Интересные результаты о эволюционной систематике прокариот или «многовидовое происхождение»

    Филогенетическая систематика пытается определить родство различных организмов и их эволюционную близость. Если не так давно об этом судили по внешним признакам организмов (морфологии если точнее), то теперь однозначно перешли к суждению путем сравнения геномов этих организмов.

    Но ДНК организма состоит из множества нуклеотидов и учитывать их все для определения схожести организмов сильно затруднительно. Кроме того ДНК постоянно эволюционирует. Поэтому биологи начали основываться на рибосомной рибонуклеиновой кислоте (рРНК), т.к. эти молекулы обнаружены у всех клеточных форм жизни, их функции связаны с важнейшим для организма процессом трансляции, первичная структура в целом характеризуется высокой консервативностью.

    Считается, что особенностью рРНК является нахождение вне сферы действия отбора, поэтому данные молекулы эволюционируют в результате спонтанных мутаций, происходящих с постоянной скоростью, и накопление таких мутаций зависит только от времени. Таким образом, мерой эволюционного расстояния между организмами служит количество нуклеотидных замен в молекулах сравниваемых рРНК.

    Известно, что в рибосомах прокариот и эукариот присутствуют 3 типа рРНК. Информационная емкость крупных молекул больше, но их труднее анализировать. Поэтому наиболее удобным оказался анализ молекул рРНК средней величины: 16S (~1600 нуклеотидов). Систематика основывается на расчете коэффициентов сходства сравниваемых организмов. Именно на основании анализа рРНК современная систематика выделяет три домена бактерии, археи и эукариоты, а так же на этом основывается систематика, бактерий и архей X издания Берги.

    Вот такое положение дел в этой сфере на данный момент. Мной же была сделана попытка создать основы для несколько другой, если хотите альтернативной, систематики. Почему? Консервативность рРНК тем не менее не достаточно велика, консервативны лишь некоторые её части. А так как есть достаточно вариабельные части у рРНК, то приходится делать допущения и предполагать, где были разрывы и вставки отдельных фрагментов при мутации. А т.н. выравнивание сейчас делается с очень большой погрешностью.

    В итоге, я пришел к выводу, что необходимо при сравнении геномных последовательностей сравнивать такие участки, которые вообще не подвергались мутациям, и которые абсолютно идентичны в разных организмах.

    Смотрим, что из этого получилось.



    Существуют ли участки ДНК, которые вообще не подвергаются мутациям на протяжении длительного времени?

    Но есть ли такие участки, которые вообще не подвергались мутациям, и абсолютно идентичны в разных организмах? Оказывается есть. Целый ряд белков (их ДНК код) абсолютно одинаковы для многих видов, отнесенных к одному роду, или даже семейству. Но еще большей консервативностью обладают транспортные РНК (тРНК). В хромосоме бактерии, как правило, существуют все 20 видов тРНК, каждая из которых ответственна за транспортировку определенной аминокислоты к месту синтеза белка. И вот на основании их можно проследить эволюционную связь не только отдельных семейств, но и целых классов и даже типов.

    В данном исследовании я основывался только на одной тРНК, которая транспортирует аланин (Ala tRNA). Поэтому выводы о эволюционной связи не претендуют на окончательный результат. Для этого нужно сопоставить результаты в отношении других тРНК. Но тем не менее, проделанное исследование позволяет наметить ряд положений о близости некоторых родов бактерий. Затем будет показано, что о близких эволюционных связях нельзя говорить в терминах филогенетического дерева. Это вызвано тем фактом, что существует горизонтальный перенос и конъюгация у бактерий, и тут требуются другие подходы.

    Анализ геномов

    В центре нашего внимания будет род Yersinia (Чумная палочка), но в результате исследования были рассмотрены и другие такие как Shewanella, Pseudomonas, Vibrio, Erythrobacter, Pseudoalteromonas, Photobacterium и ряд других (всего 109 локусов)

    тРНК у бактерий, как правило, имеет константную длину 76 нуклеотидов, при этом антикодон располагается в позициях 34,35,36. Аланин в ДНК кодируется четырьмя кодонами: GCT, GCC, GCA, GCG. Поэтому потенциально возможны 4 вида Ala tRNA, с антикодонами AGC, GGC, TGC, CGC.

    Но у подавляющего большинства рассматриваемых бактерий в геноме есть только по 2 вида Ala tRNA_GCA и Ala tRNA_GCС. Есть, конечно, и исключения.

    Для анализа были использованы секвенированные геномы ДНК, которые имеются в базе NCBI. Все идентичные немутировавшие тРНК были помечены уникальным идентификатором (Id). С помощь написанной для анализа компьютерной программы, в полуавтоматическом режиме с ручной верификацией, был составлен список разнообразных видов Ala tRNA, и их расположение в том или ином секвенированном локусе.

    Результаты

    У всех рассматриваемых штаммов рода Yersinia (9 шт.), имеется в геноме одинаковые Ala tRNA_GCA с Id=00046 и Ala tRNA_GCС с Id=00043. На основании этого факта, можно сделать вывод, что действительно эти штаммы имеют сильную эволюционную связь, и поэтому их всех относят к роду Yersinia.

    Сейчас род Yersinia относят к семейству Enterobacteriaceae. Но на основании проделанного анализа, в рамках сходства по Ala tRNA, эта связь малообоснованна.

    Если посмотреть на классических представителей семейства Enterobacteriaceae, таких как Escherichia, Salmonella, Shigella, Citrobacter, Cronobacter, Klebsiella, Pectobacterium, то у всех них совершенно другие Ala tRNA. А именно у них Ala tRNA_GCA с Id=00011 и Ala tRNA_GCС с Id=00012. На этом основании мы и можем считать перечисленные роды семейства Enterobacteriaceae классическими представителями.

    И только с родом Photorhabdus, по одной линии Ala tRNA_GCA с Id=00046, Yersinia имеет связь. Поэтому род Yersinia имеет черты от разных семейств. Такой род мы назовем переходным родом между различными семействами.

    Итак, если с семейством Enterobacteriaceae род Yersinia связывает только одна конфигурация не мутировавшей Ala tRNA_GCA с Id=00046 (и то частично), то встает вопрос с каким семейством род Yersinia связан по другой конфигурации не мутировавшей Ala tRNA_GCС с Id=00043?

    Оказывается наиболее прямой связью по этой линии является род Shewanella (семейство: Shewanellaceae, порядок: Alteromonadales, класс: гамма-протеобактерии). При этом объединяющая их линия Ala tRNA_GCС с Id=00043, является ключевой в эволюционном плане, так как присутствует так же еще у родов Pseudomonas и Vibrio. Все эти связи более близкие, чем следует из современной классификации, где эти роды объединены лишь на уровне класса.

    В свою очередь некоторые представители рода Shewanella имеют одинаковые Ala tRNA_GCA с Id=00047 и Ala tRNA_GCС с Id=00043. Уже выяснив, что Yersinia и Shewanella имеют связь по одной линии (Id=00043), интересно с кем связан род Shewanella по другой линии (Id=00047). Оказывается, что эта линия также является достаточно ключевой в эволюционном плане. Она разветвляет происхождение далее и Ala tRNA_GCA с Id=00047 обладают так же представители родов Vibrio, Thiomicrospira, Saccharophagus.

    Мы можем также проследить эти связи и далее (см. рисунок). Но уже сейчас понятно, чтобы систематизировать эти эволюционные связи, нужно несколько изменить подход к их описанию.



    в более высоком разрешении

    Выводы

    Следует еще раз подчеркнуть, что все выводы сделанные в работе, базируются на анализе только tRNA Ala, и конечно для признания результатов нужна проверка по другим видам тРНК. Но тем ни менее уже сейчас мы можем сделать некоторые выводы и описать каким образом нужно изменить подходы к систематике таксонов.

    Достаточную сложность вызывает определение какой из видов более эволюционно древний, а какой более молодой. Но если исходить из гипотезы, что биологический мир развивался от простого к сложному, то у нас есть по крайней мере один неоспоримый факт. Если бактерия имеет две хромосомы, то кажется очевидным, что она эволюционно более молода, чем имеющая одну.

    Поэтому в рамках нашего исследования можно с уверенностью сказать, что род Vibrio более молодой, чем Shewanella или Yersinia. И тогда, раз Vibrio и Shewanella объединены идентичными Ala tRNAGCA с Id=00047, то с большой вероятностью, род Vibrio произошел от Shewanella и так произошла одна хромосома. После чего другие представители рода Vibrio произошли от рода Colwellia и так произошла вторая хромосома. В результате объединения этих хромосом в одном организме мы и можем говорить о роде Vibrio, который по одной линии произошел от Shewanella, а по другой от Colwellia.

    Таким образом, мы должны говорить не о происхождении от одного предка, а о как минимум двух, а то и больше.

    С однохромосомными бактериями сложнее определить направление эволюции (кто более молодой, а кто более древний). Но основываясь на двуххромосомные виды, можно сказать, так как существует вид Vibrio с Ala tRNA_GCA с Id=00049 и Ala tRNA_GCС с Id=00043; а также существуют виды Vibrio с Ala tRNA_GCA с Id=00047, то первоночально существовали именно Ala tRNA_GCA с Id=00047 и Ala tRNA_GCС с Id=00043. А они содержались в Shewanella, и поэтому его нужно признать наиболее древним организмом, и положить в основу систематики рассмотренных здесь организмов.

    Тогда можно сделать вывод, что от Shewanella по одной линии произошли Yersinia. От Yersinia в свою очередь Photorhabdus, от которого и произошло все семейство Enterobacteriaceae. Но это только по одной линии. По другой же мы уже упоминали какие роды произошли от Shewanella.

