Комментарии 36
Следует отметить, что биоинформатика до сих принимается некоторыми учёными лишь за метод (к тому же не самый точный) помогающий в исследованиях. И, конечно, у них есть право так считать. На то есть комплекс причин, одна из самых очевидных: несовершенность моделей. Так, на данный момент времени создать идеальную модель той или иной живой системы и учесть все факторы и взаимодействие их влияний — практически невозможно.
и должен отметить, что считают эти "противные ученые" в основном по другой причине...
никто не спорит с важностью вклада биоинформатики в развитие знаний о генетике и тп, но как и во всяком развивающемся деле, бывают перекосы, связанные с желанием "побыстрее натянуть сову на глобус". Например получившее широкое распространение Imputation genetics, когда за отсутствием реальных данных (сиквенса или еще чего-то) добавляются статистические, основанные на популяционном анализе. Т.е. взяли дешевое генотипирование на чипах , добавили туда что-то из статистики и опс.... люди потом спрашивают, а зачем полногеномное секвенирование , когда и так все видно, за гораздо меньшие деньги....??? Забывая при этом , что например, серповидно-клеточная анемия это мутация одного нуклеотида...
Может я не очень наглядный пример привел, но , те люди , которые пытаются молекулярный анализ поставить воглаву персонифицированного подхода, справедливо недовольны, когда некоторые начинают собирать данные доказательной медицины , что бы объяснить генетические оберрации. Т.е. - давайте опросим всех у кого есть SNP mutation Nxxxxxx , чувствуют ли они запах миндаля , на этом выводе построим недостающие данные и на будущее примем , что у всех их будет частично растворимый белок ХХХ , что является причиной аносмии (пример виртуальный ).
Действия этих людей понятны - им хочется быстрый результат за меньшие деньги, но... это подрывает стремление разобраться в деталях , понять механизм..
Биоинформатика уже лет сколько то, как профессия. Всякая профессия это стыковое знание, общая межнаучная интеграция обязательная категория предметно-деятельностных отношений в познании изучаемых дисциплин.
Я вижу надуманной проблему "наука, а не инструмент". То, что в обиходе биоинформатикой называют любой подход, позволяющий перелопатить огромное количество данных, не низводит ее из науки о данных к "всего лишь инструменту". Другое дело, что без адекватного понимания фундаментальных принципов биологии вы не сможете правильно интерпретировать полученные данные.
Вы можете омиксными подходами вытащить полный проетом или метаболом крови, например. Но вы не скажете только по этим данным, у вас некий белок повышен в результате заболевания, или же заболевание развивается от повышения этого белка. Вы можете говорить только о корелляции, а дальше вы обязаны копать в сторону экспрессии генов и метаболических цепей, чтобы понять, что причина, а что - следствие.
Так что биоинформатика - это безусловно наука, но для фундаментальной биологии она - инструмент, как и статистика, например. Или как гидродинамика - это наука, но в то же время инструмент, например, химической технологии.
> .... дальше вы обязаны копать в сторону экспрессии генов и метаболических цепей, чтобы понять, что причина, а что - следствие
хорошо сказано, но не факт что это можно будет понять в обозримом будущем, хотя прогресс последние 20-30 лет большой, но скорее всего то, что мы видим только вершина айсберга, так что конечно наука и скорее всего фундаментальная, ясно одно, если есть возможность этим стоит заняться
Наука или инструмент? Есть универсальное название, которое устроит обе стороны - направление))
А наука это не инструмент?
Разница между наукой и инструментом тонка, конечно. Но если кратко попробовать обрисовать, то наука как инструмент к познанию мира намного шире, любого частного инструмента. Так как представляет постоянно пополняющуюся систему знаний. В то время как инструмент частный, типо той же световой микроскопии, например, имеет свои пределы. Будучи расширенным до какого-то предела - натыкается на ограничение ( например длину волны видимого спектра) и дальше лишь находит различные применения, но не расширяется по своей сути как система знаний.
Я занимаюсь анализом биомедицинских изображений, в том числе с помощью ML. И я вот все не понимаю, я все таки биоинформатик или нет?
курсы на степик - самое бесполезное занятие которым я когда либо занимался. курсы построены так, что существует огромный пласт интернета с решениями этих заданий. Темы и задания вообще никоим образом не коррелируют.
