Ключевые моменты знают только разработчики нанопоровой технологии секвенирования. А они стараются не делиться информацией. Судить о некоторых параметрах электронной части их приборов можно только по косвенным признакам. И ориентироваться на лучшие показатели. Например, известно, что частота работы чипов AXBIO (1 миллион сенсоров) достигает 110 гигагерц в секунду. И каждый сенсор из этого миллиона работает с частотой 20 опросов в секунду. У оксфордцев сенсоров меньше (512 или 3000), но считываются они быстреее (5...10 тыс. опросов в секунду).
Восхищён глубиной проработки вопроса. И у автора, и в обсуждении. Может быть, здесь найдётся человек, которого заинтересует моя проблема? Речь идёт о разработку отечественного секвенатора: habr.com/ru/post/455156
Проблема в том, что нужно снимать информацию с сенсорных чипов (измерять пикоамперные токи), оцифровывать её посредством многоканального АЦП (желательно 16-разрядного), передавать на FPGA, а дальше — по USB 3.0 на компьютер. Это всё уже сделано, но в Великобритании. А нужно сделать что-то подобное у нас. Можно на их родных чипах, ориентированных на секвенирование. Но можно и на неродных — на сборке чипов, усиливающих пикоамперные токи. С неродными (MAX9923FEUB и т.п.) проще, зато с родными (от MinION) может получиться лучше. Но их ещё нужно отреверсить.
Буду признателен за соучастие и содействие. Если не в работе, то в поисках специалистов, с которыми можно обсуждать подобные проблемы.
Возможны и другие причины. Встраивание чипов в ячейки — это принцип, который нанопоровая технология секвенирования унаследовала от полупроводниковой. Там сенсорные чипы невозможно отделить от проточной ячейки. Правда, чипы можно промывать и использовать повторно, но этот лайвхак разработчики тщательно скрывали.
Ячейки с нанопоровыми чипами (теоретически) тоже можно использовать повторно, но проще регенерировать накладные ячейки, не содержащие электроники. Или освоить штамповку дешёвых накладок и не заморачиваться с их регенерацией.
Адапторная вставка Flongle как раз предназначена для устранения необходимости использовать ячейки со встроенными дорогостоящими чипами. Почему разработчики сразу не стали делать накладные ячейки? Наверное, хотели побольше выжать из покупателей. При отсутствии конкурентов такая тактика срабатывает. Но долго это продолжаться не может.
Спасибо за статью. И за то, что не забыли о моей проблеме. Очень актуальная информация!
Через пару недель вернусь из отпуска и займусь идентификацией пластмасс (прозрачной и чёрной), из которых сделана ячейка нанопорового секвенатора.
Отличная статья! Вселила надежду на то, что в России могут найтись специалисты, способные разобраться в устройстве чипов для нанопоровых секвенаторов: habr.com/ru/post/408139
Или даже разработать аналоги таких чипов, представляющих собой многоканальные (512, 3000 и более каналов) усилители пикоамперных токов со встроенными АЦП. Буду признателен за контакты (явки, пароли и т.п.) таких специалистов.
Буду признателен, если подскажете способ определения вида пары пластмасс (одна — чёрная; другая — прозрачная), из которых состоит ячейка нанопорового секвенатора: habr.com/ru/post/408139
Дело в том, что эта парочка норовить раствориться как в гексане, так и в декане, которые заливаются в ячейку секвенатора. А заливать их приходится для формирования на сенсорных лунках этой ячейки липидного бислоя. Правда, фторуглероды эти пластмассы не растворяют. Но всё равно хотелось бы разобраться с видом пластмасс, поскольку знание — сила.
В прошлом году взял б/у игровой MSI c 17-дюймовым монитором и лицензионной Win10. Нарастил память до 16 Gb и добавил к 1 Tb HDD твердотельный SSD, на который перенёс систему и все программы. Подключил мышку и приличный монитор (DELL, 23"). После своего почившего в бозе стационарного старичка (WinXP и т.п.) чувствую себя вполне счастливым. Тем более, что всё брал по безналу, хотя и для дома. Но вскоре возникла проблема — приходя на работу не могу заставить себя усесться за свой же реанимированный десктоп. Поэтому пришлось купить ещё один подержанный громоздкий (17", 2,6 кг) ноутбук — с процессором попроще (i3) и памятью всего 8 Gb. Причём мне сразу поставили его Win10 на добавленный к HHD (1 Tb) SSG 128 Gb. Стоило такое удовольствие всего 23 тыс. руб…
Извините, что не в тему. Просто если денег мало, то сейчас громоздкие, но не очень старые (с Win10) б/у ноутбуки отлично заменяют десктопы. Вполне приличную модель с вполне терпимой видеокартой можно взять за 20...40 тыс. руб.
Спасибо за статью. Сразу вспомнилось детство, но только оно проистекало ещё в далёкую докомпьютерную эру. Тогда плакат с таблицей Менделеева можно было купить в магазине школьных пособий и повесить над кроватью вместо коврика.
Кстати о таблице. Как вам такой вариант? habr.com/ru/post/374003
В прошлом году выложил на хабре свою старую идею «ядерного мышления»: habr.com/post/371019
Похоже, если она кого-то и заинтересует, то только «за бугром». Отсюда — вопрос:
а с русского на английский Вы не переводите? Хорошо бы её туда забросить. Если не Хомскому, то хотя бы Кацу. А вдруг оценят?