    Многовидовое происхождение сильно запутывает эволюционную картину, но с этим ничего не поделаешь — такова сложность видообразования, и нам нужно лишь их наиболее точно отразить в условиях, когда не все виды известны.

    upd. Ах, да. Совсем забыл, тут начали говорить — ну зачем программистам дурить голову всякой биологией. Так я собственно, и хотел заинтересовать именно программистов этой темой, так как именно они способны написать алгоритмы для биовычислений. У меня просто у самого не хватает сил провести более полный анализ. Вдруг кого-то заинтересует милости прошу пишите в личку.
    Share post
    AdBlock has stolen the banner, but banners are not teeth — they will be back

    More
    Ads

    Comments 210

      +3
      Ого.
        +3
        Вы правильно сделали, что опубликовали свои результаты на айтишном сайте, а не на биологическом. Тут вам скажут «ого», а там только у виска покрутят. Хотя, может, для курсача бы сгодилось.
          +2
          Ну почему же, например тут Горизонтальный перенос генов и его роль в эволюции — говорится по сути тоже самое, только я пришел к этому самостоятельно и показал в цифрах, а не на лирике. А биологии думаю есть и тут — и вот жду, что конкретно они могут возразить.
            +3
            Конкретно как биолог могу вам возразить, что научные исследования не делаются на пустом месте. Любое исследование должно опираться на предыдущие работы, для чего оные работы должны быть рассмотрены и приведены в качестве ссылок. Можно взглянуть на ваш литературный обзор и список литературы?

            Нельзя рассматривать один ген в качестве мерила, пусть даже очень консервативный. Нельзя делать столь далеко идущие выводы из сравнения одного гена.
              0
              Вы смеетесь? Вы как биолог должны знать, что сейчас именно так и поступают — только основываются на другом гене — рРНК.

              Но давайте пойдем от обратного — что означает полная идентичность одного гена у разных организмов, вы как биолог можете сказать?
                +2
                Вообще-то, хорошие деревья часто строят на нескольких белках/генах, а не на одном. 16S используют по той причине, что именно про эту молекулу показано, что она как раз хорошо отражает эволюционные соотношения (сравнение с fusion как раз).

                А объясняется это тем, что именно рРНК редко подвержены горизонтальному переносу. Про тРНК я таких данных не видел. Ну и проверять нужно в любом случае.

                P.S. Вопрос не мне адресован, но полная идентичность гена у далеких видов, вероятнее всего — горизонтальный перенос. Для близких — высокая степень консервативности (сильный отрицательный отбор по нему).
                  +2
                  > хорошие деревья часто строят на нескольких белках/генах, а не на одном

                  кто же спорит, в статье на этот счет не раз делались оговорки. Но дело в другом, что для адекватного описания нужны не филогенетически деревья. Как минимум можно говорить о половых деревьев с двумя родителями (для усреднения), а в общем случае граф.

                  > полная идентичность гена у далеких видов, вероятнее всего — горизонтальный перенос

                  А теперь подумаем, если столь важные гены как тРНК — передаются горизонтальным переносом, то адекватно ли родство описывать «наследованием при делении»? Конечно, нет.

                  Один раз имея горизонтальный перенос между далекими видами, у близких начинается консервативность при наследовании.

                  И если произошел горизонтальный перенос — то мы с уверенностью можем сказать, что к тому моменту уже были такие гены, которые могли передаться горизонтальным переносом.

                  И мы имеем вот, что если по рРНК из-за достаточно больших ошибок при выравнивании — мы лишь догадываемся произошло ли наследование от этого вида к этому или другому.

                  То при базировании на горизонтальном переносе мы имеем 100% факт передачи полностью идентичного гена, а следовательно и времен существования тех или иных видов.


                    0
                    Отсюда можно даже сделать смелую гипотезу:

                    «Влияние наследования существует только в рамках одного вида, в то время как видообразование происходит путем горизонтального переноса»
                      –1
                      Еще для полноты картины. У Дарвина видообразование происходит путем отбора мутаций. Но ниже я писал, что сравнивал последовательности рРНК также. Там картина такова, что между родами уже практически нет близости, а между классами — полностью отсутствуют т.н. переходные виды. И это большая проблема. Почему? Религиозники тут нам сразу говорят — вот видите именно Бог создал отдельно собаку, и отдельно кошку (виды то есть). И они достаточно правы — нету переходного вида кошасобаки (сильно утрирую, но чтобы было ясна аргументация сторон). И да их нет. Если между классами ну хоть какие-то сказочки можно сочинить. То посмотрите на разницу между археями и бактериями — совершенно разный генетический аппарат, и нет переходных видов.

                      Поэтому есть такое ощущение — что вид образуется в результате смены экологической ниши — вот тогда то и происходит усиленный горизонтальный перенос, и он совершенно не случаен, а имеет свои закономерности.

                      Причем не только горизонтальный перенос, перенос генетического материала скажем вирусами — тоже важный момент в видообразовании. И это как раз может хорошо объяснять отсутствие переходных видов.

                      Хотя там несколько сложнее. Подобие переходного вида в рамках семейства есть — но изменения в них, характеризуются многими мутационными вставками, и этот вид сильно отличается от набора других назовем их классическими представителями.

                      Правда это больше лирика — но именно гипотезы нас и направляют в поиске :)
                      +1
                      Вам нужно почитать статьи Кунина, там подробно этот вопрос разбирается. Если кратко, то вывод статьи таков: безусловно, горизонтальный перенос происходит чаще, чем принято думать, но не настолько часто, чтобы представление эволюции в виде бифуркирующего дерева было неверным.

                      И хочу обратить внимание, что это исследование делается не на основе одного гена.
                        0
                        Дайте или ссылки, или полные названия.

                        > представление эволюции в виде бифуркирующего дерева было неверным

                        скорее неточным :)
                          +1
                          www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2997564/
                          Ну и другие статьи автора (более свежие) почитайте.
                            0
                            Вывод:

                            хотя никакое единственное дерево не может полностью представлять развитие прокариотических геномов, полная картина развития обязательно объединит деревья и сети. Результаты существующего анализа показывают сложный пейзаж подобного дереву и решетчатого развития прокариотов. Сигналы от этих двух типов развития распределены очень неслучайным способом среди происхождений archaea и бактерий и среди функциональных классов генов. Конечно, это заключение ограничено структурой моделирования, используемой в них моделирование, и требует дальнейшего анализа.


                            находится в полном согласии с моим экспериментом.
                      0
                      Плюс к этому — я же сравнивал и последовательности рРНК достаточно большого числа видов (порядка 100-200 из разных классов) и по рРНК — не возможно ничего достоверно судить. Да близкие виды похоже, можно видеть, где произошли мутации. Но уже на уровне семейств практически не реально проследить какая мутация была первичной, а какая произошла позже.

                      Поэтому это более чем скользкий материал, и очень зависит от интерпретаций и очень плохих алгоритмов для выравнивания. А ведь никто уверен в ручную не сравнивает — а пользуется стандартными алгоритмами, в отличии от меня когда я сравнивал практически в ручную (программируя монотонную работу).

                      А здесь данные да — о горизонтальном переносе (хотя это лишь одна из интерпретаций — но наиболее правдоподобная), и они точны на 100%. И судить о родстве, и «эволюционном прогрессе» по этому можно точнее, хоть и сложнее.
                        +3
                        у tac есть особенность игнорировать исследования кроме его собственных

                        www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2863478/figure/f3/ — смотрим и видим, что vibrio и Shewanella родственны но не более и тем более не произошли от Colwellia. Горизонтальные перенос генов имеет место быть, но говорить о том, что целы организм произошел от друго на основании одного гена НЕЛЬЗЯ!
                          –1
                          Видите ли чем отличаются их результаты от моих: у них приближенная усредненная статистика у меня хоть по одному гену но 100% факт.

                          По моему глубокому убеждению статистика не может показать достоверные связи, она лишь показывает — «ну как то-так».

                          Что же касается, игнорировать исследования — то вообще-то нет. Я их просто специально не ищу. По двум причинам: первое — исследование должно быть воспроизводимо, практически по 90% статей это сделать невозможно (у меня же — это возможно, если кто-то захочет) — а без повторимости — не верю. Второе, акценты исследований отличаются, хоть конечно, всегда можно найти что-то близкое.

                          > но говорить о том, что целы организм произошел от друго на основании одного гена НЕЛЬЗЯ

                          Об этом никто не говорит, говорится о том, что есть эволюционная связь между этими организмами, причем прямая.
                            0
                            1. Статистика прекрасно показывает зависимости, не все, это факт. Но некоторые найденные учеными закономерности имеют прикладной характер.

                            2. О воспроизводимости — напишите авторам — они с удовольствием предоставят данные — более чем уверен.

                            3. Эволюционная связь между многими очень прямая. Я мало работал с генами, но могу сказать о белках — идентичность аминокислотной последовательности между некоторыми белками для млекопитающими может достигать 100%. Может ли это говорить о том, что мы произошли от мыши? НЕТ! но она наш родственник — это факт.

                            4. Ваше утверждение
                            Таким образом, мы должны говорить не о происхождении от одного предка, а о как минимум двух, а то и больше.
                            они логично, и нет… эволюция процесс очень не быстрый, рассматривайте это как дерево, были общие родственники = несем общие гены, НО понятия «многовидовое происхождение» нет, т.к. эволюция рассматривается как процесс, а не как единственная точка на карте, которую вы проповедуете.
                              +1
                              PS: у человека есть элементы геномов вируса, НО это не значит, что мы произошли от них, просто на каком-то этапе произошло встраивание. Посмотри на митохондрию — по одной из версии это вообще микроб, который прижился в человеке.
                                +1
                                Не в человеке — в обшем предке эукариот
                                  –1
                                  Это все как посмотреть. Геном человека — это самый древний геном, прошедший эволюцию больше чем кто либо. Поэтому конечно, мы имеем эволюционные связи с многими организмами — и с крысой и с вирусом.