я не совсем понял как старая добрая модель Лотке Вольтерра попала в эту статью? тем более что нормальные биофизики от нее уже давно не в восторге
курсы на степик - самое бесполезное занятие которым я когда либо занимался. курсы построены так, что существует огромный пласт интернета с решениями этих заданий. Темы и задания вообще никоим образом не коррелируют.
Ну во-первых, стоит прочитать текст внимательнее, ибо мы выбрали три, которые нам нравятся
Многие курсы по биоинформатике доступны на разных онлайн-площадках подобных площадке Stepic. Мы предложим лишь несколько курсов, которые нам самим нравятся:
Во-вторых, мы от части согласны с вами по поводу степика, именно поэтому в спискепонравившихся у нас нет. Однако, несмотря на то, что там есть безусловно тупые так сказать курсы, там есть и хорошие, по сертификатам которых открываются многие двери. Так что мы считаем, что не стоит быть столь категоричным, тем более, если подумать, даже к более продвинутым курсам можно найти ответы, ну задача курса не в том, чтобы все гуглили ответы, а в том чтоб человек разобрался сам. И если ты сам разобрался и решил задачу, то уж наверное какие-то знания после этого должны появиться и закрепиться.
я не совсем понял как старая добрая модель Лотке Вольтерра попала в эту статью? тем более что нормальные биофизики от нее уже давно не в восторге
Модель Лоттки-Вольтера к биофизике вообще по сути не имеет отношения. Но, возможно тут, вы случайно опечатались, по нашему предположению. Кроме того, в статье сказано, что модель просто одна из первых, опять же, в статье об этом сказано не для красного словца.. Конечно, она более чем не актуальна для каких-то точных расчетов на нынешний момент. На время своей публикации - это была вполне рабочая вещь показывающая неочевидную взаимосвязь двух популяций с вполне ясной и наглядной аргументацией.
Зря Вы включили пример про экологию, так как он создает несколько неверное представление о биоинформатике как о науке. Все-таки у каждой науки должна быть некая область знаний, ограниченная конкретным признаком. И в случае с биоинформатикой это не любые биологические данные, к которым применимы информационные технологии. Если судить по образовательным программам, которые зовутся биоинформатикой, и по самоопределению членов данного научного сообщества, то биоинформатика должна изучать данные, относящиеся к молекулярной биологии, генетике и отчасти к биохимии. В итоге, учитывая конкретную область знаний, научную философию и, что немаловажно, научное сообщество, биоинформатику с уверенностью можно назвать наукой. А информационные технологии, которые, как Вы говорите "не панацея" применяются в биоинформатике только там, где это имеет смысл, иначе бы это было совсем ненаучно. Так, биоинформатика характеризуется не только информационными технологиями, но и конкретной областью знаний и связанной с ней парадигмой, что делает ее полноценной наукой со множеством разделов
Мы считаем, что в экологии есть биоинформатика, поскольку любые обсчеты со спутника, количества хлорофилла по цвету воды, например, определенно относится к экологии и информационным технологиям. И поскольку, биоинформатика является междисциплинарной областью, имеющей прямое отношение, как к общей биологии (а общая биология включает и раздел экологии), так и к молекулярной биологии и плюсом к компьютерным наукам и математике, то с каких пор это не биоинформатика?
Если только потому, что большинство в этой области занимаются обсчетом молекулярных данных, то это не совсем аргументированно. Водитель мотоцикла - тоже водитель, хотя автомобилей в мире больше. И если какой-то автомобилист не считает мотоциклиста водителем, то тот не перестаем им быть... Полагаю, такой пример уместен и немного раскрывает суть проблемы.
Мы же (биоинформаты) считаем, что область знания каждой науки определяет в первую очередь научное сообщество, ограничивая ее конкретным признаком. Биоинформатика как синтез любого биологического направления и информационных технологий, - это определение, которое приводите именно Вы, но оно не является общепринятым в среде биоинформатов по крайней мере. Биоинформатика в большинстве случаев понимается как синтез гораздо меньшего числа биологических направлений с ИТ, чем приводите Вы.
Несмотря на Ваш отдаленный от темы пример с мотоциклом, по слову не всегда можно точно угадать его значение. Например, молекулярная биология (в российском понимании) - это не биология любых макромолекул в биологических системах. А ботаника и микология в общем случае (так уж исторически сложилась), как Вы знаете, изучают не только растения и грибы соотвественно.
