Как можно было бы ускорить навигацию по файловой системе?

Вроде бы человек ведет речь не столько о быстром поиске, сколько о выделении часто используемого контента в общей массе.
По совести говоря, если организовать свою массу так, чтобы в каждом каталоге было не более 20-25 элементов (папок с sources тоже касается), то и никаких проблем с поиском нету. Быстро вспомнил чего ищещь - и нашел.
А софтверные решения имхо лежат на поверхности - или Mac, про который сказали, или попроще: перед списком с алфавитно-отсортированным содержимым выводится 3-5 наиболее часто используемых объектов. MS office примерно так делает уже 100 лет, главное меню KDE моей Mandriva выводит "часто используемые приложения". причем кажется и правда учитывает частоту, а не последние 10 запущенных.