Насчёт отсылки к теории волнового генома Вы правы. После неё можно и не читать. В своё оправдание могу сказать только то, что около 20 лет назад для меня это было ещё не столь очевидно. Завиральность этой теории особых сомнений не вызывала, но даже в навозной куче встречаются жемчужные зёрна. И в те далёкие времена я всерьёз копался в трудах П.П.Гаряева, пытаясь найти в них хоть что-то ценное. Теперь могу уверенно утверждать, что в его навозной куче жемчуг отсутствует.
С квантовыми вычислениями знаком очень поверхностно. Тут Вы абсолютно правы. Но речь шла не более чем об аналогии с ядерным мышлением. Так что не судите слишком строго. Лучше поищите жемчужные зёрна. Они там есть.
Правильный перевод — структурная лингвистика, но у Стругацких именно «структуральная». И в этом «неправильном» варианте есть своя прелесть. Например, возможность его «незаконного» использования для обозначения структурированности информационных биомолекул.
Кстати, о биологии. Довольно часто даже в научных статьях можно встретить такую неправильную «кальку» с английского языка, как «хромосомальный» (правильно — «хромосомный»).
…Он устало прикрыл воспаленные веки и задернул тяжелую портьеру. За ней было не окно, а огромный экран, освещающий бетонную коробку призрачным мерцанием бесконечного белого шума. В полной темноте мысли не казались столь беспросветными, а стены не так давили. И как всякий лишенный общения, чтобы не окончательно тронуться умом, он говорил сам с собой. Отрывистые, хриплые фразы повисали в сухом воздухе Убежища.
— Когда это случилось? Дай–ка вспомню… 2020–й или 2025… «Познай самого себя?»… Генный анализатор в мобильном телефоне… «Старости и смерти — конец», писали тогда в Нью–Йорк Блог… Благие, благие намерения.
Он замолчал и задумался.
— Никто и не вспомнит, кто был первым. А дальше всё по этой же дороге. Гены геены огненной. Мода на цвет глаз и кожи. Новые оттенки. «Эволюционируй за ночь!» Что они выращивали из головы вместо волос? Перья? Чешую? А после четвертого взрыва на Фукусиме и теракта в Бушере…
Он снова надолго ушел в себя.
— Кто первый начал войну? Пуристы или мутанты? Неважно. Победителей нет. Есть проигравший. Род человеческий. Мне 126 или 127 лет. Я последний.
И набрав полную грудь затхлого воздуха, он страшно, протяжно закричал. —
Спасибо за первую конструктивную критику. Старой (но не устаревшей) информации в ней, действительно, многовато. Например, теория номогенеза была предложена Л.С. Бергом в 1921 году. В развёрнутом виде изложена в его монографии 1922 года. Я же сослался на издание 1977 года. Основные работы А.А. Любищева были написаны в 70-х годах (опубликованы в 1982 году). Жалко, что их сейчас никто не изучает. Ссылку на Стругацких можно причислить к стёбу, но мне очень понравился использованный ими термин «структуральная лингвистика». А воспользоваться этим термином без ссылки на источник было бы некорректно.
Статью написал в 2001 году, но нигде не публиковал. Боялся, что заклюют. Причём как дилетанты (см. выше), так и шизики (см. ниже). Да и сейчас уверен, что заклюют. Надеюсь, что переживу. Или просто перестану сюда наведываться.
Поставка турбин в Крым обернётся тем, что придётся искать других поставщиков. Или осваивать их собственное производство. Т.е. сфокусирует внимание на проблеме, которой государство не уделяло достаточно внимания. И не финансировало подобные разработки.
Может быть, не стоит зацикливаться?
Доказать правоту друг другу вы не можете, поскольку зациклились оба. Так стоит ли продолжать дискуссию?
По-моему, каждый человек по-своему прав. Проблема в том, что каждый — по-своему. И не стоит навязывать свои взгляды другим. Причём не потому, что Вы «правее», а потому, что бесполезно.
