ES5 руководство по JavaScript

Прототипы и наследования

Забавно видеть полное противоречие вашего текста тексту по приведенной вами же ссылке. Например, функции в js типом данных не являются, а так же нет "простых" и "составных" типов, а есть "примитивы" и "объекты". Формально — в js массив — тоже объект. Да и неформально тоже, если бы язык позволял обращаться к свойствам через точку и для имен, начинающихся с чисел, конструкция была бы валидной

var a = [3,4,5];
a[0] === a.0

Но он не позволяет, но от этого массивы объектами быть не перестали (к слову, вы сами об этом дальше пишите).
Ну и потеряны null и undefined.

жесткими операторами сравнения

Строгими только.

Имейте в виду, что функциональная декларация функций будет доступна и в области видимости выше, так что все это не имеет значения, в каком порядке была объявлена эта функция. Как правило, вы всегда должны объявлять функции в глобальной области видимости, при этом вы должны стараться избегать размещения таких функций внутри условных операторов.

Чего? Я бы отправил личным сообщением как просьбу переписать абзац, однако тут есть жуткий bad practices: "вы всегда должны объявлять функции в глобальной области видимости" — вы никогда и ни при каких обстоятельствах не должны объявлять функции в глобальной области видимости. Даже если совсем совсем прижмет. Очень мало исключений, как правило, библиотеки.

function ruleOfThree (had, got, have) {
  return have * got / had;
}
ruleOfThree(4, 2, 6);
// <- 3

Просто великолепно! Идея понятна, конечно же, но пример отвратный. В данном случае, что функцию a, что функцию ruleOfThree я полезу искать, покуда совершенно не очевидно, что она делает.
Вообще у вас талант давать плохие примеры под комментарием "хорошо".
Например, в секции "комментарии"

хорошо: [… не дублировать комментариями то, что понятно из кода...]
var numeric = /\d+/; // поиск одной или более цифр в строке

Так то это и так понятно.
Вообще в целом: видно, работа проделана большая и хорошая. Не без огрехов, но все равно. Хотя я бы все же рекомендовал в 2016 году использовать исключительно es6 и выше. Гораздо проще и меньше хлопот. Один раз потратить пару часов на настройку бейбела или запускать в новой ноде гораздо проще и выгоднее, чем потом набивать шишки на всплытии переменных и куче других причуд.

Автор зачастую сам себе противоречит, так например призывают везде использовать точку с запятой и тутже ссылка на jQuery codestyle, призыв не расширять стандартные объекты и Array.prototype.sum =…

До листал до середины, почти в каждом примере помеченным «хорошо» показаны bad-practices

[].slice.call(arguments)

Создали новый массив, только ради того чтоб обратится к прототипу, утечка аргументов это главный вырубатель оптимизаторов в v8 и SpiderMonkey, но к сожалению этим пестрит каждая 3я библиотека на npm, благодаря вот таким вот туториалам…
Сложно скопировать в функцию простой шаблон

var args; for(let i = arguments.length, a = args = new Array(i); i--; a[i] = arguments[i]);

Тогда скопируйте этот:

var args = Array.prototype.concat.apply(Array.prototype, arguments);

Создание новых функций для каждого инстанса быстрее чем копирование ссылок из прототипа? да ну?
Все методы, гетеры, сетеры должны быть в прототипе, все изменяемые свойства создаются в конструкторе, прототип обязан содержать свойство constructor — ссылку на свой конструктор.
Сложно запомнить? Используйте class из es2015

Ну и напоследок, функциональные выражения, которые живут дольше 1 вызова, должны быть именованны

someEmitter.on('event', function onSomeEmitterEvent() {
    //some code
});

не раз поможет при отладке

При всём уважении, рано вам ещё руководства писать. Разработчик проходит три этапа развития: концентрация на синтаксисе языка, концетрация на паттернах, концентрация на архитектуре. Вы сейчас на первом, когда перейдёте на следующий — поменяете своё мнение о предыдущем и будете видеть каждый из 500 ляпов этой статьи. Вот тогда милости просим от вас руководство.

Вопрос на засыпку, по методу массива reduce

if (!Array.prototype.reduce) {
  Array.prototype.reduce = function(callback/*, initialValue*/) {
    'use strict';
    if (this == null) {
      throw new TypeError('Array.prototype.reduce called on null or undefined');
    }
    if (typeof callback !== 'function') {
      throw new TypeError(callback + ' is not a function');
    }
    var t = Object(this), len = t.length >>> 0, k = 0, value;
    if (arguments.length == 2) {
      value = arguments[1];
    } else {
      while (k < len && ! k in t) {
        k++; 
      }
      if (k >= len) {
        throw new TypeError('Reduce of empty array with no initial value');
      }
      value = t[k++];
    }
    for (; k < len; k++) {
      if (k in t) {
        value = callback(value, t[k], k, t);
      }
    }
    return value;
  };
}

Почему вот этот кусок кода:

while (k < len && ! k in t) {
    k++; 
}
if (k >= len) {
    throw new TypeError('Reduce of empty array with no initial value');
}
value = t[k++];

Нельзя было заменить на этот:

if (len == 0) {
    throw new TypeError('Reduce of empty array with no initial value');
}
value = t[k++];

Когда вот в этот цикл тут можно войти, при каких условиях в данной функции:

while (k < len && ! k in t) {
    k++; 
}