                                  Вопрос — с эволюционной дальностью. По сути мы должны иметь не банальную картину человек произошел от обезьяны, а широкую — мы должны знать ответ от кого мы взяли (и адаптировали потом) КАЖДЫЙ ГЕН ПО ОТДЕЛЬНОСТИ. Имея так сказать нашу карту полного происхождения. Да, митохондрию — от сюда, тРНК — от сюда, этот белок от мыши и т.д. И не надо нам тут строить идилию филогенетики — это статистика, которая не показывает ни чего, кроме обобщения. А как известно обобщая мы мы теряем содержание.
                                  0
                                  > напишите авторам — они с удовольствием предоставят данные — более чем уверен

                                  Ой-ли… они с человеком с улицы даже разговаривать не будут :) — из NCBI мне даже не ответили, хотя в их базе вопиющие ошибки :), некоторые потом сами исправили, но множество так и осталось… что же говорить о корреспонденции с авторами… самомнение еще никто не отменял, к сожалению.
                                    +1
                                    Ну на молбиоле неласковые, согласен. Попробуйте на форуме www.biostars.org/ пообщаться — посмотрите на реакцию. Там люди общительные. Вообще это раздело филогенетики, думаю вы догадались.
                                      0
                                      Увы, на английском я не общаюсь :)… иначе писал бы статьи в Nature и не парился бы :)
                                      • UFO just landed and posted this here
                                          0
                                          никак :) они таких знать не знают
                                            0
                                            Хотя это чисто предположение.
                                              +1
                                              Имеет значение прежде всего научная ценность статьи, хотя некоторое количество политики всегда есть. В Nature — меньше чем в других журналах, однако задумываться о публикации так Вам, боюсь, несколько рановато
                                              • UFO just landed and posted this here
                                                  0
                                                  Nature не публикует алгоритмы, но статьи «with great potential impact and whose importance extends well beyond the confines of the specific discipline concerned»
                                                  PhD это не регалия, а минимальная гарантия что автор владеет научним методом и знает дисциплину.
                                                  Если статья будет генияльна редактор пошлет ее на рецензию невзирая на то, кто является автором
                                                  • UFO just landed and posted this here
                                                      +1
                                                      Почти все статьи, особенно основанные на экпеиментальных данных, пишутся сейчас в соавторстве. Такова организация научного процесса — слишком много людей вовлечены на разных его этапах, и все должны получить свою долю. Есть интересные публикации показывающие увеличение среднего числа соавторов на статью после войны.
                                                      Отраслевые журналы Nature Group могут публиковать разное, в том числе и описания алгоритмов
                                                        0
                                                        > пишутся сейчас в соавторстве. Такова организация научного процесса — слишком много людей вовлечены на разных его этапах, и все должны получить свою долю

                                                        Да, знаем мы это — и это массовая проблема — имеющие погоны просто не пропускают исследования, если не имеют возможности наложить свою лапу на это. Я не раз ссорился с редакторами только из-за этого.
                                  0
                                  Ах, да — не ищу потому что представляю текущую тенденцию, если хотите парадигму, таких исследований — а она мне глубоко… (не нравится мягко говоря)
                                  0
                                  Что касается, того что у них сравнение по 300 белкам… так не существует такого количества идентичных белков в том объеме которые они проводили (кстати объем у нас сходный). Поэтому они делают выравнивание, а это ОШИБКИ интерпретации. Поэтому у нас принципиальная разница — или верьте теории вероятности (у них) или формальной логике (у меня).
                            0
                            >только я пришел к этому самостоятельно и показал в цифрах, а не на лирике

                            Так и биологи это давно уже показали на цифрах. Это очень просто загуглить. Молекулярная систематика давным давно является серьезной и признанной наукой.
                              0
                              Где?
                                0
                                В гугле, право слово.
                            0
                            К сожалению, биологического сайта — русскоязычного не существует :) (так некое подобие лишь)
                              0
                              молбиол?
                                +1
                                глухо как в танке, да и люди злобные :)
                                  0
                                  ЛОГИЧНО! :)
                                    0
                                    Что же тут логичного, обидно за русскоязычных специалистов — только и всего.
                                      +3
                                      ваша логика мышления, иногда здравая, совершенно чужда им, т.к. вы говорите на другом языке и игнорируете много фактов.
                                        0
                                        вынужден с вами согласиться.
                                          0
                                          > игнорируете много фактов

                                          Да, я много не знаю, но в тех вопросах о которых я говорю — мне не нужно знать ничего больше. Вот в этом и проблема, я рассуждаю исключительно из вырожденной ситуации — ища объяснения из достаточных оснований, без привлечения излишнего. А «не ласковые биологи» пытаются меня учить отправлять читать вещи, которые совершенно излишни для того или иного. Почему? Думаю такова традиция «биологического воспитания». Да, я к ней не принадлежу, именно поэтому я мыслю несколько другими абстракциями — но вместо того, чтобы находить так сказать междисциплинарные связи — многие просто кичатся своими погонами — это увы мне уже не интересно.
                                            +1
                                            ну, в этом то и проблема — найдя один факт вы
                                            1. Делаете банальные выводы
                                            3. экстраполируете его на более высокий уровень на котором уже нельзя опираться только на 1 факт.

                                            PS: я в РНК не силен, в филогенетике тоже, и да, я не биолог, а химик.
                                              0
                                              Ну не согласен я с вами. Ничего банального ни там ни здесь не вижу. Экстраполяция? И тут не правы — не верно читаете тогда меня, впрочем под аудиторию я вынужден писать со спекуляциями или нет. Я в курсе, что их не любят в науке… но увы они важны, хотя многие там стесняются и банально сухи — это тоже не для меня ;)
                                                –3
                                                Впрочем я по сравнению с физиками отдыхаю — это же надо придумать такую бредовую спекуляцию, что вселенная произошла из точки при взрыве… — вот уж спекуляция так спекуляция, поэтому я по сравнению малыш на этом поле чудной науки…
                                                • UFO just landed and posted this here
                                                    –1
                                                    (аппладирую)
                                                      –1
                                                      это просто теория, как и теория эволюции, и ее просто преподают в школе. кто-то же должен с детства в них верить.
                                                        0
                                                        Не теория это другое

                                                        Теория — учение, система идей или принципов. Является совокупностью обобщенных положений, образующих науку или ее раздел. В теории каждое умозаключение выводится из других умозаключений на основе некоторых правил логического вывода. Теории формулируются, разрабатываются и проверяются в соответствии с научным методом.


                                                        В отличии от спекуляции

                                                        Спекуляция в философии — отвлечённое рассуждение, тип теоретического знания, которое выводится без обращения к опыту («спекулятивное суждение»)


                                                        Поэтому говоря «вселенная произошла из точки при взрыве» — это спекуляция.

                                                        А так как опыт тут не возможен, то в таких вещах, как происхождение Вселенной и происхождение жизни — только спекуляции и направляют ход исследований.
                                                          0
                                                          Это к вопросы — нужны ли спекуляции в статьях.
                                                            0
                                                            >Поэтому говоря «вселенная произошла из точки при взрыве» — это спекуляция.

                                                            Почему не постулат? Теория базируется на постулатах, от теории требуется вывод. Выводы вроде как имеются — например, касательно структуры реликтового излучения.
                                                              0
                                                              > постула́т — утверждение, принимаемое истинным без доказательств

                                                              слишком смешно, чтобы быть постулатом, аксиомой… за аксиому обычно принимают более естественные вещи, вида: «все что есть существует постоянно»
                                                                +1
                                                                Что же тут смешного? Предполагается, что пространство сжималось от текущего состояния назад (обратная экстраполяция), что дает возможность написать уравнения, решение которых дает, например, температуру реликтового излучения.

                                                                Причем, практически на «пальцах»
                                                                ufn.ru/ufn94/ufn94_8/Russian/r948f.pdf

                                                                Какое конкретное предсказание можно извлечь из «все что есть существует постоянно»?
                                                                  0
                                                                  > Какое конкретное предсказание можно извлечь из «все что есть существует постоянно»?

                                                                  Хотя бы то, что температура реликтового излучения есть и была всегда такой как сейчас — это температура взаимодействия вакуума :) Но давайте не про физику, а биологию :)
                                                                    0
                                                                    И это не предсказание — это интерпретация.
                                                                      0
                                                                      А про сказочника Гамова — не надо… по мне это самое великое заблуждение современности.
                                                          +1
                                                          >1. Делаете банальные выводы
                                                          >2. экстраполируете его на более высокий уровень на котором уже нельзя опираться только на 1 факт.

                                                          В точку.
                                                            0
                                                            бред
                                                              0
                                                              Причем замечательно то, что на вопрос в чем банальность — никто не отвечает :) Ха.
                                              0
                                              >а там только у виска покрутят

                                              Не покрутят, нормальная работа. Если добавить ссылок, то может на диплом наберется :)
                                                0
                                                Правда дискуссия с автором показывает, что дальше предзащиты дело бы не пошло :)
                                                  0
                                                  Чистой воды политика :)
                                              –3
                                              Дружище, твой пост кишит самоуверенностью одаренного студента. Пришел к айтишникам и грузишь ерундой в надежде дождаться биологов? Не обманывай себя и нас.
                                                0
                                                В чем же обман? ИТ-шники перестали интересоваться наукой и био-вычислениями? К разговору я готов, но с аргументами, иначе не серьезно.
                                                  0
                                                  Еще раз поясню свое мнение. Тут не специалисты в биологии. Не знают материала, не знают какие ученые и какая теория более авторитетны. Приходит некий tac. Кто он? Образование, заслуги, продвинутость в теме — неизвестны. И постит тему, заведомо незнакомую аудитории (ок, подавляющей части аудитории), типа с привлечением внимания к алгоритмической части. Но весь пост и комментарии довольно-таки насыщены самолюбованием. Желание выпендриться перед не способными на должном уровне возразить? Буэ. И минус в карму подтверждает же -)
                                                    0
                                                    > Кто он? Образование, заслуги, продвинутость в теме — неизвестны

                                                    А вот это большая проблема современного мира — оценивать надо по материалу, а не по человеку, который создал материал.
                                                      +1
                                                      Ок, повторю еще раз — материал непрофильный. Т.е. оценить можно лишь способ подачи, а не правильность и грамотность. Так что не лукавьте, эта проблема не имеет никакого отношения к данному посту. Те, кто рассказывает про спин-торсионные поля, тоже ведь могут быть вполне убедительными для не-профи, не так ли?
                                                        0
                                                        Ну, вы не правы. Вон оказалось ниже, читают серьезные люди — биологи. Да, они не согласны эмоционально, но погоны им не позволяют дискутировать аргументами. Поэтому то и есть эта проблема — и я ее наблюдаю уже лет пять… разных «погон» я видел много, но мало аргументов. А что касается, рассказов — я не боюсь если меня начинают сравнивать с фриком — это необходимый путь, когда указываешь на проблемы основ… но серьезные люди, думаю о согласовании фактов с действующей парадигмой.