Употребление слова «взлом» почему-то вызвало бурную дискуссию. Причём не о взломе ПО, а о краже, воровстве, судебных нормах, убийстве старушек и т.п… Хотя ближе к теме было бы обсуждение поставок турбин компании Simens в Крым. Для самой компании это не имеет значение. Точнее — она даже заинтересована в таких поставках. Но из-за санкций Евросоюза ей приходится затевать судебные тяжбы с поставщиками из цепочки, через которую прошла эта закупка.
Была ли поставка турбин в Крым законной? По законам России — вполне. И обход санкций в подобных случаях должен рассматриваться не как кража или воровство, а как дело чести для каждого уважающего себя российского хакера.
Что-то я не понял, о какой краже идёт речь. ПО к секвенатору не продаётся, а поставляется вместе с прибором, причём абсолютно бесплатно. В его разработке принимали участие программисты со всего мира, и компания ONT не претендует на владение этим программным обеспечением. Но пытается контролировать и запрещать его использование в российских организациях, попавших в санкционные списки. А попасть в них может любой институт или компания, если её сотрудники когда-то сотрудничали с военными организациями или просто имели неосторожность поучаствовать в научной конференции, проводившейся на территории Крыма.
Так что речь идёт не о нарушении лицензионных и патентных прав (сроки действия патентов уж закончились даже за бугром), а о борьбе с совершенно необоснованными и незаконными (по законам России) санкциями.
600$ — это за геном с высоким качеством чтения (x30; 2х100; >Q30 не менее 80%).
А вот насчёт доступности для простых смертных не уверен. Возможно, китайцы объявили эту цену в рекламных целях. Но всё равно приятно.
Был уверен в высоком моральном облике посетителей Geektimes, но не думал, что эта высота для меня настолько недосягаема. Похоже, придётся оправдываться.
1. Взлом ПО.
Вообще-то ПО к секвенатору MinION общедоступно. К его разработке и совершенствованию привлекались десятки или даже сотни первых пользователей этого устройства, получивших его по программе раннего доступа. Проблемы связаны с санкционными мерами Великобритании, которые компания Oxford Nanopore вынуждена была применить к своим российским клиентам. Если в России появятся незарегистрированные секвенаторы (в МГУ, СПбГУ и т.п.), то от этого никто не пострадает
2. Многоразовое использование ячеек.
Переход от одноразового к многоразовому использованию ячеек неизбежен. Это резко удешевит секвенирование, но увеличит его рынок. Поэтому и в этом случае интересы оксфордцев не пострадают. Тем более, что «многоразовость» эта весьма относительна. Электроды долго не живут.
3. Реверс-инжиниринг
Разработкой чипов с ячейками для регистрации пикоамперных токов занимаются несколько фирм и университетских лабораторий. На рынке они могут появиться уже в следующем году. Так что «реверсить» оксфордские чипы совсем не обязательно. Лучше подождать годик-другой, и использовать чипы конкурентов. Или изучить имеющиеся публикации и диссертации сторонних разработчиков и предложить собственный вариант. Но это не моё дело. Разработкой таких чипов должны заниматься специалисты, но я их что-то не вижу. Сам могу предложить только «аморальное» решение — копирование оксфордского чипа. Буду очень рад, если отечественные разработчики смогут обойтись без такой «аморалки».
Писал на полном серьёзе. Основные патенты датируются серединой лихих 90-х годов прошлого века и сейчас их сроки действия уже закончились. Кроме того, в России такие технологии не патентуют. Не верят что здесь могут появиться конкуренты.
Производить свои аналоги было бы неплохо. Но проще освоить многократное использование импортных.
Индустрия секвенирования справляется с обработкой получаемых данных.
Если считаете, что не стоит гнаться, то Вам гнаться не стоит.
В инфобезе не разбираюсь. Слово «wireshark» вижу впервые, поскольку я простой юзер. Не уверен, что заглушка на raspberry pi подойдёт для USB 3.0. Если «давайте начнём» — это не просто фигура речи, то пишите на ящик (genseq@mail.ru).
