Распознавание физической активности пользователей с примерами на R

  • Tutorial
Задача распознавания физической активности пользователей (Human activity Recognition или HAR) попадалась мне раньше только в качестве учебных заданий. Открыв для себя возможности Caret R Package, удобной обертки для более 100 алгоритмов машинного обучения, я решил попробовать его и для HAR. В UCI Machine Learning Repository есть несколько наборов данных для таких экспериментов. Так как тема с гантелями для меня не очень близка, я выбрал распознавание активности пользователей смартфонов.

Данные


Данные в наборе получены от тридцати добровольцев с закрепленным на поясе Samsung Galaxy S II. Сигналы с гироскопа и акселерометра были специальным образом обработаны и преобразованы в 561 признак. Для этого использовалась многоступенчатая фильтрация, преобразование Фурье и некоторые стандартные статистические преобразования, всего 17 функций: от математического ожидания до расчета угла между векторами. Подробности обработки я упускаю, их можно найти в репозитории. Обучающая выборка содержит 7352 кейса, тестовая – 2947. Обе выборки размечены метками, соответствующими шести активностям: walking, walking_up, walking_down, sitting, standing и laying.

В качестве базового алгоритма для экспериментов я выбрал Random Forest. Выбор был основан на том, что у RF есть встроенный механизм оценки важности переменных, который я хотел испытать, так как перспектива самостоятельно выбирать признаки из 561 переменной меня несколько пугала. Также я решил попробовать машину опорных векторов (SVM). Знаю, что это классика, но ранее мне её использовать не приходилось, было интересно сравнить качество моделей для обоих алгоритмов.

Скачав и распаковав архив с данными, я понял что с ними придется повозиться. Все части набора, имена признаков, метки активностей были в разных файлах. Для загрузки файлов в среду R использовал функцию read.table(). Пришлось запретить автоматическое преобразование строк в факторные переменные, так как оказалось, что есть дубли имен переменных. Кроме того, имена содержали некорректные символы. Эту проблему решил следующей конструкцией с функцией sapply(), которая в R часто заменяет стандартный цикл for:

editNames <- function(x) {
  y <- var_names[x,2]
  y <- sub("BodyBody", "Body", y)
  y <- gsub("-", "", y)
  y <- gsub(",", "_", y)
  y <- paste0("v",var_names[x,1], "_",y)  
  return(y)
}
new_names <- sapply(1:nrow(var_names), editNames)

Склеил все части наборов при помощи функций rbind() и cbind(). Первая соединяет строки одинаковой структуры, вторая колонки одинаковой длины.
После того как я подготовил обучающую и тестовую выборки, встал вопрос о необходимости предобработки данных. Используя функцию range() в цикле, рассчитал диапазон значений. Оказалось, что все признаки находятся в рамках [-1,1] и значит не нужно ни нормализации, ни масштабирования. Затем проверил наличие признаков с сильно смещенным распределением. Для этого воспользовался функцией skewness() из пакета e1071:

SkewValues <- apply(train_data[,-1], 2, skewness) 
head(SkewValues[order(abs(SkewValues),decreasing = TRUE)],3)

Apply() — функция из той же категории, что и sapply(), используется, когда что-то нужно сделать по столбцам или строкам. train_data[,-1] — набор данных без зависимой переменной Activity, 2 показывает что нужно рассчитывать значение по столбцам. Этот код выводит три худшие переменные:

v389_fBodyAccJerkbandsEnergy57_64  v479_fBodyGyrobandsEnergy33_40   v60_tGravityAcciqrX
14.70005                           12.33718                         12.18477 

Чем ближе эти значения к нулю, тем меньше перекос распределения, а здесь он, прямо скажем, немаленький. На этот случай в caret есть реализация BoxCox-трансформации. Читал, что Random Forest не чувствителен к подобным вещам, поэтому решил признаки оставить как есть и заодно посмотреть, как с этим справится SVM.