                                                        Для биологов — я рассказываю нелепецы — но это факты, которые они не могут объяснить.

                                                        Что для не-профи? Им я хочу показать, что можно выкинуть кучу биологической лирики — и не предвзято без давления авторитетов показать кучу проблем и объяснить ряд вещей из других позиций, с которыми нужно считаться, а не заметать под ковер науки.
                                                          0
                                                          >>Для биологов — я рассказываю нелепецы — но это факты, которые они не могут объяснить.
                                                          Мда уж… Манипуляция фактами, скорее, нет?
                                                          Вы не эволюционируете в обсуждении этого поста. Опять (что ж ты будешь делать!) придется вернуться к моим же собственным словам: «Дружище, твой пост кишит самоуверенностью одаренного студента.»
                                                          vblago тебя вон там и приложил по делу.
                                                            0
                                                            > Манипуляция фактами, скорее, нет?

                                                            В чем?
                                                          0
                                                          Профильный материал или нет зависит от точки зрения. Изучение геномов ДНК — это уже давно не чисто биологическая задача. Мы говорим о биоинформатике скорее. Но тут можно говорить и о подходе биологической кибернетики. Т.е. геномы ДНК — это не только объект изучения биологов. Их можно изучать с позиций кибернетики — чем я и занимаюсь.

                                                          И тогда помощь программистов на порядок существеннее, чем биологов. Почему так? Да, потому что биологи отяжелены своими знаниями, которые более чем спорны — поэтому то они даже не могут начать дискутировать не в их парадигме (и это тут видно).

                                                          Увы, говорить по сути пока не получается.
                                                            +1
                                                            Получается. Когда с тобой начали говорить по сути — ты слился и стал оперировать чуть не петриковскими формулировками: «Для биологов — я рассказываю нелепецы — но это факты, которые они не могут объяснить», «Да, и особого желания нет — когда вижу проблемы в теории, практика становится мало интересной.»
                                                            Изучение ДНК с позиций кибернетики — здорово. Но не упрямо выдвигая свою теорию чуть не безапелляционным тоном, отвергая критику тех, кто в теме. Ты делаешь громкие выводы, видимо, без достаточной теоретической базы. Именно поэтому интересно твое образование, возраст и т.п.
                                                              0
                                                              На ты мы не переходили!
                                                                0
                                                                Я же в первом комментарии сразу на «ты» начал. Спохватился…
                                                                И давай по теме. А то, смотрю, минусы у тебя кончились, да?
                                                                  0
                                                                  минусов у меня много, и к вам еще не применял. Хотя могу :)
                                                                    0
                                                                    Да хоть обминусуйся.
                                                                    «аргументы против написанного в статье были более чем не слабыми»
                                                                    Согласен. И не считай переходом на личности отказ воспринимать тебя серьезно, пожалуйста. Произошло ведь именно это.
                                                                    0
                                                                    Минус будет, за каждое тыканье
                                                                      0
                                                                      Вперед, ты лишь подтверждаешь мое мнение о тебе.
                                                                        0
                                                                        Увы, с не культурным человеком, который даже после намеков не понимает свое бескультурье — диалог я закончил.
                                                                          0
                                                                          Поразительная упертость и нежелание воспринимать жесткую критику. Напоследок совет: если в рамках увлечения кибернетикой выходишь за границы моделирования и начинаешь внаглую лезть в теорию эволюции — не кичься тем, что нашел изъян в той теории, о которой знаешь лишь благодаря своему хобби. Это, как минимум, невежливо и самонадеянно.
                                                                            0
                                                                            Жесткой критики — тут не было, были лишь не культурные переходы на личности.
                                                                              0
                                                                              Нну да. Я сказал, что ты самоуверенный студент. Даже одаренный (похвала ведь). Упрямством и высоким мнением о себе пронизаны все твои посты и комментарии. Если уж у тебя на самом деле такая своеобразная личность — зачем обижаться? Понимаешь, все твое поведение говорит о самолюбии и отсутствии твердых знаний в этой области. Сначала я даже подумал, что ты какой-то тролль — но ты явно не прикидываешься.
                                                                                +1
                                                                                Держите свои несерьезные мнения при себе. На глупости я действительно не обижаюсь, самоуверенности у меня столько же сколько у любого, но вот заносчивости поменьше, да и культуры по больше :)

                                                                                Увы, действительно не выношу аргументы ad hominem, и не уважаю таких людей.
                                                                                  0
                                                                                  Я не биолог, поэтому не могу спорить с тобой аргументированно.
                                                                                  Но я не раз видел дилетантов, по поведению и стилю изложения похожих на тебя.
                                                                                  Допустим, я ошибся в своем первом мнении. Но ведь ниже с тобой аргументированно дискутируют люди, имеющие отношение к теме. И эффект абсолютно подтверждает случай самодовольного любителя в споре с профессионалом.
                                                                                  Ты кибернетик же, свяжи логически два эти факта.
                                                                                    0
                                                                                    Ох, дорогой, действительно трудно отличить человека в чем то разбирающегося от человека который просто гонит. Они на словах все похожи. Но это проблема не человека, которого пытаются оценить по так сказать внешним признакам дискуссии.

                                                                                    Да, ниже дискутируют люди, имеющие отношение к теме. Некоторые их аргументы важны. Например, очень хорош комментарий от Davidov, со ссылкой на статью — там действительно люди делают, то что я пытался более профессионально. У меня несколько проще и понятнее — и думаю это тоже нужно.

                                                                                    Но реакция двух специалистов gleb_kudr и vblago — это просто холивар, они не разбираются и не хотят разбираться в том, о чем мои статьи. Да, они разбираются в другом, но в этом у них опыта нет. Их это нервирует, и они переходят на личности. Увы, аргументов там мало, есть некоторые интересные моменты — но они как-то все не в тему.

                                                                                    А проверить меня можно проще чем любого специалиста — повторить мои результаты легче легкого — но никто же не хочет говорить по сути, а только пытаются словесно мериться… увы я это все проходил — и когда-то это меня напрягало… потом понял, что так ведут себя не серьезные люди, которые случайно оказались с какими то погонами.
                                                                                      0
                                                                                      Судя по всему, происходящее больше всего нервирует тебя, нет?
                                                                                        0
                                                                                        Нисколько :)
                                                                                          0
                                                                                          Просто хотелось поговорить серьезнее…
                                                                                            0
                                                                                            Ну, вот вместо того, чтобы тут троллить прочтите статью Геномы секвенированных организмов — ошибки в базах, и убедитесь сами… там разжевано для любого несведущего.
                                                                                              0
                                                                                              Вот что за манеры при истощении аргументов видеть в собеседнике тролля? Статью прочитаю, спасибо.
                                                                                                0
                                                                                                Товарищ, ну это уже просто феерия. Ты, действительно, банальный нарцисс. Без всяких шуток — рекомендуюу проконсультироваться у психолога. Я чуть со стула не упал, когда увидел, что это опять-таки твоя статья с точно таким же уровнем всего перечисленного мною выше.
                                                                      0
                                                                      Как оказывается, такое направление в биологии уже есть — сетчатое видообразование, а я лишь проверил своим путем состоятельность этого направления. Ок, раз оно есть тем лучше — мы исследования идут в его рамках. Но удивительно другое — пока об этом не говорили, а многие не знали, аргументы против написанного в статье были более чем не слабыми и переходили на личности — а это дурной тон.
                                                                        0
                                                                        более чем не слабыми -> более чем слабыми :)
                                                          +4
                                                          Сразу возникло несколько вопросов:
                                                          А можно посмотреть источник, на который вы опираетесь, говоря что tRNA обладают большей консервативностью?
                                                          Как вы исключили влияние таких явлений как трансформация/трансдукция/коньюгация у прокариот и которые вполне могут объяснить «многовидовое» происхождение?

                                                          Да и, если честно, не дает покоя вот эта ваша фраза:
                                                          «Если бактерия имеет две хромосомы, то кажется очевидным, что она эволюционно более молода, чем имеющая одну...» (с)
                                                            0
                                                            > А можно посмотреть источник, на который вы опираетесь, говоря что tRNA обладают большей консервативностью?

                                                            Источник — об этом сказано в статье, секвенированные геномы из базы NCBI. А дальше руки+программа+поиск :) Это точнее, чем любое утверждение в книге.

                                                            > Как вы исключили влияние таких явлений как трансформация/трансдукция/коньюгация у прокариот и которые вполне могут объяснить «многовидовое» происхождение?

                                                            А я не исключил. Я наоборот показал к чему именно эти явления приводят. Они и приводят к «многовидовому» происхождению. Зачем, что то исключать — надо просто адекватно описывать.

                                                              0
                                                              Что, касается, этого

                                                              «Если бактерия имеет две хромосомы, то кажется очевидным, что она эволюционно более молода, чем имеющая одну...»

                                                              то в статье написано «если исходить из гипотезы, что биологический мир развивался от простого к сложному». Не стоит вырывать из контекста.

                                                              Да я в курсе, что это не всегда так. Но лучше исходить из правила, а не из исключений.
                                                                +1
                                                                Это не исключение. В процессе эволюции что-то исчезает, что-то появляется. Когда-то у предков человека был хвост, а теперь у людей хвоста нет. Или китообразые, у которых атрофировались задние конечности.