«Профит» вполне очевиден. Секвенирования будет всё больше и больше. Например, в США уже 4 года назад секвенирование обеспечивало 300 тысяч рабочих мест. А сейчас, после старта мегапроектов типа PMI (>$1 млрд., 1 млн. геномов) и China PMI (~$9,2 млрд.), секвенирование становится одним из «паровозов» экономического развития. И хорошо бы хоть как-то прицепиться к этому «паровозу».
Если очень хочется этим заняться и есть деньги, то помешать никто не сможет.
Только советую ориентироваться на последний хит сезона 2017 года — нанопоровый секвенатор MinION. В России его можно купить за 120 тыс. руб. (в Великобритании — за 1000$).
Можете разобрать MinION по«винтикам» и сделать такой же. Но цена «входного билета» для проведения этой работы — ~120 000 руб.
Производитель знает, что восстановить pH-сенсорный чип не сложно. И делает всё для того, чтобы никто не мог заниматься таким восстановлением. Проще всего контролировать качество чипов и заниматься их восстановлением при помощи самих полупроводниковых секвенаторов, но это полностью закрытые автоматизированные системы, позволяющие убедиться в качественности чипа только после полного завершения многочасового цикла секвенирования ДНК.
Александр сделал просмотровую систему, позволяющую быстро контролировать качество чипов и, соответственно, наладить их регенерацию. Если увеличить скорость считывания информации с чипа до 30...60 bps и увеличить динамический диапазон АЦП до 12...14 разрядов, то такую систему можно будет для дальнейшей разработки самодельного полупроводникового секвенатора, которому потребуется ещё система подачи реагентов, сами реагенты и сложное программное обеспечение. В связи со сложностью последнего его хорошо бы не разрабатывать, а воспользоваться уже имеющимся: www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-data-analysis-workflow/ion-torrent-suite-software.html.html
С квантовыми вычислениями знаком очень поверхностно. Тут Вы абсолютно правы. Но речь шла не более чем об аналогии с ядерным мышлением. Так что не судите слишком строго. Лучше поищите жемчужные зёрна. Они там есть.
P. Matthews
Professor of Linguistics, University of Cambridge
assets.cambridge.org/97805216/23674/sample/9780521623674ws.pdf
Правильный перевод — структурная лингвистика, но у Стругацких именно «структуральная». И в этом «неправильном» варианте есть своя прелесть. Например, возможность его «незаконного» использования для обозначения структурированности информационных биомолекул.
Кстати, о биологии. Довольно часто даже в научных статьях можно встретить такую неправильную «кальку» с английского языка, как «хромосомальный» (правильно — «хромосомный»).
…Он устало прикрыл воспаленные веки и задернул тяжелую портьеру. За ней было не окно, а огромный экран, освещающий бетонную коробку призрачным мерцанием бесконечного белого шума. В полной темноте мысли не казались столь беспросветными, а стены не так давили. И как всякий лишенный общения, чтобы не окончательно тронуться умом, он говорил сам с собой. Отрывистые, хриплые фразы повисали в сухом воздухе Убежища.
— Когда это случилось? Дай–ка вспомню… 2020–й или 2025… «Познай самого себя?»… Генный анализатор в мобильном телефоне… «Старости и смерти — конец», писали тогда в Нью–Йорк Блог… Благие, благие намерения.
Он замолчал и задумался.
— Никто и не вспомнит, кто был первым. А дальше всё по этой же дороге. Гены геены огненной. Мода на цвет глаз и кожи. Новые оттенки. «Эволюционируй за ночь!» Что они выращивали из головы вместо волос? Перья? Чешую? А после четвертого взрыва на Фукусиме и теракта в Бушере…
Он снова надолго ушел в себя.
— Кто первый начал войну? Пуристы или мутанты? Неважно. Победителей нет. Есть проигравший. Род человеческий. Мне 126 или 127 лет. Я последний.
