Хорошо, что метод inputMatrix не зависит от потока ввода, а ожидает Scanner. Плохо, что этот метод зависит от потока вывода. Или вынесите весь ввод-вывод из метода или не используйте внешний Scanner.
Количество цифр в учебной программе я бы считал в лоб, через размер строки.
Java для начинающих: решаем задачу умножения матриц