                                                                У эволюции нет направления. Говорить, что эволюция идёт от простого к сложному всё равно, что утверждать, что качественный рефакторинг подавляющем числе случаев увеличивает объём кода.
                                                              0
                                                              По моему это потрясающе интересная тема. Я конечно не биолог и не могу сходу уличить автора в отступлении от каких-то канонов, но по моему тут есть пища для размышлений для программистов и не только, за что автору спасибо.
                                                                0
                                                                И вам спасибо за интерес.
                                                                +4
                                                                Редактор во мне взыграл:

                                                                >Эволюционная систематика пытается определить родство…
                                                                Филогенетическая систематика (то что называется «эволюционная систематика» по-русски представляет собой традиционный интуитивный метод, как правило, без четких алгоритмов)
                                                                >их близость различных организмов…
                                                                Исправьте, фраза не имеет смысла
                                                                >Но ДНК в организме занимает большие объемы…
                                                                Очень маленькие объемы на самом деле, Вы вероятно имели в виду большое число нуклеотидов в каждой молекуле
                                                                >сравнить по ней схожесть организмов сильно затруднительно
                                                                Вы именно этим и занимаетесь
                                                                >Поэтому биологи начали основываться на рибосомной рибонуклеиновой кислоте (рРНК)…
                                                                Не поэтому. Это всего лишь один из маркеров, или участков генома, пригодных для этого конкретного анализа.
                                                                >первичная структура в целом характеризуется высокой консервативность…
                                                                А вот как раз именно по этому. Забыли добавить что первичная структура — это последовательность нуклеотидов
                                                                >Считается, что особенностью рРНК является нахождение вне сферы действия отбора, поэтому данные молекулы эволюционируют в результате спонтанных мутаций, происходящих с постоянной скоростью, и накопление таких мутаций зависит только от времени. Таким образом, мерой эволюционного расстояния между организмами служит количество нуклеотидных замен в молекулах сравниваемых рРНК…
                                                                Даже когда какие-то участки генома подвергаются действию отбора мы можем определить эволюционное расстояние между последовательностями.
                                                                >Систематика основывается на расчете коэффициентов сходства сравниваемых организмов…
                                                                Классификация (систематика — наука) основывается на теории, которая является результатом анализа дерева (мы предполагаем что это дерево является схематическим представлением эволюционного процесса. Дерево может быть получено как через анализ коэффициентов сходства (UPGMA и neighbour joining, например) так и через другие алгоритмы (maximum parsimony, maximum likelihood, bayesian analysis etc.)
                                                                >и которые абсолютно идентичны в разных организмах…
                                                                То что вы анализируете синонимичные кодоны не отменяет факта что последовательности могут быть различными
                                                                >Результаты
                                                                И где дерево? Если его нет, все это очень забавно, но к филогенетической систематике не имеет никакого отношения
                                                                >биологический мир развивался от простого к сложному…
                                                                Неправда
                                                                >Если бактерия имеет две хромосомы, то кажется очевидным, что она эволюционно более молода, чем имеющая одну…
                                                                Данная формулировка — просто спекулятивные утверждения. Вполне может оказаться правдой, но доказательства — в студию

                                                                >В итоге, я пришел к выводу, что необходимо при сравнении геномных последовательностей сравнивать такие участки, которые вообще не подвергались мутациям, и которые абсолютно идентичны в разных организмах
                                                                Это очень сильное утверждение, которое без обстоятельного литературного обзора производит смешное впечатление

                                                                А вообще-то очень интересно. Поправьте язык, добавьте обзор литературы, опишите методы и результаты, уберите спекуляции из обсуждений и, может быть, что-нибудь и получится.
                                                                  0
                                                                  у меня терпения бы не хватило :)
                                                                    0
                                                                    сегодня почти выходной — только две статьи авторам отправил :)
                                                                    0
                                                                    А не могли бы вы рассказать имеете ли вы отношение к биологической прессе как редактор или нет?

                                                                    > Поправьте язык, добавьте обзор литературы, опишите методы и результаты, уберите спекуляции из обсуждений и, может быть, что-нибудь и получится.

                                                                    если бы цель была написать научную статью — обязательно, а так это просто легки науч-поп :)

                                                                    за редактуру спасибо, посмотрю.

                                                                    Хотя замечу

                                                                    > Очень маленькие объемы на самом деле

                                                                    чисто редакторская придирка, узнаю :) Это все как считать мегабайты это много или мало?
                                                                      +1
                                                                      Я редактор в двух крупнейших зоологических журналах — найти эту информацию не составляет труда. Поверте, я и относился к Вашему тексту как к популярному. Главное тут — не вводить неискушенных читателей в заблуждение недоговорками. Иначе претензий было бы намного больше.
                                                                        0
                                                                        В таком случае, я с вами не соглашусь — в науч-попе — спекуляции это основа статьи, иначе они не имеют смысла.
                                                                          0
                                                                          С остальным соглашусь :)
                                                                        0
                                                                        > Это очень сильное утверждение, которое без обстоятельного литературного обзора производит смешное впечатление

                                                                        И чем же? И интересно, что тут нужно подтверждать литературой?
                                                                          0
                                                                          > И где дерево? Если его нет, все это очень забавно, но к филогенетической систематике не имеет никакого отношения

                                                                          А его и не будет. Дан граф — рисунок. Это имеет отношение к систематике, но не к филогенетической, т.к. показывается как раз то, что нельзя рисовать деревья и что-то утверждать — это статистическая фикция. В отличии от графа данного в статье, где показаны реальные связи без интерпретаций.
                                                                            0
                                                                            >и которые абсолютно идентичны в разных организмах…
                                                                            >> То что вы анализируете синонимичные кодоны не отменяет факта что последовательности могут быть различными

                                                                            Этого я не понял. Конечно, последовательности могут быть различны — и в этом нет никакой удивительности, но наличие именно идентичных последовательностей в разный организмах говорит о многом.
                                                                              0
                                                                              >биологический мир развивался от простого к сложному…
                                                                              >> Неправда

                                                                              Да, не ужели? И какой смысл вы вкладываете в эту не правду. Вначале появился человек затем бактерия, или все же вначале РНК, потом бактерия, потом эукариота? Можно, конечно, говорить, что вначале мир развивался от простого к сложному, а затем могли быть частичный эволюционный регресс… но это тогда будет тема совершенно другой истории.
                                                                                0
                                                                                >и которые абсолютно идентичны в разных организмах…
                                                                                >> То что вы анализируете синонимичные кодоны не отменяет факта что последовательности могут быть различными

                                                                                Или вот что. Такие факты мне не интересны — они банальны и массовы, о них речь не идет в статье.
                                                                                  0
                                                                                  > Даже когда какие-то участки генома подвергаются действию отбора мы можем определить эволюционное расстояние между последовательностями.

                                                                                  И вы считаете, что это " эволюционное расстояние между последовательностями" о чем то вам говорит? (упрощая) Если произошла замена 2 нуклеотидов в начале последовательности P1 и 2 нуклеотида в конце последовательности P2 — то, что последовательности P1 и P2 будут чем то близки? Ведь нет.

                                                                                  Наверняка вы скажите, что есть разные способы «померить» эволюционное расстояние — ну не сочтите за труд — укажите хоть один способ самый правильный по вашему — и я покажу вам почему это ни о чем не говорит.
                                                                                    0
                                                                                    (в предположении, что P1 и P2 были до замен идентичны)
                                                                                      +1
                                                                                      Вы поняли что написали? Две последовательности были идентичны, в них произошли замещения, и Вы утверждаете что полученные последовательности не близки? Это какая-то навая парадигма, не имеющая ничего общего с эволюционной теорией, Вам следует расписать ее подробнее
                                                                                        0
                                                                                        Хорошо, не понял так не поняли. Скажите другое — нужно ли для расчета эволюционного расстояния делать выравнивание последовательностей?
                                                                                          0
                                                                                          > Две последовательности были идентичны, в них произошли замещения, и Вы утверждаете что полученные последовательности не близки?

                                                                                          У этих последовательностей совершенно разное направление, они также близки как брат и сестра, учитывая что возраст между братом и сестрой может быть миллионы лет — что же тут близкого?

                                                                                          При этом мы даже не знаем, кто появился быстрее P1 или P2 — мы никак не можем судить о возрасте
                                                                                            +1
                                                                                            Вы путаете эволюционное расстояние со временем существования таксона
                                                                                              0
                                                                                              Я не путаю, я говорю что о времени появления таксона нельзя судить по эволюционному расстоянию, основываясь на число мутаций.
                                                                                                0
                                                                                                А дальше еще хуже, если мы дальше на основании мутаций начинаем считать эволюционное расстояние (не учитывая не известное нам время появления таксона) — то мы делаем очень часто ошибки — внуки появились от P1 или P2? И ошибки вида внук P3 появился от P1 — очень часты, т.к. P1 еще вообще мог не существовать, и поэтому появился от P2
                                                                                                  0
                                                                                                  В таком случае нельзя судить ни о чем если нельзя пощупать это руками. Естественно, все зависит от теоретической модели которая используется. Вы когда-нибудь пробовали такой простой поиск:
                                                                                                  www.google.co.uk/search?q=divergence+time+estimation
                                                                                                    0
                                                                                                    Нет не пробовал. Да, и особого желания нет — когда вижу проблемы в теории, практика становится мало интересной.

                                                                                                    В этом как раз и проблема, сдается мне что чем сложнее теоретическая модель — если там есть формулы скажем — то это уже становится не интересно.
                                                                                                      +1
                                                                                                      >Да, и особого желания нет
                                                                                                      Боюсь тогда это случай клинический — такое может сказать только изобретатель вечного двигателя.

                                                                                                      Из всего что Вы написали складывается впечатление что Вы не очень твердо усвоили теорию, и видите проблемы потому что не понимаете ее, а не потому что они рефльно существуют (я не говорю что их нет). Наука — не школьный дебатный клуб, и не ЖЖ, где кто громче орет тот и прав. Чтобы выиграть в научном споре вы должны объяснить позицию оппонента лучше его самого. А если не хотите читать то что Вам не нравится — не поймете ничего и никогда
                                                                                                        0
                                                                                                        Боюсь вы не ответили не на один аргумент, а лишь перешли на личности… увы это не интересно.
                                                                                                          0
                                                                                                          И да, ваша риторика мне знакома — если Вы пытаетесь загнать оппонента на знакомую вам территорию, но не можете признать, что в принципе туда не нужно идти. Ошибки не в деталях, а в основах.
                                                                                                            0
                                                                                                            И еще раз. Задача научно популярной, в частности данной статьи, состоит не в доказательстве какого либо факта (это задача научной статьи), а в постановке вопроса и демонстрации проблем текущей парадигмы. Если автор чего-то не знает и заблуждается, задача настоящего ученного написать научную статью объясняющею показанные факты в научно-популярной статье.