Также в наше время почти в каждой науке наблюлается некое срастание с ИТ в силу технологического прогресса, но это далеко не всегда образует новое направление, так как многие операции до этого осуществлялись и без ИТ. Ваш график с численностью хищников и жертв существовал задолго до появления компьютера, как и модели органов и наблюдения за движениями птиц. Ученые просто использовали камеру, компьютер в качестве нового инструмента в рамках уже существующей дисциплины. А то, что относится к биоинформатике в общепринятом понимании как раз появилось благодаря новым методам, отчего и образовало новую область знаний. Примерно так же зародилась и молекулярная биология, выделившись благодаря довольно общим методам в узкое направление
Мы же (биоинформаты) считаем, что область знания каждой науки определяет в первую очередь научное сообщество, ограничивая ее конкретным признаком. Биоинформатика как синтез любого биологического направления и информационных технологий, - это определение, которое приводите именно Вы, но оно не является общепринятым в среде биоинформатов по крайней мере. Биоинформатика в большинстве случаев понимается как синтез гораздо меньшего числа биологических направлений с ИТ, чем приводите Вы.
аппеляция к себе и обобщение себя ко всем, это конечно интересно,но работы, на которые мы ссылались говорят об обратном, т.е. определение, которое мы дали вполне общепринятое. У нас нет желания спорить, потому что, скорее всего мы уйдем в область философских изречений, но так или иначе научное сообщество уже давно считает общеприянятым определение биоиформатики в том смысле, в котором обозначили его мы. Это же определение общедоступно и на английской википедии, которая весьма точно передает мысль научного сообщества.
Вы ответили с новыми аргументами, хотя написали, что не хотите спорить. Что ж, продолжим тогда. Здесь речь идет не только об апелляции к себе, ведь Вы ответили только на первый абзац моего комментария.
Вы же апеллируете к абзацу Википедии с пометкой "clarification needed". Если Вам нравится Википедия, то лучше бы Вы обратились к немецкой версии, которая известна исключительно хорошей модерацией. Там как раз говорится, что в англоязычном мире биоинформатика часто противопоставляется более общей вычислительной биологии, хотя иногда эти термины выступают как синонимы. Подобная ситуация с молекулярной биологией: в англоязычном мире она изучает молекулярную основу вне~ и внутриклеточных процессов, а у нас в большей степени привязана к центральной догме.
Отчего я вообще решил прокомментировать Вашу работу. Тема, в которой Вы рассуждаете относится не столько к науке, сколько к научной философии, и является весьма дискуссионной, учитывая, что биоинформатика находится на заре развития. Во-первых, Вы привели не очень типичные для биоинформатики примеры, которые меня и заинтересовали. Во-вторых, именно они - те, что Вы здесь привели - в наименьшей степени порождают новую область знаний и выглядят скорее как методы, примененные в существующей дисциплине. Об этом я писал выше
Вы же апеллируете к абзацу Википедии с пометкой "clarification needed". Если Вам нравится Википедия, то лучше бы Вы обратились к немецкой версии, которая известна исключительно хорошей модерацией.
1) Можно пруфы, что модерация англовики плоха
2) Можно пруфы, что биоформатические методы в экологии не являтся отраслью биоформатики?
1. "Модерация англовики плоха" - это Ваш тезис, а не мой. Я сравнил ее с немецкой версией, так как последняя привлекательна прозрачной системой отметок хороших (проверенных и рецензированных) статей, а также наград за статьи и приложения. Меня в принципе удивило, что ваш выбор ссылки на авторитетный источник пал на Википедию. Примеры же из иных версий той же Википедии я привел в ответ, так как хотел проиллюстрировать действительно разный подход к определению, зависящий от локального научного сообщества. И это актуально не только для биоинформатики (см. выше).
Мой тезис заключался в том, что для определения направления, возникшего благодаря новым методам, в качестве науки необходимо порождение этими методами принципиально новой области знаний. Как я говорил выше, именно те примеры из Вашей работы, которыми Вы расширяете понятие биоинформатики, демонстрируют это меньше всего, отчего и привлекли мое внимание. К слову, именно это и является важным моментом в определении биоинформатики как науки. Отдельного внимания стоит Ваш конклюжн, который не полностью раскрывает Ваше мнение на жтот счет и плохо связан с приведенными примерами.
