Применение FPGA для расчета деполимеризации микротрубочки методом броуновской динамики
Все готово, чтобы рассказать Хабр аудитории о применении FPGA в сфере научных высокопроизводительных вычислений. И о том, как на данной задаче надо удалось значительно обскакать GPU (Nvidia K40) не только в метрике производительность на ватт, но и просто с точки зрения скорости вычисления. В качестве FPGA платформы использовался кристалл Xilinx Virtex-7 2000t, подключенный по PCIe к хост компьютеру. Для создания аппаратного вычислительного ядра использовался язык C++ (Vivado HLS).
Под катом текст нашей оригинальной статьи. Там, как обычно бывает, сначала идет долгое описание зачем это все надо и модели, если нет желания это читать, то можно переходить сразу к реализации, а модель посмотреть потом при необходимости. С другой стороны без хотя бы беглого ознакомления с моделью читатель не сможет получить впечатление о том, какие сложные вычисления можно реализовать на FPGA.

Unified Parallel C (UPC) — это расширение языка C, разработанное для высокопроизводительных вычислений на крупномасштабных параллельных машинах. Язык представляет единую программную модель для систем с общей и разделенной памятью. Количество параллелизма фиксируется на старте программы, обычно с одним потоком на ядро процессора.







Второй причиной заблуждений могут служить, как это ни парадоксально, бенчмарки. К примеру, далее в этой статье мы будем измерять производительность блокировок под высокой нагрузкой: каждый поток будет требовать блокировку для выполнения любого действия, а сами блокировки будут очень короткими (и, в результате, очень частыми). Это нормально для эксперимента, но такой способ написания кода — это не то, что вам нужно в реальном приложении.



Что такое информация, как найти скрытый в ней смысл, что вообще есть смысл? В большинстве толкований 