                                                                                                            Я не буду в этом месте писать научные статьи — это задача биологов, и это их проблема, что они не могут объяснить убедительно факты и убедительность их теоретических моделей (которые есть не более чем спекуляции). Мы исследования направленны на то, чтобы продемонстрировать лишь факты, которые не ложатся в удобное русло «ваших» теорий. Можно, конечно, закрыть на это глаза — вы это и пытаетесь делать. Можно оппонента попытаться развернуть учить белеберду — тоже мимо. Но можно отвечать аргументированно и прямо здесь. Я уверен, что разговаривая со специалистами — они легко могут объяснить простые вещи, а если не могу, то не переходят на личности, а пытаются найти зерно мысли чтобы посмотреть в чем они могут сами заблуждаться.
                                                                                                              0
                                                                                                              Задача научной-популярных статей — объяснение научно доказанных теорий популярным языком, а отнюдь не оригинальные исследования. Исследования же должны проводиться в строгом соответствии с научными критериями (а они, поверьте, отнюдь не в том, что «всё написанное признанными авторами — истина в последней инстанции»). Если же пытаются проводить исследования и что-то доказывать в бытовых, популярных терминах — как правило это приводит к неправильным выводам и, при упёртости автора и нежелании или неумении изучать основы, к лженауке.
                                                                                                                0
                                                                                                                > Задача научной-популярных статей — объяснение научно доказанных теорий популярным языком

                                                                                                                Не только. Существуют разные задачи — С.Лем писал свою «Сумму технологий» как описание вопросов, которые еще не решены в науке, Гильберт составлял свой список проблем и т.д. — все это науч поп.

                                                                                                                > Если же пытаются проводить исследования и что-то доказывать в бытовых, популярных терминах

                                                                                                                Если это намек на мое исследование… то мимо. Тут лишь показано как элементарно можно показать ряд 100% фактов, которые нужно объяснить… и тут уже давали ссылки, где оказывается в этом направлении думают не только я…
                                                                                                              0
                                                                                                              > выиграть в научном споре вы должны объяснить позицию оппонента лучше его самого

                                                                                                              Я не играю в эти игры в биологической тематике, я по образованию программист, а по науке специалист в искусственном интеллекте. Причем разочаровавшийся в этой науке.

                                                                                                              Моя задача много скромнее — показать несколько фактов, объяснять я предоставлю биологам. Поэтому чтобы говорить о позиции оппонента — она для начала должна быть. Вашей позиции я не нахожу. Напишите свою статью на хабре — объясняя мои данные лучше меня самого? А до этого не стоит кидаться словами о клинике — это не солидно для взрослого солидного человека.
                                                                                                            0
                                                                                                            Кстати, чем и отличается моя модель — нет никаких теоретических сложностей, просто и точно.
                                                                                                              0
                                                                                                              Ну там же снова проблема «выравнивания нуклеотидных последовательностей» — а это делается из рук вон плохо, на этом основываться аналогично гаданию на кофейной гуще.

                                                                                                              Выравнивание нуклеотидных последовательностей нельзя делать не принимая во внимание наличие водородных связей (а лучше вообще учитывая третичную структуру) — и я не знаю аналогов таких алгоритмов.
                                                                                                            0
                                                                                                            И да, если знать лишь некое эволюционное расстояние на основании мутаций — оно бесполезное знание. Нужное знание — это время появления таксона. Только так можно говорить о последовательности происхождения.
                                                                                                    0
                                                                                                    > опишите методы и результаты

                                                                                                    см. Геномы секвенированных организмов — ошибки в базах, оно же метод данного исследования

                                                                                                    результаты описаны в этой статье
                                                                                                    +1
                                                                                                    Вообще таким образом сравнивают виды довольно давно, только берут разные белки или РНК. Вот, например, тут про цитохром (с подзаголовка «А мы точно уверены?»), а тут — про гемоглобин. Тоже можно красивые графы построить :-)
                                                                                                      0
                                                                                                      не могу комментировать биологическую составляющую, так как очень хочется туда влезть, но постоянные отговорки типа времени нет…

                                                                                                      но по поводу анализа:
                                                                                                      1. я бы для всех вариантов гена ( как зовутся аллели, если ген в разных локусах? ) сделал бы граф родственных связей. растояние в мутациях ( конкретных цифр может быть и несколько ) и уже в этом пространстве размещал конкретные виды. причем понятно что связь может быть между аллелями, а может быть и между разными локусами и вообще стоит сделать полный граф и уже его рассматривать, выкидывая связи с очень большим расстоянием.

                                                                                                      2. Поскольку расстояние между видами для разных белков должно быть хотя бы одного порядка, то разместив виды в пространстве мутаций разных белков можно перетрясать графы для генов и таким образом «нормализировать» пространство мутаций и для белков и для видов и уже говорить о некоторой взаимной обоснованности расстояний. Исходя из полученного графа можно думать про эволюцию и классификацию

                                                                                                      Только такой вопрос — какая разница как формально классифицируются организмы? По мне что один адрес, что другой, главное что бы он был, был уникальным и единым для всего сообщества.
                                                                                                        +1
                                                                                                        >Только такой вопрос — какая разница как формально классифицируются организмы? По мне что один адрес, что другой, главное что бы он был, был уникальным и единым для всего сообщества.

                                                                                                        А вот это как раз отличный вопрос! Классификация нужна для навигации, по большому счету — чтобы указывать на ту или иную группу организмов без необходимости перечислять всех ее членов. Иерархическая классификация сочетает удобство для человеческого восприятия с (в случае если она основана на филогении) предсказательностью. Если бы все можно было бы сделать только с помощью компьютеров, таксоны было бы удобно называть как-нибудь так: D95A5DF3-9A27-474D-A504-AE90BD99F388. Однако для человека Parisognoriste запоминается легче.
                                                                                                          0
                                                                                                          > растояние в мутациях

                                                                                                          Ну в том то и дело, что в статье построен граф, на основе идентичных генов. А если исходить из мутаций — будет лишь вероятностное приближение — далеко не точное и спорное.
                                                                                                            0
                                                                                                            А есть ли направленность мутаций?
                                                                                                            не может быть такого что ген мутировав в другой не вернулся обратно у потомка?
                                                                                                              0
                                                                                                              Направленность мутаций есть. Доказывать не буду — подавляющая часть биологов не согласна. И это отдельная большая тема.

                                                                                                              > не может быть такого что ген мутировав в другой не вернулся обратно у потомка?

                                                                                                              Может, но вероятность на порядки меньшая — зависит от величины мутаций и длины последовательности.
                                                                                                          0
                                                                                                          сдалась вам эта эволюция, лучше б лекарство от рака искали
                                                                                                            0
                                                                                                            сдались вам эти алгоритмы, лучше бы AI построили
                                                                                                              0
                                                                                                              изучение теории эволюции и ее воплощение — разные вещи. ваш КО
                                                                                                            0
                                                                                                            >Если бактерия имеет две хромосомы, то кажется очевидным, что она эволюционно более молода, чем имеющая одну.
                                                                                                            А не бывает обратного эффекта упрощения — была с двумя хромосомами, а потом дегенерация до одной?
                                                                                                              0
                                                                                                              Ну выше уже говорилось, что это основная спекуляция в статье. Исходит из гипотезы, что мир развивается от простого к сложному. Да, может быть наоборот, но значительно реже. Поэтому по умолчанию, при всех равных стоит думаю все-таки считать процесс прогрессивным, а не дегенеративным.
                                                                                                                +1
                                                                                                                Конечно бывает. Правда у бактерий нет хромосом, но это частности. В генетическом аппарате вообще очень часто происходят спонтанные потери «лишних» частей. Так, культуры клеток бактерий с плазмидой имеют большие шансы эту самую плазмиду (доп молекула ДНК) просто «потерять» за несколько десятков поколений.
                                                                                                                  0
                                                                                                                  У бактерий есть хромосомы :) напр, Vibrio
                                                                                                                    0
                                                                                                                    Хромосо́мы (др.-греч. χρῶμα — цвет и σῶμα — тело) — нуклеопротеидные структуры в ядре эукариотической клетки (клетки, содержащей ядро).

                                                                                                                    ru.wikipedia.org/wiki/%D5%F0%EE%EC%EE%F1%EE%EC%E0

                                                                                                                    Хромосома — это цитологическое определение, структура, видимая в оптический микроскоп. У бактерий нет гистонов и ДНК не компактизована настолько, чтобы быть видимой в виде хромосомы.
                                                                                                                      0
                                                                                                                      оставьте ваши устаревшие определения, и посмотрите на реальность

                                                                                                                      NC_015633.1| Vibrio anguillarum 775 chromosome I, complete sequence
                                                                                                                      NC_015637.1| Vibrio anguillarum 775 chromosome II, complete sequence

                                                                                                                        0
                                                                                                                        Я могу назвать отсеквенированный участок как моя левая пятка пожелает, от этого определения не изменятся.
                                                                                                                          0
                                                                                                                          Это вы объясняйте тем кто закачивает данные в NCBI, но очевидно, что если в бактерии существуют две нити сравнимой длины — это будет двумя хромосомами
                                                                                                                            0
                                                                                                                            А за определения возьмите что нибудь посерьезнее Википедии
                                                                                                                              +1
                                                                                                                              Ну возьмите любой учебник генетики. Я за вас не буду его искать. Нравится делать фактические ошибки — не жалуйтесь, что вас травят злобные биологи :)
                                                                                                                          0
                                                                                                                          Чем прокариотическая клетка провинилась, если у неё такие же нуклеотидные образования :) Вот хохма…
                                                                                                                            0
                                                                                                                            Хохма в том, что вы что-то пишите, но даже не пытаетесь в этом разобраться. Генетический аппарат прокариот и эукариот отличается очень сильно и не учитывать это в своих изысканиях попросту глупо.
                                                                                                                              0
                                                                                                                              Что значит я не учитываю? Все учтено.
                                                                                                                            0
                                                                                                                            Ну, и что ж вы скромно не доцитировали :)

                                                                                                                            Исходно термин был предложен для обозначения структур, выявляемых в эукариотических клетках, но в последние десятилетия всё чаще говорят о бактериальных хромосомах.