И набрав полную грудь затхлого воздуха, он страшно, протяжно закричал. —
Будь! Прокляты! Секвенаторы!!
Статью написал в 2001 году, но нигде не публиковал. Боялся, что заклюют. Причём как дилетанты (см. выше), так и шизики (см. ниже). Да и сейчас уверен, что заклюют. Надеюсь, что переживу. Или просто перестану сюда наведываться.
Доказать правоту друг другу вы не можете, поскольку зациклились оба. Так стоит ли продолжать дискуссию?
По-моему, каждый человек по-своему прав. Проблема в том, что каждый — по-своему. И не стоит навязывать свои взгляды другим. Причём не потому, что Вы «правее», а потому, что бесполезно.
Была ли поставка турбин в Крым законной? По законам России — вполне. И обход санкций в подобных случаях должен рассматриваться не как кража или воровство, а как дело чести для каждого уважающего себя российского хакера.
Так что речь идёт не о нарушении лицензионных и патентных прав (сроки действия патентов уж закончились даже за бугром), а о борьбе с совершенно необоснованными и незаконными (по законам России) санкциями.
А вот насчёт доступности для простых смертных не уверен. Возможно, китайцы объявили эту цену в рекламных целях. Но всё равно приятно.
1. Взлом ПО.
Вообще-то ПО к секвенатору MinION общедоступно. К его разработке и совершенствованию привлекались десятки или даже сотни первых пользователей этого устройства, получивших его по программе раннего доступа. Проблемы связаны с санкционными мерами Великобритании, которые компания Oxford Nanopore вынуждена была применить к своим российским клиентам. Если в России появятся незарегистрированные секвенаторы (в МГУ, СПбГУ и т.п.), то от этого никто не пострадает
2. Многоразовое использование ячеек.
Переход от одноразового к многоразовому использованию ячеек неизбежен. Это резко удешевит секвенирование, но увеличит его рынок. Поэтому и в этом случае интересы оксфордцев не пострадают. Тем более, что «многоразовость» эта весьма относительна. Электроды долго не живут.
3. Реверс-инжиниринг
Разработкой чипов с ячейками для регистрации пикоамперных токов занимаются несколько фирм и университетских лабораторий. На рынке они могут появиться уже в следующем году. Так что «реверсить» оксфордские чипы совсем не обязательно. Лучше подождать годик-другой, и использовать чипы конкурентов. Или изучить имеющиеся публикации и диссертации сторонних разработчиков и предложить собственный вариант. Но это не моё дело. Разработкой таких чипов должны заниматься специалисты, но я их что-то не вижу. Сам могу предложить только «аморальное» решение — копирование оксфордского чипа. Буду очень рад, если отечественные разработчики смогут обойтись без такой «аморалки».
Производить свои аналоги было бы неплохо. Но проще освоить многократное использование импортных.
Индустрия секвенирования справляется с обработкой получаемых данных.
Если считаете, что не стоит гнаться, то Вам гнаться не стоит.
Только советую ориентироваться на последний хит сезона 2017 года — нанопоровый секвенатор MinION. В России его можно купить за 120 тыс. руб. (в Великобритании — за 1000$).
Можете разобрать MinION по«винтикам» и сделать такой же. Но цена «входного билета» для проведения этой работы — ~120 000 руб.
Александр сделал просмотровую систему, позволяющую быстро контролировать качество чипов и, соответственно, наладить их регенерацию. Если увеличить скорость считывания информации с чипа до 30...60 bps и увеличить динамический диапазон АЦП до 12...14 разрядов, то такую систему можно будет для дальнейшей разработки самодельного полупроводникового секвенатора, которому потребуется ещё система подачи реагентов, сами реагенты и сложное программное обеспечение. В связи со сложностью последнего его хорошо бы не разрабатывать, а воспользоваться уже имеющимся:
www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-data-analysis-workflow/ion-torrent-suite-software.html.html