Если хорошим доказательством для Вас будет ссылка на авторитетный источник, отражающий мнение научного сообщества, то приведу ее на статью из Британской энциклопедии. В первом абзаце биоинформатика действительно определяется, как "гибридная наука, связывающая биологические данные [какие?] с методами их хранения, передачи и анализа". Во втором говорится, какие конкретно биологические данные имеются в виду: различного рода сиквенсы, модели макромолекулярных структур, "омиксные" данные, включая метагеномику (она действительно может относится к экологии, но не тем же образом, что Ваш пример, который сложно назвать биоинформатическим), которая по сути та же работа с сиквенсами, только из лужи.
Хочу повторить, что тема, которую Вы выбрали для Вашей статьи действительно является дискуссионной и требует привлечения дополнительных ссылок и понимания философии науки. Также Вас не должны в таком случае удивлять иные мнения на этот счет. Вы действительно пишете по делу, но в этой ветке почему-то избирательно реагируете на приводимые аргументы. Надеюсь, мне удалось прояснить для Вас свою точку зрения касательно этой непростой темы
Если хорошим доказательством для Вас будет ссылка на авторитетный источник, отражающий мнение научного сообщества, то приведу ее на статью из Британской энциклопедии.
И этот источник не разу не опровергает выше сказанные нами тезисы про то, что научное сообщество уже давно считает общеприянятым определение биоиформатики в том смысле, в котором обозначили его мы. Это же определение общедоступно опять же и на английской википедии, которая более авторитетна чем немецкая, так как общепринятый язык науки английский, а не немецкий. В источнике рассказано о классической биоинформатике и там нигде не отрицается, то что биоинформатами не является общепринятым опять же повторюсь наше определение. Советую опятьже ознакомиться с биоинформатикой разнообразия
1. "Модерация англовики плоха" - это Ваш тезис, а не мой
Не согласен, ибо 1) я выбрал англавики потому что мне она нравится больше 2) ваш тезис исключительно хорошей предполагает, что англовики— имеет модерацию более худшую модерацию, что звучит достаточно голословно, ибо обе википедии одинаково хороши.
Вы же апеллируете к абзацу Википедии с пометкой "clarification needed". Если Вам нравится Википедия, то лучше бы Вы обратились к немецкой версии, которая известна исключительно хорошей модерацией.
Касаемо этого:
Мой тезис заключался в том, что для определения направления, возникшего благодаря новым методам, в качестве науки необходимо порождение этими методами принципиально новой области знаний. Как я говорил выше, именно те примеры из Вашей работы, которыми Вы расширяете понятие биоинформатики, демонстрируют это меньше всего, отчего и привлекли
это ваше мнение и оно не является общепринятым.
Здесь речь идет не только об апелляции к себе, ведь Вы ответили только на первый абзац моего комментария.
Первый абзац является аппеляцией и обобщением и это типичный демагогический прием. Второй абзац ваша позиция касаемо вопроса классической биоинформатики и она вытикает из вашего первого абзаца, где вы использовали демагогический прием.
Также Вас не должны в таком случае удивлять иные мнения на этот счет.
Нет, нас не удивляют мнения на другой счет. Ваше мнение вполне обосновано, но звучит слишком категорично, когда вы, высказывая свое мнение вы обобщаете под одну гребенку всех, что как нам кажется, абсолютно не правильным, ибо есть аргументы против вашего мнения
За Вашим
Мы считаем, что в экологии…
Следовало мое
Мы же (биоинформаты) считаем, что…
Кажется, Вы вовремя этого не заметили. И нет, это была не апелляция к себе, в которой Вы меня заподозрили, а ответ на Ваш прием.
Модерация немецкой Вики по-видимому лучше, потому что ее чаще любят использовать в немецкоговорящем мире как удобный источник, и к ее модерации традиционно относятся более основательно. Можете почитать про систему ее модерации, систему наград и пометок.
это ваше мнение и оно не является общепринятым
Если обобщить мое утверждение на более общий случай науки, то для ее выделения требуется наличие соответствующей области знаний, которая выделяется по конкретному признаку. Кажется, эта идея фигурирует вообще в любом определении науки, которые обычно имеют вид "Nлогия - это наука, изучающая такой-то объект". Мое не общепринятое мнение вытекает как раз из этой вполне общепринятой идеи. Если после нового метода возникло новое направление, то его стоит называть наукой, если ему соответствует отлельная область знаний. Если же объект изучения, к которому применяется данный метод, тождественен объекту изучения существующей науки, то это инструмент, применяемый в данной науке.
