Комментарии 12
сразу подумал про Data Science Bowl)
Доброго дня! Скажите, пожалуйста, я правильно понимаю, грубо говоря, цель сего мероприятия, чтобы сеть научилась получать соединения молекул, которые могут влиять на развитие раковых опухолей?
Добрый день!
Да, именно так. Причем побочно еще и предполагаемую концентрацию.
Да, именно так. Причем побочно еще и предполагаемую концентрацию.
Не хило замахнулись =), спасибо за статью, было интересно. Вопрос лишь в том, если у вас получится реализовать и доказать, что сеть «справилась», поверят ли вам «специальные» люди… Сейчас же некоторые ученые не доверяют нейронным сетям, так как нельзя доказать правильность их работы
Insilico уже давно играется с сетями, были в Сколков, но ничего не вышло.
KuzmaKhrabrov, как получили соединение используете методы молекулярной динамики для проверки, всё ли норм?
KuzmaKhrabrov, как получили соединение используете методы молекулярной динамики для проверки, всё ли норм?
эта конкретная статья — proof of concept, все эксперименты, простите за каламбур, in silico. но динамику в целом для других исследований считаем да, очень медленно и упорно. в данном случае не было цели получить драг, но еще пара статей и начнем воплощать.
т.е. проверки не было?
проверки чего? это in silico исследование в результате которого мы получили, что половина сгенерированных этой сетью молекул имеет отношение к раку.
MACCS довольно странный выбор fingerprint-а, да и модель на основе fingerprint для машинного обучения не видится оптимальной, графы кажутся и логичней и перспективнее.
Из статьи не понял, есть ли какое-то преимущество перед банальной выборкой по similarity к известным активным веществам, хотелось бы видеть саму выборку, что бы понять, дал ли этот подход потенциальные хиты, которые традиционными методами не находятся.
Из статьи не понял, есть ли какое-то преимущество перед банальной выборкой по similarity к известным активным веществам, хотелось бы видеть саму выборку, что бы понять, дал ли этот подход потенциальные хиты, которые традиционными методами не находятся.
В самой статье есть отчет о том к каким классам относятся сгенерированные вещества, я, к сожалению, в этом пока очень плохо разбираюсь, но ваш комментарий вполне уместен. Мы обучали модель только на одной клеточной линии и соответствующих препаратах, было бы очень неожиданно если бы модель сильно вышла за рамки этой выборки. Это одна из причин, почему это proof of concept, а не доведенное до испытаний исследование. Сейчас мы работаем над более совершенными моделями и планируем реальные испытания.
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий
Нейронные сети в борьбе с раком