Спасибо! Похоже, нужно ориентироваться на Unity3D. Буду искать разработчиков. Тем более, что за картинки они берут не дорого. А под молекулярное макетирование придётся искать спонсора или затевать crowdfunding.
Статья очень впечатляет. Жалко, что я в этом ничего не понимаю. Правда, недавно начал осваивать Blender в надежде нарисовать снельсоновские электроны. Но чувствую, что поздно пить боржоми. Нужно обращаться к специалистам. Поэтому буду признателен за любые советы.
В прошлом году выложил здесь (на Хабре) статью под названием «Химия Кеннета Снельсона» с описание теории кольцегранного строения электронных оболочек атомов и молекул. Теперь нужно описать тонкую структуру электронов, а показать её на модельках уже невозможно. Нужно рисовать. А в перспективе — сделать игру, позволяющую собирать молекулы из стандартных блоков и демонстрировать их электронное строение. Причём с хорошей подсветкой, тенями и прочими заморочками, обеспечивающими высокую наглядность картинки. Кажется, здесь это называется сбалансированным визуальным решением.
Отсюда — вопрос: что делать? Точнее — к кому обращаться? Похоже, лучше всего к разработчикам игр. И где их лучше всего искать?
sci-hub.se/10.1016/j.aca.2019.01.034
sci-hub.se/10.3390/bios6030042
www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4883400
habr.com/ru/post/455156
1drv.ms/p/s!Aj-K-u-yGV92mDjxBBlbD7siqlsU?e=taUQ4b
habr.com/ru/post/455156
Проблема в том, что нужно снимать информацию с сенсорных чипов (измерять пикоамперные токи), оцифровывать её посредством многоканального АЦП (желательно 16-разрядного), передавать на FPGA, а дальше — по USB 3.0 на компьютер. Это всё уже сделано, но в Великобритании. А нужно сделать что-то подобное у нас. Можно на их родных чипах, ориентированных на секвенирование. Но можно и на неродных — на сборке чипов, усиливающих пикоамперные токи. С неродными (MAX9923FEUB и т.п.) проще, зато с родными (от MinION) может получиться лучше. Но их ещё нужно отреверсить.
Буду признателен за соучастие и содействие. Если не в работе, то в поисках специалистов, с которыми можно обсуждать подобные проблемы.
Ячейки с нанопоровыми чипами (теоретически) тоже можно использовать повторно, но проще регенерировать накладные ячейки, не содержащие электроники. Или освоить штамповку дешёвых накладок и не заморачиваться с их регенерацией.
Кстати, об идеях. Давно ищу специалиста, способного заинтересоваться молекулярным 3D-макетирование. Но только не с шариками и т.п., а с модулями, максимально точно описывающими электронные оболочки атомов и молекул:
habr.com/ru/post/374003
sketchfab.com/3d-models/04338d9336644387a1f559ba709360c6
sketchfab.com/3d-models/50dda13c406e4354a0a6c3f2c3f0f91c
Через пару недель вернусь из отпуска и займусь идентификацией пластмасс (прозрачной и чёрной), из которых сделана ячейка нанопорового секвенатора.
habr.com/ru/post/408139
Или даже разработать аналоги таких чипов, представляющих собой многоканальные (512, 3000 и более каналов) усилители пикоамперных токов со встроенными АЦП. Буду признателен за контакты (явки, пароли и т.п.) таких специалистов.
habr.com/ru/post/408139
Дело в том, что эта парочка норовить раствориться как в гексане, так и в декане, которые заливаются в ячейку секвенатора. А заливать их приходится для формирования на сенсорных лунках этой ячейки липидного бислоя. Правда, фторуглероды эти пластмассы не растворяют. Но всё равно хотелось бы разобраться с видом пластмасс, поскольку знание — сила.
Извините, что не в тему. Просто если денег мало, то сейчас громоздкие, но не очень старые (с Win10) б/у ноутбуки отлично заменяют десктопы. Вполне приличную модель с вполне терпимой видеокартой можно взять за 20...40 тыс. руб.
Кстати о таблице. Как вам такой вариант?
habr.com/ru/post/374003
habr.com/post/371019
Похоже, если она кого-то и заинтересует, то только «за бугром». Отсюда — вопрос:
а с русского на английский Вы не переводите? Хорошо бы её туда забросить. Если не Хомскому, то хотя бы Кацу. А вдруг оценят?
Похоже, это то, что нужно (для программистов) — полезная библиотека для С++. Сможет пригодиться, если найду программиста.
В прошлом году выложил здесь (на Хабре) статью под названием «Химия Кеннета Снельсона» с описание теории кольцегранного строения электронных оболочек атомов и молекул. Теперь нужно описать тонкую структуру электронов, а показать её на модельках уже невозможно. Нужно рисовать. А в перспективе — сделать игру, позволяющую собирать молекулы из стандартных блоков и демонстрировать их электронное строение. Причём с хорошей подсветкой, тенями и прочими заморочками, обеспечивающими высокую наглядность картинки. Кажется, здесь это называется сбалансированным визуальным решением.
Отсюда — вопрос: что делать? Точнее — к кому обращаться? Похоже, лучше всего к разработчикам игр. И где их лучше всего искать?