Советую опятьже ознакомиться с биоинформатикой разнообразия
Ссылка ведет на статью с названием "boidiversity informatics", что дословно переводится как "информатика биоразнообразия". Здесь уже, скорее, критике подлежит не Ваша позиция, а подход к ее обоснованию.
Ваше мнение вполне обосновано, но звучит слишком категорично
Если смотреть на мой первый комментарий, то Вы, скорее, будете правы, поэтому я решил поправиться и добавить
Хочу повторить, что тема, которую Вы выбрали для Вашей статьи действительно является дискуссионной и требует привлечения дополнительных ссылок и понимания философии науки.
Однако Вы тоже долго не сдавались, прежде чем написать, что
В источнике рассказано о классической биоинформатике и там нигде не отрицается, то что биоинформатами не является общепринятым опять же повторюсь наше определение.
Если же отойти в сторону от споров об определениях, которые в нашем случае, как мне кажется, все-таки имеют академическую ценность, хотя редко приводят к однозначному результату, и вернуться к Вашей работе, можно заметить, что она действительно может вызвать у читателя замешательство, так как
Целью Вашей работы является ответ на вопрос "Биоинформатика — это наука или всё же метод?". Но для выполнения этой цели закономерно стоит поставить задачи а) определить понятие науки, б) определить область применения биоинформатики, либо же указать, что имеются разночтения и привести соответствующие результаты. Именно этим мы и занимаемся в ходе обсуждения, в котором приходится апеллировать уже не к работе, а к сторонним источникам, так как в явном виде в работе эти моменты отсутствуют и тем ценнее дальнейшее обсуждение.
Примеры, приведенные Вами могли бы действительно помочь понять читателю, в каком состоянии находится современная биоинформатика, и какие в ней есть тенденции, но представляет собой случайные примеры прменения ИТ к биологическим данным. Причем именно те, которые относятся в биоинформатике, пусть в широком смысле, оказались не очень удачными: 3D-модели костей из гипса существовали и до того, как их загнали в компьютер, в случае с птицами на камере плохо понятно, где грань между просто автоматизацией процесса, а где область знаний новой науки, а приведенный график с численностью - это один из наиболее хрестоматийных примеров применения экологии как науки, а биоинформатика тут фигурирует уж совсем опосредованно. И именно эти примеры вносят смуту в понимании объекта изучения Вашей работы.
Заключение также вызывает смешанную реакцию (точнее, мою), о чем я писал вышеъ
Это открывает (уже открыло) для человечества совершенно новые перспективы для развития как медицины, так и биологии в целом. А раз так, то мы и не вправе называть биоинформатику просто методом!
Здесь Вы наконец делаете попытку определить, науку, так как говорите, что открытие новых перспектив развития (Каких? Утилитарных? Заполнение гэпов в научном знании? Появление новой области знаний?) не позволяют назвать биоинформатику просто методом. Тогда что все-таки является результатом Вашего исследования? Вы прямо не говорите о ни том, чем всестаки является биоинформатика (а это цель Вашей работы), ни о том, что ответ на этот вопрос действительно является неоднозначным (а отрицательный результат - тоже результат).
Так Вы, скорее, написали не обзорную работу, а открыли обширное пространство для дискуссии, в которой была выяснена необходимость привлечения сторонних источников.
Попробую составить собственный конклюжн как исследования, так и нашего спора (возражения приветствуются).
Все-таки биоинформатика зародилась как наука, построенная на новой области знаний, порожденной появлением в первую очередь обширных баз сиквенсов, "омиксных" данных плюс метагеномики, нерасшифрованных данных о структуре макромолекул и возрастанием вычислительных мощностей, позволяющих все это анализировать. Дальнейшее распространение компьютерной грамотности и совершенствование сферы ИТ позволило интегрировать вычислительные методы в большую часть биологиических направлений. По признаку применения ИТ это все-таки можно отнести к биоинформатике в широком понимании, которая може уже чаще выступать в качестве только метода. И такое определение имеется в ряде источников. По структуре же классических образовательных программ, по пулу работ, тегнутых как биоинформатические, по тому, какие тенденции имеются в биоинформатическом сообществе, которое уже является отдельным научным сообществом, и чем оно занимается в целом, о биоинформатике можно судить исключено как о науке. Ведь для нее существует уникальная и цельная область знаний, однозначно определяемая как биоинформатическая, а не какая-то еще. И это определение также подтверждантся рядом источников
Следовало мое
Мы же (биоинформаты) считаем, что…
Кажется, Вы вовремя этого не заметили. И нет, это была не апелляция к себе, в которой Вы меня заподозрили, а ответ на Ваш прием.