Осталось выбрать критерий качества модели: точность или верность Accuracy или критерий согласия Kappa. Если кейсы по классам распределены неравномерно, нужно использовать Kappa, это та же Accuracy только с учетом вероятности случайным образом «вытащить» тот или иной класс. Сделав summary() для столбца Activity проверил распределение:

     WALKING   WALKING_UP WALKING_DOWN      SITTING     STANDING       LAYING 
        1226         1073          986         1286         1374         1407

Кейсы распределены практически поровну, кроме может быть walking_down (кто-то из добровольцев видимо не очень любил спускаться по лестнице), а значит можно использовать Accuracy.

Обучение


Обучил модель RF на полном наборе признаков. Для этого была использована следующая конструкция на R:
fitControl <- trainControl(method="cv", number=5)
set.seed(123)
forest_full <- train(Activity~., data=train_data,
                        method="rf", do.trace=10, ntree=100,
                        trControl = fitControl)

Здесь предусмотрена k-fold кросс-валидация с k=5. По умолчанию обучается три модели с разным значением mtry (кол-во признаков, которые случайным образом выбираются из всего набора и рассматриваются в качестве кандидата при каждом разветвлении дерева), а затем по точности выбирается лучшая. Количество деревьев у всех моделей одинаково ntree=100.

Для определения качества модели на тестовой выборке я взял функцию confusionMatrix(x, y) из caret, где x – вектор предсказанных значений, а y – вектор значений из тестовой выборки. Вот часть её выдачи:

              Reference
Prediction     WALKING WALKING_UP WALKING_DOWN SITTING STANDING LAYING
  WALKING          482         38           17       0        0      0
  WALKING_UP         7        426           37       0        0      0
  WALKING_DOWN       7          7          366       0        0      0
  SITTING            0          0            0     433       51      0
  STANDING           0          0            0      58      481      0
  LAYING             0          0            0       0        0    537
Overall Statistics
               Accuracy : 0.9247          
                 95% CI : (0.9145, 0.9339)

Обучение на полном наборе признаков заняло около 18 минут на ноутбуке с Intel Core i5. Можно было сделать в несколько раз быстрее на OS X, задействовав при помощи пакета doMC несколько ядер процессора, но для Windows такой штуки нет, на сколько мне известно.

Caret поддерживает несколько реализаций SVM. Я выбрал svmRadial (SVM с ядром – радиальной базисной функцией), она чаще используется c caret, и является общим инструментом, когда нет каких-то специальных сведений о данных. Чтобы обучить модель с SVM, достаточно поменять значение параметра method в функции train() на svmRadial и убрать параметры do.trace и ntree. Алгоритм показал следующие результаты: Accuracy на тестовой выборке – 0.952. При этом обучение модели с пятикратной кросс-валидацией заняло чуть более 7 минут. Оставил себе заметку на память: не хвататься сразу за Random Forest.

Важность переменных


Получить результаты встроенной оценки важности переменных в RF можно при помощи функции varImp() из пакета caret. Конструкция вида plot(varImp(model),20) отобразит относительную важность первых 20 признаков:

«Acc» в названии обозначает, что эта переменная получена при обработке сигнала с акселерометра, «Gyro», соответственно, с гироскопа. Если внимательно посмотреть на график, можно убедиться, что среди наиболее важных переменных нет данных с гироскопа, что лично для меня удивительно и необъяснимо. («Body» и «Gravity» это два компонента сигнала с акселерометра, t и f временной и частотный домены сигнала).

Подставлять в RF признаки, отобранные по важности, бессмысленное занятие, он их уже отобрал и использовал. А вот с SVM может получиться. Начал с 10% наиболее важных переменных и стал увеличивать на 10% каждый раз контролируя точность, найдя максимум, сократил шаг сначала до 5%, потом до 2.5% и, наконец, до одной переменной. Итог – максимум точности оказался в районе 490 признаков и составил 0.9545 что лучше значения на полном наборе признаков всего на четверть процента (дополнительная пара правильно классифицированных кейсов). Эту работу можно было бы автоматизировать, так в составе caret есть реализация RFE (Recursive feature elimination), он рекурсивно убирает и добавляет по одной переменной и контролирует точность модели. Проблем с ним две, RFE работает очень медленно (внутри у него Random Forest), для сходного по количеству признаков и кейсов набора данных, процесс бы занял около суток. Вторая проблема — точность на обучающей выборке, которую оценивает RFE, это совсем не тоже самое, что точность на тестовой.

