирусного инфошума. Ну подумаешь, есть в Ухане институт вирусологии, мало ли.

В какой-то момент отмахиваться уже пришлось аргументированно, потому что сторонники рукотворности начали обосновывать свои тезисы о возможной искусственной природе вируса доводами из молекулярной биологии, и тут уже хотелось в пух и прах разбить их конспирологию холодными научными фактами. Уж если не как авторы статьи в Nature (казалось мне), то хотя бы как уважаемый мной Панчин.

И вот тут, в погоне за доводами против рукотворности вируса, меня и заразил вирус сомнений. В чём, собственно, причина сомнений? В том, что чем глубже погружаешься в деятельность коронавирусологов за последние 15–20 лет, тем лучше понимаешь, что создание ровно таких химер как CoV2 у них было обыденным делом. А CoV2 — это очевидная химера, основанная на летучемышином штамме RaTG13, у которого в шиповидном белке место связывания с рецептором (RBM) заменено с летучемышиного на панголиний, и вдобавок врезан особый участок из 4-х аминокислот, создавший furin cleavage site, который, как ранее выяснили вирусологи, значительно расширяет «репертуар» вируса в плане того, в чьи клетки он может проникать. Скорее всего, именно благодаря этому новому фуриновому сайту, новый мутант и сумел перескочить с исходных носителей на людей.

С учётом тех высот, которых сегодня достигла генная инженерия, синтетически собрать CoV2 по вышеописанной методике не составило бы труда даже начинающему специалисту. Ведь вирусологи, включая руководителя коронавирусного направления в Уханьском институте вирусологии Ши Чжэнли, такими вещами уже неоднократно занимались — как заменой RBM у одного вида вируса на RBM из другого

Фракталы в песках, или Больше трёх не собираться

Reading time9 min
Views11K
Мы поговорим о модели песчаной кучи. Песок (не настоящий, модельный), пересыпаясь, создаёт вот такие картинки:



Песчаные кучи можно складывать (это легко, если вы привыкли складывать всякие штуки) и вычитать (а вот это уже нетривиально).

А ещё можно использовать эту штуку в качестве Hello world вместо игры «Жизнь».
Читать дальше →

Жизнь внутри черной дыры

Reading time10 min
Views122K
Знаю, что здесь это якобы не приветствуется, но делаю кросс-пост отсюда по прямой просьбе автора — Горькавого Николая Николаевича. Есть некоторый шанс, что их идея перевернёт современную науку. И лучше прочитать о ней в оригинале, чем в пересказе рен-тв или ленты.ру.

image

Для тех, кто не следил за темой. Рассмотрим две вращающихся друг вокруг друга чёрных дыры, допустим, массами 15 и 20 единиц (масс Солнца). Рано или поздно они сольются в одну черную дыру, но её масса будет не 35 единиц, а, скажем, всего 30. Остальные 5 улетят в виде гравитационных волн. Именно эту энергию улавливает гравитационный телескоп LIGO.

Суть идеи Горькавого и Василькова в следующем. Допустим, вы наблюдатель, сидите в своём кресле и чувствуете притяжение 35 единиц массы делить на квадрат расстояния. И тут бац — буквально за секунду их масса уменьшается до 30 единиц. Для вас, в силу принципа относительности, это будет неотличимо от ситуации, когда вас отбросило в обратном направлении с силой в 5 единиц, делить на квадрат расстояния. То есть, неотличимо от антигравитации.

Читать дальше →

Information

Rating
2,856-th
Location
Санкт-Петербург, Санкт-Петербург и область, Россия
Date of birth
Registered
Activity

Specialization

Software Developer
Senior
From 1,234,567 ₽
C++
Haskell
Functional programming
Compilers