                                                                                                                            вот она риторика — закрываем глаза, на новые факты.
                                                                                                                          0
                                                                                                                          То, что вы сказали справедливо для плазмид, но не для хромосом
                                                                                                                            0
                                                                                                                            С хромосомами все еще хуже. Вот вам для затравки www.biomedcentral.com/1471-2148/11/109/
                                                                                                                              0
                                                                                                                              И это, бактериальные плазмиды от основной молекулы ДНК, т.е. «хромосомы» отличаются только размером. Т.е. по сути — ничем.
                                                                                                                                0
                                                                                                                                Это хромосомы не в кавычках — основную молекулу ДНК в бактерии — тоже называть плазмидой? Если у бактерии две основных молекулы сравнимой длины — это что?
                                                                                                                                  0
                                                                                                                                  Да пофиг что, это же неважно в самом деле.
                                                                                                                                    0
                                                                                                                                    Тогда, и не надо утверждать, что хромосом у бактерий нет — они есть.
                                                                                                                                  0
                                                                                                                                  Плазмиды отличаются тем, что убери их из организма, и он ничем не пострадает, а удали хромосому — он загнется.

                                                                                                                                  И если биологи делают идиотские определения — то следовать им не следует. Это устаревшие знания не более того.
                                                                                                                                    0
                                                                                                                                    >Плазмиды отличаются тем, что убери их из организма, и он ничем не пострадает, а удали хромосому — он загнется.

                                                                                                                                    Есть куча плазмид, несущих жизненно важные гены. Убери их — все загнется.

                                                                                                                                    Если вам не нравятся определения биологов, то вы не должны делать выводов, основанных на идиотских определениях.
                                                                                                                                    Если бактерия имеет две хромосомы, то кажется очевидным, что она эволюционно более молода, чем имеющая одну.
                                                                                                                                      0
                                                                                                                                      > Есть куча плазмид, несущих жизненно важные гены. Убери их — все загнется.

                                                                                                                                      Нет, в плазмидах, как правило только дубликаты, несущественные для жизни, именно поэтому это плазмиды. Именно поэтому обмен генетическим материалом происходит с их помощью.

                                                                                                                                      > Если бактерия имеет две хромосомы, то кажется очевидным, что она эволюционно более молода, чем имеющая одну

                                                                                                                                      Очевидно, что чтобы бактерия начала состоять из двух хромосом — нужно, чтобы она усложнилась на основании однохромосомных бактерий. Не может вначале появится нечто более сложное, все появляется от простого.

                                                                                                                                        0
                                                                                                                                        >Нет, в плазмидах, как правило только дубликаты, несущественные для жизни, именно поэтому это плазмиды

                                                                                                                                        Да не так это и все. Нет, ну вот чтобы согласиться, нет, надо спорить, что-то доказывать. Да, корочки именно для этого и нужны, чтобы профессор не доказывал школьнику, что земля круглая.
                                                                                                                                          +1
                                                                                                                                          >Очевидно, что чтобы бактерия начала состоять из двух хромосом — нужно, чтобы она усложнилась на основании однохромосомных бактерий.

                                                                                                                                          Нет, не очевидно. Хромосомы теряются и дробятся довольно часто и ни с общим количеством генов ни с их функционированием данный процесс не связан.
                                                                                                                                            0
                                                                                                                                            т.е. вы считаете, что организм с двумя хромосомами мог произойти раньше возникновения организма с одной хромосомой? А человек мог произойти раньше бактерии?
                                                                                                                                              0
                                                                                                                                              >т.е. вы считаете, что организм с двумя хромосомами мог произойти раньше возникновения организма с одной хромосомой?

                                                                                                                                              Разумеется. Редукция набора хромосом — распространенное явление.
                                                                                                                                                0
                                                                                                                                                В таком случае — у нас вообще нет достоверного критерия направления эволюции.
                                                                                                                                                  0
                                                                                                                                                  Потрясающе! Момент истины! Телеология как механихм эволюции отвергнута в 18 веке и практикуется только протестанткими проповедниками со Срежнего Запада.

                                                                                                                                                  I had enough, it's Friday night, I'm off to a pub

                                                                                                                                                  Чего и Вам советую :)
                                                                                                                                                    –1
                                                                                                                                                    Это вы скажите, своему коллеге (видимо тоже биологу) в ответ на это. Я же это сказал скорее для провокации :)
                                                                                                                                                      0
                                                                                                                                                      Я Вам хотел порекомендовать повторить университетский курс, но теперь вижу что начинать надо пораньше. Возьмите школьные учебники биологии и почитайте — обнаружите для себя очень много нового и интересного.

                                                                                                                                                      >Я уверен, что разговаривая со специалистами — они легко могут объяснить простые вещи…
                                                                                                                                                      Вам и объясняют простейшие вещи, новы Вы ведь не слушаете: «мне не интересно», «уберите ваши устаревшие определения», «бред который вы говорите я даже обсуждать не буду» и т.п.

                                                                                                                                                      >Напишите свою статью на хабре…
                                                                                                                                                      Я пишу только о том, о чем знаю. Если Вам интересно — все мои работы в открытом доступе. О чем бы Вам хотелось узнать?

                                                                                                                                                      >см. Геномы секвенированных организмов — ошибки в базах, оно же метод данного исследования…
                                                                                                                                                      Вам в общем-то уже все объяснили. Все (кроме Вас, видимо) прекрасно знают о недостатках последовательностей опубликованных в GenBank. То, что Вы не понимаете как работет репозиторий и почему там должны храниться результаты экспериментов, пусть даже и не совсем правильные — Ваша проблема. Ваши «улучшения» никому не нужны. И, кстати, это не методика. Ваша методика, насколько можно заключить пока, состоит в принятии интуитивных утверждений о схожести тех или иных последовательностей за факты.

                                                                                                                                                      Обнаружить тривиальные вещи (ах, в GenBank не все последовательность одинаковые! у-у-у! в геноме бактерий есть несколько копий тРНК!) и раструбить об этом на всю Ивановскую как о гениальном открытии — ну и что? Это говорит только о недостатках Вашего образования.

                                                                                                                                                      Вы производите впечатление неглупого человека, и, вполне возможно, являетесь неплохим програмистом. Но если Вы пишете код так же как проводите свои «исследования» у Вас будут большие проблемы.
                                                                                                                                                        0
                                                                                                                                                        Ну, о чем можно тут говорить :) Меня удивляет только то, что зная якобы про ошибки в NCBI — люди его используют, делая ошибки в исследованиях — и даже не считают нужным исправлять. Ну, что же доверие к таким исследованиям (а именно к построенным филогенетическим деревьям) — вообще нулевое!
                                                                                                                                                          0
                                                                                                                                                          > должны храниться результаты экспериментов

                                                                                                                                                          Пусть они хранят, что хотят. Но мне нужны достоверные данные о последовательностях ДНК, РНК и белков — если их в NCBI нет по определению — то нужно просто напросто создать нужный ресурс, а 60% неверные эксперименты — не сильно то интересны.
                                                                                                                                                            0
                                                                                                                                                            > в геноме бактерий есть несколько копий тРНК

                                                                                                                                                            Причем тут это, есть и что, вы совершенно говорите не о том. Уж не буду же я уподобляться вам, и говорить что вам нужно читать или делать… если серьезный человек сами внимательнее почитаете.
                                                                                                                                                            0
                                                                                                                                                            > Это говорит только о недостатках Вашего образования.

                                                                                                                                                            Это говорит лишь о массовых ошибках в экспериментах, кстати по которым пишутся статьи в рецензируемых журналах. Любая ошибка — критична, но вы их не видите или не хотите замечать.
                                                                                                                                                              0
                                                                                                                                                              > Но если Вы пишете код так же как проводите свои «исследования» у Вас будут большие проблемы.

                                                                                                                                                              Вот рассмешили, если бы я делал столько ошибок как в экспериментах, которые хранятся на NCBI — то буквальна НИ ОДНО программа бы не работала бы вообще, я уже не говорю как плювались бы люди пытаясь использовать такие программы, а «умники» говорили бы — «ну, вы не понимаете, этому надо учиться, вот начните со школы»… Если серьезно — не стыдно? Ладно ошибки в работе есть всегда, но не неуклюже от них открещиваться — это нонсенс!
                                                                                                                                                                0
                                                                                                                                                                > То, что Вы не понимаете как работет репозиторий и почему там должны храниться результаты экспериментов, пусть даже и не совсем правильные — Ваша проблема

                                                                                                                                                                А это боюсь ваша неосведомленность. Вроде бы специалист, а такие глупости говорите. Будем ошибки хранить? Да, нет! В NCBI к каждой последовательности есть ссылки вида «Коррекции» — где можно отправить запрос о найденной ошибке, другой вопрос что на них редко отвечают, так же как и на ошибки Microsoft`a — но эта другая проблема.

                                                                                                                                                                А ошибки всегда исправляли и исправляют — обратитесь в NCBI и убедитесь в их официальной позиции. А вас слушать становится не интересно, думал разговариваю со специалистом… а тут такое, что уши вянут.
                                                                                                                                                                  0
                                                                                                                                                                  > Обнаружить тривиальные вещи… и раструбить об этом на всю Ивановскую как о гениальном открытии — ну и что?

                                                                                                                                                                  А вот эта реакция показательна. Я то просто информирую людей, которые не работали с NCBI — а тут такие эпитеты. Это говорит лишь о раздражении из-за того, что я вообще об этом говорю. Приятнее закрывать на это глаза? Не сомневаюсь.
                                                                                                                                                                    0
                                                                                                                                                                    Я вас расстрою (или обрадую), но в ветке по программированию реакция на топикстартера была абсолютно такой же и его послали изучать РНК дальше)
                                                                                                                                                          0
                                                                                                                                                          Может быть, тогда действительно человек — создан Богом, а все разнообразие которые мы видим — лишь результат дегенерации, потери человеком хромосом, в результате чего появились вирусы, бактерии и т.д.? Т.е. не мы произошли от обезьяны, а она от нас?
                                                                                                                                                            0
                                                                                                                                                            Если угодно так считать, то ради бога. А направления у эволюции нет и быть не может.
                                                                                                                                                              0
                                                                                                                                                              Ну, дело в том, что тогда нет смысла вообще говорит о эволюции
                                                                                                                                                                0
                                                                                                                                                                Но как бы там не было — ориентироваться в первую очередь нужно на увеличение генетического материала…
                                                                                                                                                                  0
                                                                                                                                                                  А считать надо достоверно, а не ради Бога, и не 60 на 40 по теорверу ;)
                                                                                                                                                                    0
                                                                                                                                                                    Ну вот, например, несколько иное мнение
                                                                                                                                                                    macroevolution.narod.ru/smirnov.htm
                                                                                                                                                                    Представленные данные свидетельствуют о том, что характер геномных перестроек, т.е. потеря или приобретение генетического материала, транслокации или инверсии сегментов ДНК зависит от наличия, размера, ориентации, типа и локализации в геноме повторяющихся элементов ДНК. То есть, события генетической изменчивости неслучайны по типу, локализации в геноме и вероятности. Это означает, что программа изменений геномов определяется структурой самих геномов.
                                                                                                                                                                      0
                                                                                                                                                                      Да, в курсе я
                                                                                                                                                    +3
                                                                                                                                                    Для генов с очень низкой частотой мутаций очень сложно учесть шум, вызванный случайными факторами.