Код, который извлекает из varImp и упорядочивает по убыванию важности имена заданного количества признаков, выглядит так:
imp <- varImp(model)[[1]]
vars <- rownames(imp)[order(imp$Overall, decreasing=TRUE)][1:56]

Фильтрация признаков


Для очистки совести решил попробовать еще какой-нибудь метод отбора признаков. Выбрал фильтрацию признаков на основе расчета information gain ratio (в переводе встречается как информационный выигрыш или прирост информации), синоним дивергенции Кульбака-Лейблера. IGR это мера различий между распределениями вероятностей двух случайных величин.

Для расчета IGR я использовал функцию information.gain() из пакета FSelector. Для работы пакета нужна JRE. Там, кстати, есть и другие инструменты, позволяющие отбирать признаки на основе энтропии и корреляции. Значения IGR обратны «расстоянию» между распределениями и нормированы [0,1], т.е. чем ближе к единице, тем лучше. После вычисления IGR я упорядочил список переменных в порядке убывания IGR, первые 20 выглядели следующим образом:

IGR дает совсем другой набор «важных» признаков, с важными совпали только пять. Гироскопа в топе снова нет, зато очень много признаков с X компонентой. Максимальное значение IGR – 0.897, минимальное – 0. Получив упорядоченный перечень признаков поступил с ним также как и с важностью. Проверял на SVM и RF, значимо увеличить точность не получилось.

Думаю, что отбор признаков в похожих задачах работает далеко не всегда, и причин здесь как минимум две. Первая причина связана с конструированием признаков. Исследователи, которые подготовили набор данных, старались «выжить» всю информацию из сигналов с датчиков и делали это наверняка осознанно. Какие-то признаки дают больше информации, какие-то меньше (только одна переменная оказалась с IGR, равным нулю). Это хорошо видно, если построить графики значений признаков с разным уровнем IGR. Для определенности я выбрал 10-й и 551-й. Видно, что для признака с высоким IGR точки хорошо визуально разделимы, с низким IGR – напоминают цветовое месиво, но очевидно, несут какую-то порцию полезной информации.


Вторая причина связана с тем, что зависимая переменная это фактор с количеством уровней больше двух (здесь – шесть). Достигая максимума точности в одном классе, мы ухудшаем показатели в другом. Это можно показать на матрицах несоответствия для двух разных наборов признаков с одинаковой точностью:
Accuracy: 0.9243, 561 variables
              Reference
Prediction     WALKING WALKING_UP WALKING_DOWN SITTING STANDING LAYING
  WALKING          483         36           20       0        0      0
  WALKING_UP         1        428           44       0        0      0
  WALKING_DOWN      12          7          356       0        0      0
  SITTING            0          0            0     433       45      0
  STANDING           0          0            0      58      487      0
  LAYING             0          0            0       0        0    537

Accuracy: 0.9243, 526 variables
              Reference
Prediction     WALKING WALKING_UP WALKING_DOWN SITTING STANDING LAYING
  WALKING          482         40           16       0        0      0
  WALKING_UP         8        425           41       0        0      0
  WALKING_DOWN       6          6          363       0        0      0
  SITTING            0          0            0     429       44      0
  STANDING           0          0            0      62      488      0
  LAYING             0          0            0       0        0    537

В верхнем варианте меньше ошибок у первых двух классов, в нижнем – у третьего и пятого.

Подвожу итоги:
1. SVM «сделала» Random Forest в моей задаче, работает в два раза быстрее и дает более качественную модель.
2. Было бы правильно понимать физический смысл переменных. И, кажется, на гироскопе в некоторых устройствах можно сэкономить.
3. Важность переменных из RF можно использовать для отбора переменных с другими методами обучения.
4. Отбор признаков на основе фильтрации не всегда дает повышение качества модели, но при этом позволяет сократить количество признаков, сократив время обучения при незначительной потери в качестве (при использовании 20% важных переменных точность в SVM оказалась всего на 3% ниже максимума).

Код для этой статьи можно найти в моем репозитарии.