Это все же очень похоже аппеляцию к себе, как авторитету и обощение. Ибо, вы выделили (мы же биоинформатами себя не считаем):
Мы же (биоинформаты) считаем, что область знания каждой науки определяет в первую очередь научное сообщество, ограничивая ее конкретным признаком. Биоинформатика как синтез любого биологического направления и информационных технологий, - это определение, которое приводите именно Вы, но оно не является общепринятым в среде биоинформатов по крайней мере.
И доказываете, что наше утверждение не является общепринятым, хотя вопрос дискуссионный. Да вы поправились и это в принципе уже и невилирует этот спор. Потому что каждый по своему прав.
Модерация немецкой Вики по-видимому лучше, потому что ее чаще любят использовать в немецкоговорящем мире как удобный источник, и к ее модерации традиционно относятся более основательно. Можете почитать про систему ее модерации, систему наград и пометок.
Мне кажется это субъективным мнением, ибо в русскоговорящем мире зачастую любят использовать русскую википедию и видимо она лучше? Нет— это я не думаю, что это так работает. Язык науки– английский, а не немецкий. Также я не живу в немецком мире и в принципе выбрал тот источник, который для меня является авторитетным по очевидным причинам, а вы выбери свой. В итоге каждый прав.
Если смотреть на мой первый комментарий, то Вы, скорее, будете правы, поэтому я решил поправиться и добавить
Согласен, ваша поправка меняет взгляд на ситуацию.
Именно этим мы и занимаемся в ходе обсуждения, в котором приходится апеллировать уже не к работе, а к сторонним источникам, так как в явном виде в работе эти моменты отсутствуют и тем ценнее дальнейшее обсуждение.
Мы изначально хотели сделать так, но входе работы над статьей к сожалению многое пришлось вырезать, а часть упростить "и написать более интересным языком", а то был сухой научный текст строго по плану.
Вы прямо не говорите о ни том, чем всестаки является биоинформатика (а это цель Вашей работы), ни о том, что ответ на этот вопрос действительно является неоднозначным (а отрицательный результат - тоже результат).
Статья не должна перенагружать и должна быть интересна и вызывать дискуссию. Помимо этого люди не должны уснуть по пути к концу, поэтому выбран был путь среднего, чтоб достичь три цели:
1)написать качественно и интересно и не делать из этого сухой научный обзор,
2) открыть путь к широкой дискуссии, чтобы не писать банально "выскажите свое мнение в комментариях"– а то с этим мы уже перегибаем.
3) Не перегибать палку с "вечным спором"— ибо дискус это хорошо, но он не должен быть затянутым в философское общение на километры.
Могу сказать, что 3 пункт оказался провальным.
Касаемо:
Все-таки биоинформатика зародилась как наука, построенная на новой области знаний, порожденной появлением в первую очередь обширных баз сиквенсов, "омиксных" данных плюс метагеномики, нерасшифрованных данных о структуре макромолекул и возрастанием вычислительных мощностей, позволяющих все это анализировать. Дальнейшее распространение компьютерной грамотности и совершенствование сферы ИТ позволило интегрировать вычислительные методы в большую часть биологиических направлений. По признаку применения ИТ это все-таки можно отнести к биоинформатике в широком понимании, которая може уже чаще выступать в качестве только метода. И такое определение имеется в ряде источников. По структуре же классических образовательных программ, по пулу работ, тегнутых как биоинформатические, по тому, какие тенденции имеются в биоинформатическом сообществе, которое уже является отдельным научным сообществом, и чем оно занимается в целом, о биоинформатике можно судить исключено как о науке. Ведь для нее существует уникальная и цельная область знаний, однозначно определяемая как биоинформатическая, а не какая-то еще. И это определение также подтверждантся рядом исисточников.
Абсолютно согласен. Возражений не имею. Надеюсь спор решен. Спасибо за интересный дискус.
Не перегибать палку с "вечным спором"— ибо дискус это хорошо, но он не должен быть затянутым в философское общение на километры.
Могу сказать, что 3 пункт оказался провальным.