                                                                                                                                                    А когда вы выберете еще пару генов, то обнаружите, что ваши деревья друг с другом не совпадают :)

                                                                                                                                                    Ну а вообще, концепция сетчатой эволюции является доминирующей, ничего удивительного.
                                                                                                                                                      0
                                                                                                                                                      Кстати, говоря в данном исследовании было сравнение по 4 генам.

                                                                                                                                                      > обнаружите, что ваши деревья друг с другом не совпадают

                                                                                                                                                      И это главный вывод статьи, на сравнительно не большой задаче (хотя она и трудоемкая была)

                                                                                                                                                      > Ну а вообще, концепция сетчатой эволюции является доминирующей, ничего удивительного.

                                                                                                                                                      Замечательно — я рад, что мы наконец договорились, что моя статья идет в самом новейшем тренде исследований, а филогенетическую систематику можно забыть как не составившееся приближение.

                                                                                                                                                        0
                                                                                                                                                        >а филогенетическую систематику можно забыть как не составившееся приближение.

                                                                                                                                                        Забыть нельзя. Это база на которой наука развивалась долгое время. То что последние годы концепция горизонтального переноса очень сильно повлияла на взгляды о видообразовании (и не только на уровне прокариот) вовсе не отменяет классических филогенетических представлений. Это просто дополнительный механизм изменчивости.

                                                                                                                                                        Вы не верите биологам, но ваши аргументы походят на классические апелляции морганистов к дарвинистам начала 20 века. Ознакомьтесь для саморазвития :) Когда создали СТЭ она учла эти моменты якобы противоречий между генетикой и эволюционной теорией, и ваши выводы вовсе не выходят за ее рамки.
                                                                                                                                                          0
                                                                                                                                                          > на классические апелляции морганистов к дарвинистам

                                                                                                                                                          ваш политический внутрисобойчик решайте без меня, меня интересуют факты, а не сказки.
                                                                                                                                                        0
                                                                                                                                                        Спасибо, я действительно не знал, о существовании термина «сетчатое видообразование»… вот вам и начала списка литературы :)
                                                                                                                                                        +3
                                                                                                                                                        Кстати, вот еще два фактора которые стоило бы учесть:

                                                                                                                                                        1. Возможность истиных реверсивных мутаций.
                                                                                                                                                        2. Возможность случайной конвергенции.

                                                                                                                                                        Вы берете коротенькие консервативные гены, оба эти фактора там действуют много сильнее чем на классических длинных и менее консервативных участках.
                                                                                                                                                          0
                                                                                                                                                          Это да, но это выходит за рамки изучения генома, т.е. на основании генома об этом невозможно судить.
                                                                                                                                                            0
                                                                                                                                                            Зато можно судить на основании теорвера который в биоинформатике применяется сплошь и рядом.
                                                                                                                                                              –1
                                                                                                                                                              на основании теорвера ни о чем судить с достоверностью нельзя по определению
                                                                                                                                                                +1
                                                                                                                                                                Вот тут вы ошибаетесь.

                                                                                                                                                                Если вероятность не взята с потолка, то оценка «данная гипотеза верна с вероятностью 60%»намного более достоверна, чем «эта гипотеза верна».
                                                                                                                                                                  –2
                                                                                                                                                                  увольте меня от таких рассуждений, гипотеза или верна или не верна.
                                                                                                                                                                    0
                                                                                                                                                                    М-м-м-м. Позвольте вставить небольшое терминологическое замечание.

                                                                                                                                                                    Если гипотезе ВЕРНА (и это доказано, обосновано, проверяемо и т.д.), то это уже как бы не совсем гипотеза.
                                                                                                                                                                    Впрочем для состояния Не ВЕРНА это тоже верно.

                                                                                                                                                                    Если совсем коротко, то можно говорить лишь о той или иной вероятности того, что гипотеза верна.
                                                                                                                                                                      0
                                                                                                                                                                      Если уж говорить совсем точно, то гипотеза или имеет подтверждение на данный момент, или еще нет. А о вероятности тут говорить не приходится.
                                                                                                                                                          +2
                                                                                                                                                          Ну, по мнению многократно упоминавшегося тут «еволбиол», который сейчас — хм — не работает, эволюция на начальном этапе выглядела так:


                                                                                                                                                          2. ГОРИЗОНТАЛЬНЫЙ ОБМЕН ГЕНАМИ: ДЕРЕВО ПРЕВРАЩАЕТСЯ В СПУТАННЫЙ КЛУБОК

                                                                                                                                                          Важнейшее открытие последних десятилетий — явление горизонтального обмена генами, который, как оказалось, распространен в природе очень широко и вовсе не граничивается бактериями, как думали раньше. Эукариоты тоже способны заимствовать чужие гены. Возможно, горизонтальный обмен играл важную роль в основных ароморфозах, прогрессивных изменениях, переходах на новые эволюционные уровни. Ведь известно, что такие переходы сопровождались многочисленными параллелизмами — появлением одинаковых новых прогрессивных признаков «независимо» (и часто почти одновременно) в нескольких разных кладах.


                                                                                                                                                          Параллелизмы, конечно, внушают, например скелетная революция — «этап в развитии органического мира, когда в эволюционно короткий период множество генетически далёких организмов приобрели минеральный скелет».
                                                                                                                                                            0
                                                                                                                                                            Осталось лишь создать соответствующий ресурс по аналогии с NCBI, где будут филогенетические деревья ГЕНОВ, которые будут объединяться сетью при композиции генов в организмы — это и будет картина эволюции.
                                                                                                                                                              0
                                                                                                                                                              Тут есть еще нюанс, мутации не совсем случайны.

                                                                                                                                                              polit.ru/article/2011/04/15/kondrashov/
                                                                                                                                                              И есть еще гомологическая изменчивость Вавилова. Что это такое? Когда глубокое сходство между разными видами заключается не только в сходстве их нормальных фенотипов, но и в сходстве их изменчивостей. Вот это человек мутантный по гену тирозиназы – эти мутации приводят к альбинизму. А это курица, мутантная по гену тирозиназы – тоже альбинос. У всех позвоночных потеря функции тирозиназы приводит к альбинизму. И таких примеров много.

                                                                                                                                                              Причем часто наивно объясняли гомологичную изменчивость унаследованием всей изменчивости от общего предка. У человека половина людей чувствует горький вкус соединения под названием фенилтиокарбамид, а половина ничего не чувствует. Тоже самое у шимпанзе. Это открыл великий Фишер, который придумал всю генетику и всю статистику. Он поил апельсиновым соком шимпанзе в Лондонском зоопарке. Половина пила, а половина в лицо ему, видимо, плескала. И Фишер сказал – вот это изменчивость, унаследованная от общего предка человека и шимпанзе. Пять лет назад секвенировали эти аллели и оказалось, что потеря функции соответствующего рецептора, который делает человека нечувствительным к этому горькому вкусу и потеря функции того же самого рецептора, который делает шимпанзе нечувствительным к этому вкусу возникли независимо.


                                                                                                                                                              А на «еволбиол» так вообще писали, мол: «Таким образом, наследственная изменчивость, составляющая основу естественного отбора и эволюции, оказалась строго упорядоченной, а вовсе не „случайной“.

                                                                                                                                                              Поэтому, кстати, ответ на вопрос „что означает полная идентичность одного гена у разных организмов, вы как биолог можете сказать?“ может оказаться не столь тривиальным.
                                                                                                                                                                0
                                                                                                                                                                Ну и, замечу, одинаковые куски кода прекрасно ложатся в концепцию Шермана.

                                                                                                                                                                www.bumc.bu.edu/biochemistry/people/faculty/michael-y-sherman/
                                                                                                                                                                www.landesbioscience.com/journals/cc/article/4557/

                                                                                                                                                                These questions include: (1) seemingly simultaneous appearance of diverse Metazoan phyla in Cambrian period, (2) similarities of genomes among Metazoan phyla of diverse complexity, (3) seemingly excessive complexity of genomes of lower taxons, and (4) similar genetic switches of functionally similar but non-homologous developmental programs. Here I propose an experimentally testable hypothesis of Universal Genome that addresses these questions. According to this model, (a) the Universal Genome that encodes all major developmental programs essential for various phyla of Metazoa emerged in a unicellular or a primitive multicellular organism shortly before the Cambrian period; (b) The Metazoan phyla, all having similar genomes, are nonetheless so distinct because they utilize specific combinations of developmental programs. This model has two major predictions,...

                                                                                                                                                                Так что вопрос, что именно доказывают Ваши выкладки, может оказаться философским.
                                                                                                                                                              0
                                                                                                                                                              К примеру, данная статье диаграмма показывает филогенетические связи 4 генов, и только имея полную картину эволюции генов (точнее РНК и белков) — мы сможем говорить о эволюции организмов. Сейчас с же эту задачу пытаются подменить статистическими расчетами с кучей ошибок при выравнивании генов.
                                                                                                                                                                0
                                                                                                                                                                … «еволбиол», который сейчас — хм — не работает ...

                                                                                                                                                                Старый адрес работает — macroevolution.narod.ru/

                                                                                                                                                              Only users with full accounts can post comments. Log in, please.