Несколько дополнительных ссылок:


UPD:
По совету kenoma сделал анализ главных компонент (PCA). Использовал вариант с функцией preProcess из caret:
pca_mod <- preProcess(train_data[,-1],
                      method="pca",
                      thresh = 0.95)
pca_train_data <- predict(pca_mod, newdata=train_data[,-1])
dim(pca_train_data)
# [1] 7352  102
pca_train_data$Activity <- train_data$Activity
pca_test_data <- predict(pca_mod, newdata=test_data[,-1])
pca_test_data$Activity <- test_data$Activity

Отсечка 0.95, получилось 102 компоненты.
Точность RF на тестовой выборке: 0.8734 (на 5% ниже точности на полном наборе)
Точность SVM: 0.9386 (на один с небольшим процента ниже). Я считаю, что этот результат весьма неплох, так что совет оказался полезным.
Share post

Similar posts

AdBlock has stolen the banner, but banners are not teeth — they will be back

More
Ads

Comments 12

    0
    Все стесняются, просмотры и добавление в избранное растут, а комментариев нет :)
    Спасибо за статью в целом и за популяризацию R в частности! Было любопытно глянуть, равно как и предыдущую вашу публикацию.
      0
      Спасибо на добром слове.
      +1
      А вы не пробовали снизить размерность данных перед обучением моделей? Например, с помощью метода главных компонент (PCA, princomp в R) можно было бы глазками посмотреть на то, как выглядит многообразие данных, а там уже решать, что эффективнее было бы применить.
        0
        Нет, не пробовал. Интересовал только отбор переменных. Зато пробовал RFE, о чем в статье писать не стал. Неудачный опыт. 10 часов на трех ядрах, 60 отобранных признаков и точность в районе 0.8 на тестовой выборке, что на 10% хуже полного набора. Да, PCA встроен прямо в caret, вызывается через функцию preProcess.
          0
          А эти признаки сильно разнятся от ранжирования признаков RF и SVM? Просто у меня есть подозрение, что ваши целевые кластеры могут быть не совсем «правильной» формы, ведь судя по описанию у вас куча признаков зависит друг от друга нелинейным образом. Так что мне кажется целесообразным было бы скомбинировать скоррелированные признаки и работать уже с ними. Но прежде всего я бы сделал какой нибудь разведочный анализ посредством визуализации данных — первые компоненты pca, t-sne или что там еще есть в caret. Вдруг вы увидите структуру, которая идеально впишется под разбор попсовыми методами кластеризации.
            0
            Да, есть отличия. Но тенденция общая, на 50-60 «важных» признаках точность быстро растет, а потом выходит на плато. Но эти 50-60 признаков дают в районе 0.8. Я раньше всегда отбирал признаки через information gain, обычно получалось. Это ничем не хуже чем считать корреляцию. Тут igr падает от максимума до нуля практически равномерно по всему набору.
              0
              Согласен, энтропийные показатели хороши в своем деле, однако я пытаюсь настойчиво намекнуть на мысль, что представление признаков у вас избыточное и есть такие, которые наверняка друг от дружки зависят. Или для вас принципиальным является вопрос, неизменности исходных признаков?
                0
                Я считаю, что ребята старались не зря выдумывая переменные. И, скажем, мне не понятно, как связаны между собой мат.ожидание уровня сигнала и угол между векторами. Я попробую на этой неделе сделать PCA, о результатах напишу.
                  0
                  Сделал PCA, см. update в статье. 102 компоненты при пороге в 0.95. Форест на 5% ниже, SVM на один с небольшим.
                    0
                    Спасибо большое за апдейт! Хотя 102 компоненты это все равно многовато, но уже примерно в 4-5 раз меньше исходной размерности. На самом-то деле, тут много еще чего можно сделать, но я думаю, для поставленной задачи и без того хороший результат.
        0
        Занятно=)

        На данных из UCI, конечно, обучаться не очень интересно — зачастую там вся работа уже сделана и «фичи» уже есть. Попробуйте придумать задачу из жизни и попытаться самому построить матрицу «объект-признак» — это было бы очень круто
          0
          Спасибо, как раз думаю над этим.

        Only users with full accounts can post comments. Log in, please.