Я высказал предположение, что это связано с тем, что цель была поставлена очень явно, в самом заголовке, да еще и в форме вопроса, а конкретного ответа на него даже в выводах не было. Это неизбежно тянет за собой потребность хоть как-то закончить мысль при наличии интереса к теме.
И нет, наша дискуссия не была похожа на вечный спор, а "философское общение", если исходить из сути философии, нацелено на разрешение проблемы, что и последовало в заключении, которого все-таки очень не хватало
Думаю, что это был весьма полезный разговор и я даже рискну подарить вам приглашение. Поэтому на случай, если вы захотите написать свою статью по биоинформатике, то сможете это сделать, миновав уровень вхождения через песочницу. Я надеюсь, что вы напишите интересно и научно достоверно, чтобы вопросов от наших читателей по поводу вас не было.
Благодарю! Я имею небольшой, но хороший опыт написания текстов научных, а текстов научно-популярных - и того меньше, но, судя по всему, мне есть, что сказать.
чтобы вопросов от наших читателей по поводу вас не было.
Это Вы, конечно, мощно выразились. У нас комментарии открыты, поэтому вопросы по поводу меня - это вопросы ко мне =)
Иным примером использования биоинформатики в традиционных исследованиях может послужить орнитологическая работа исследователей из СПбГУ (Bojarinova J. & Babushkina O., 2015). Ещё в 2006 году были начаты эксперименты по влиянию фотопериоду на двигательную активность воробьиных птиц ( сначала длиннохвостых синиц, а после, и иных видов). Отловленные на Ладожской Орнитологической станции птицы помещались в цилиндрические клетки
Мне бы хотелось, чтобы вы привели аргумент источником, опровергающий наше мнение, что данный пример в нашей статье не имеет никакого отношения к биоинформатике, хотя информатика биоразнообразия, или биоинформатика биоразнообразия, является валидным разделом биоинформатики. Я не нашел ни одну статью, в которой бы говорилось, что подобные примеры не являются биоинформатическими и ведь утверждение об обратном было бы скорее всего абсурдным, поскольку этот пример является отличным примером использования информационных технологий в общей биологии.
Мое высказывание
в случае с птицами на камере плохо понятно, где грань между просто автоматизацией процесса, а где область знаний новой науки
Вы интерпретировали как
данный пример в нашей статье не имеет никакого отношения к биоинформатике
Я понимаю, что превращение высказываний собеседника во что-то более категоричное позволяет гораздо удобнее их критиковать, но только в случае, если собеседник этого не заметит, начиная защищать более категоричное утверждение.
Это утверждение, как, собственно, и тема Вашей работы имеет научно-философский характер и требует, скорее, привлечения логики и корректного определения науки, а не ссылки на экспериментальный источник. Это еще один нежелательный риторический прием. В источнике иного рода опять же была бы привлечена философия науки и попытки дать корректные определения.
Так, если наблюдения за движениями птиц с помощью камер и нейросетки, имитирующих наблюдение человеком, действительно порождают новую область знаний, то можно отнести ее к новой науке. Иначе, если принципиально новых результатов не появляется, то можно говорить только о более эффективном методе. Возможность отнесения результатов новых методов или информации из новых областей знания к биоинформатике обсуждалась в моем заключении в обобщенном варианте, с которым Вы, вроде как, согласились
Отднльная статья из любимой Вами Википедии по вычислительной биологии. В ней говорится о большем и меньшем применении биоинформатики в тех или иных ее разделах. В русскоязычном сообществе это менее расхожий термин, но он тоже всегда является более общим понятием относительно биоинформатики
Также советуем ознакомиться с такой областью биоинформатики, как биоинформатика биразнообразия, которая в свою очередь порой уходит очень далеко в экологию. Вот пример статьи с использованием биоинформатики не только в геномике
Так, команда DeepMind буквально год назад решила вопрос по предсказанию трёхмерной структуры белка по его аминокислотной последовательности.
Имеется ввиду фолдинг белков? Но ведь это реально очень сложная задача — для её обсчитывания целые распределенные вычислительные сети трудятся. Тот же Folding@home, например. Сляпать ПО с априорным нейросетевым обучением, обозвать его модным словом «ИИ» и презентовать как решение… ± и оно работать же не будет, так как четкой модели происходящего процесса нет или хотя бы понимание алгоритмического перебора.
как студент-биоинформатик скажу, что мы не знаем, чем мы занимаемся
Биоинформатика — это наука или всё же метод?