WD Advanced Format в Windows Server 2003

Теоретически, основное правило для получения нормального быстродействия: границы кластеров должны попадать в границы физических 4-кб секторов. На сколько я понял Win2003 при разметке GPT-диска резервирует первые 34 сектора по 512б, а раздел начинается с 35-го. Значит здесь нужно сдвигать даже не на один, а на два сектора. Может ли это сделать WD Align я, к сожалению, сейчас проверить не могу — диск заполнен данными, а тестовая машина в анабиозе.
С динамическими дисками все сложнее, но правило то же: по идее, каждый раздел, из которого состоит динамический диск должен быть выровнен правильно.
Для проверки, если есть под рукой GPT или динамический диск с AF, созданный в win2003, можно посмотреть начала разделов в WinHex или DMDE.

Выравнивание необходимо для любой вышележащей над секторами диска структуры.

В случае с линуксом всё проще — делаете разделы по границам мегабайт — и никаких проблем.

В Linux при разбивке с помощью fdisk его нужно запускать с ключом -c (отключение режима совместимости с DOS), будет разбивать «ровно».
fdisk -c /dev/sdX
Современные версии gparted тоже разбивают как надо.

Для того что бы раз в неделю сливать на них резервные копии, они вполне годятся.

Грин серии иногда бывает достаточно, как уже сказали, например для РК. Кроме того, в будущем 4к-сектора планируется использовать не только в зеленых дисках.

Я извиняюсь за то, что поправил только инсталляцию, но совершенно не проверил что будет дальше (не ожидал, что в самой программе дополнительно вставят весьма хитрую проверку, которую, возможно опасно обходить — может сломаться уже во время работы, это очень неприятно будет).

Так что придётся предложить альтернативные пути решения:
1. Найти настоящий Paragon Alignment Tool 2.0 (он раньше раздавался бесплатно, сейчас его не дают скачать и он стоит денег, так что искать вручную, думаю найти можно). В принципе это абсолютно та же программа, но без ограничений.
2. Я нашёл версию утилиты от WD первой версии, у неё похуже с GUI, но она в принципе работает (если что, проверка на правильный винчестер лежит в папочке scripts, можно не только на WD проверить функционирование перед боевым запуском).